生信技能64 - 提取VCF文件全部样本的双等位基因深度

本方法可实现快速提取VCF文件中全部样本的的双等位基因深度数据，并提取各类型数据至Tab分割的文本文件中。

1. 数据处理逻辑

1. indels去除并单独保存至infile.vcf.indel文件中；
2. SNP非双等位基因的被去除并单独存储至infile.vcf.polyallele文件中；
3. 冗余位点被去除并保存至infile.vcf.posred文件中；
4. ./. 被转换为 0,0

2. 运行示例

python parser_vcf.py sample.vcf

*.snp.vcf.ra.tab结果文件：

3. 主脚本程序

# parser_vcf.py