青灯照颦微-优快云博客

原创【git】git管理规范--分支命名规范、CommitMessage规范

Subject（主题）：简洁描述提交的目的，不超过 50 个字符。Scope（范围）：说明提交的影响范围（可选）。功能分支（Feature）示例 2：修复 bug。

2025-03-18 15:49:11 743

原创【bioinfo】变异检测软件汇总

考虑了测序数据的复杂性，如测序深度、碱基质量和比对质量等。Pindel新文献：https://github.com/xjtu-omics/pindel。软件地址：https://github.com/freebayes/freebayes。：一款高效的变异检测软件，适用于多种类型的变异检测，包括SNP、INDEL等。SyRi、Platypus、LUMPY、RADAR、Sniffles、MosaicSuite、SVIM、SomaticSniper、SomaticSeq、CNVkit。

2024-10-15 18:06:18 1738

原创【bioinfo】DNBSEQ测序原理/Barcode/index hopping

通过滚环扩增技术，将单个DNA片段扩增成大量的拷贝，形成一个DNA纳米球（DNB）。将扩增后的DNB固定在测序芯片上，形成一个二维的DNB阵列。每个DNB在芯片上占据一个特定的位置，形成一个高密度的测序阵列。首先，从生物样本中提取DNA，并进行片段化处理，将长链DNA切割成较短的片段。在片段化的DNA两端连接上特定的接头（adapter）。荧光基团去除：在检测到荧光信号后，荧光基团被化学方法去除，以便进行下一个碱基的添加和检测。引物结合：在每个DNB上加入测序引物，引物与DNB上的DNA片段结合。

2024-09-19 10:33:40 1769

原创【python】pyinstaller编译后py脚本中的shell命令报错symbol lookup error

出现该文件主要是本地编译的环境，和使用的镜像环境不统一导致。后续问题：如何确认两个环境是否统一？（上面的配置文件为什么可以解决上面的问题？

2024-07-15 15:00:52 286

原创【学习计划】文献阅读：癌症生物标志物文献综述

Tumor biomarkers for diagnosis, prognosis and targeted therapy 公众号解读：https://mp.weixin.qq.com/s/3uGnfvW70hj1UhqPuHwz-g。标题英文：Tumor biomarkers for diagnosis, prognosis and targeted therapy。标题中文：癌症生物标志物：个性化治疗的新兴趋势和临床意义。标题中文：癌症检测、诊断和预后中的生物标志物。日期：2024-05-20。

2024-06-25 18:28:52 454

原创【linux】docker run报错cannot execute binary file解决办法

地址（registry.aaa.com/name/myimage:v1）创建Dockerfile时发现无法获取，然后有docker tag新加了tag是。dfimage是一个alpine的镜像，启动的时候，通过将docker.sock映射到容器内部来运行，通常将这个操作做成别名。参考：https://cloud.tencent.com/developer/article/1828945。地址(registry.xxx.com/name/myimage:v1)就可以创建了。，需要修改Dockerfile。

2024-06-25 18:03:20 353

原创【bioinfo】收藏生信常用网址

sam flag值对应信息： https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html。samtools构建的索引.fai文件格式：https://www.htslib.org/doc/faidx.html。使用NCBI-blat进行序列比对：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat。samtools使用：http://www.htslib.org/doc/samtools.html。基因组组装、注释和可视化。

2024-01-24 19:07:20 1401

原创【linux】SSH终端Putty配置：文件上传/下载、显示中文字体、自动登录

一篇博客介绍了12种SSH终端工具的比较注：Aechoterm官网上说是有一些色调可调的，可能是后期更新的。一般远程服务器终端最常用的是xshell，功能更全面，而使用Putty主要是轻量级，没有那么多复杂的功能。每个人使用需求不同可进行不同的选择。下面是在windows下的putty配置。

2023-12-14 18:42:29 7878

原创【python】numpy常用属性

对应mlst列表中的数据落在bined对应数值(区域)的索引。：生成随机数前，指定随机种子为int，用于固定随机输出值。：按指定比例获取数据列表的分位数值。指定是否返回：原数组元素对应的去重后的索引。注意：固定种子后，多次随机生成的值相同。：生成int个[0,1)之间的随机数。生成全为0的数组，可以指定多个维度。: 获取指定区间和步长的列表。注意：多次随机输出的数据不同。：打乱原来的list顺序。获取相同形状的数组。

2023-10-25 10:53:49 885

原创【python】可视化-绘制带有边权重的无向图

*示例数据1：**3个特征之间的关系数据 (**示例数据2：**4个特征之间的关系数据 (输入数据表(矩阵)，绘制无向图。

2023-10-08 18:15:58 1443

原创【python】使用Nuitka打包python项目-demo示例

使用Nuitka打包python项目。本文的demo示例的代码/数据可从笔者的GitCode获取:HelloWorld。

2023-09-20 15:09:32 1665 1

原创【python】jupyter notebook导出pdf和pdf不显示中文问题

使用jupyter notebook导出pdf时，出现了一些问题：1）会报错，缺少安装包；2）没有报错并且生成了pdf，但是只显示英文，不显示中文。下面是给出了一些网搜后适用自己的解决办法。

2023-08-23 11:35:57 14841 12

原创【python】从Ensembl上，根据Array HumanMethylation450甲基化探针cg编号（比如cg13788592）获取位置

一篇专利1中提到多种癌种及对应的特异性CpG位点，想获取对应cg位点具体的位置或序列。专利中的一组CpG markers如下：需求就是：将这些cg编号作为文件输入，获取对应的序列和位置信息。

2023-07-14 17:42:14 1881

原创【python】dataframe重复索引修改

比如有如下数据表，其中index有重复，且重复的次数不等。需求是：将相同的index进行批量修改，修改为不同的index。比如，给每个相同的idnex加一个后缀（1，2，3，…）：其中，index_column为修改后的索引，index则对应按数值0,1,2,…的索引。（当然也可以用drop去除）

2023-07-12 10:44:58 1558

原创【python】matplotlib 绘制火山图、条形图、直方图

绘制火山图，输入是两个datafreme，行是样本名，列是基因名。使用T-test检验绘制基因表达情况。代码问题：左右标签没有对齐。

2023-06-28 14:05:21 1341

原创【python】数据预处理：分位数归一化 Quantile Normalization + INSCODE AI创作助手测试

这里主要了解一下分位数归一化（。如无特殊说明时，本文中的QN作为分位数归一化的缩写。Quantile Normalization 直接翻译是分位数归一化，但也有翻译为分位数标准化。笔者理解是按直译叫分位数归一化，但是按数据的处理方式，应该叫分位数标准化，按英文的话就一种：Quantile Normalization。之所以有标准化和归一化两种说法，是因为它们是两种不同的处理方式。本文暂统一名称叫分位数归一化(QN)。

2023-05-31 16:57:43 7546

原创【bioinfo】二代测序在肿瘤突变检测中的错误来源和解决策略

文献介绍了NGS检测工作流程中的错误来源，以及非NGS检测方法介绍及其优缺点。具体包括：1）序列伪影（artifacts，假象/错误的/人为加工过的）产生的来源组织和DNA处理：FFPE/福尔马林固定、DNA超声波打断NGS处理过程：PCR扩增、测序错误随机低水平的假基因突变（NGS常规流程无法识别）妥协的NGS下限（LOD）（NGS的下限LOD受到限制）实时多特异PCR；ddPCR：微滴数字PCR；BEAMing：数字PCR流式技术（ddPCR的简易版）；3）非NGS的优缺点。

2023-03-24 15:35:22 1488

原创【bioinfo】融合检测软件FusionMap分析流程和报告结果

下面主要内容是关于RNA-seq数据分析融合，用到软件是FusionMapFusionMap参考文献融合分析使用哪个软件，哪个软件表现较好，在Biostarts发现一个问答列举了一些软件（看这里），里面有STAR-Fusion, STAR-Fusion, deFuse, FusionCatcher等30多个融合分析软件，其中约20多个软件的文献发表于2011-2013年，FusionMap软件的文献也发表与2011年。

2023-03-09 09:26:11 1322

原创【python】根据数据自定义绘制ROC和最优阈值

f1-score: 2TP/(2TP+FP+FN)，混合度量，对不平衡类别有效。【2倍的真阳性/(2倍的真阳+真实为阳预测为阴[假阴]+预测为阳真实为阴[假阳])】绘图示例：图中的红点为最优点，对应的由下角是阈值、横坐标和纵坐标的值。precision: 精准率，precision=TP/(TP+FP), 预测的阳性中，是真的阳性的比例；TPR(True Positive Rate) 真阳率： TPR = TP/(TP+FN)，所有。样本中，预测为阳的比例。（灵敏度+特异度-1）进行评价得到的最优。

2023-03-02 11:11:52 1981

原创【bioinfo】酶切法片段化建库相比超声打断建库引入softclip使用FADE软件识别/去除

文献提供的酶切产生的错误识别和去除软件。linux版FADE软件下载、使用

2023-01-06 20:26:14 1158

原创【linux】在linux中投递、查看、修改和删除任务

在投递、查看、修改和删除任务时一般常用的操作。比如test1.sh比如test2.py。常用任务管理命令 nohup qsub top ps kill qdel

2022-12-28 19:27:05 10160

原创【R】R包MethylCal安装问题解决 Rtools is required to build R packages

Rstudio R包MethylCal安装问题解决 Rtools is required to build R packages

2022-12-01 17:04:12 2019

原创【math】利用Cardano方法对一元三次方程求解及python实现

python 使用Cardano方法求解一元三次方程。多种求解方法，其中Cardano可以根据对应解写出方程的解。可以使用python包，但是发现一个问题，需要详细看下包中bug如何解决？

2022-11-24 12:13:12 1618

原创【python】根据自定义曲线函数进行拟合

python 根据自定义函数曲线进行拟合

2022-11-23 14:20:22 3516

原创【math】Hiden Markov Model 隐马尔可夫模型了解

Hiden Markov Model 隐马尔可夫模型了解。forward algorithm, backward algorithm Viterbi algorithm, Baum–Welch algorithm

2022-11-15 19:19:16 745

原创【linux】awk常用处理文件命令示例-替换/格式化/条件选择/求和/正则/子字符串

awk常用处理文件命令示例，字符替换、格式化输出、根据条件选择输出、列求和、正则匹配、子字符串、外部变量、文件转置、列分割

2022-11-15 10:45:05 7301

原创【bioinfo】根据sam文件中的MD标签判断reads比对情况

MD标签是值：比对上的相对位置信息和错误信息。根据MD标签判断read的比对情况。

2022-10-20 15:28:34 736

原创【python】两个bed文件取交集

这里写的python脚本纯属造轮子，而且运行速度很慢，还需要改进。分别是：bed交集，bed1独有的位点，bed2独有的位点。执行后，outdir目录下有3个文件。

2022-10-19 09:18:10 1345 2

原创【bioinfo】hisat2/bowtie2比对结果summary文件解读

hisat2/bowtie2比对后，比对结果基本信息统计的summary文件解读。

2022-10-17 15:11:38 2159

原创【bioinfo】fasta/fastq/sam格式互相转化

使用awk转化：fq2fa：awk '{if((NR+3)%4==0)printf ">"$1;if((NR+2)%4==0)print "\n"$1}' ${fq} > ${fa}samtools fastqsamtools fastq -n ${sam} > ${fq}-n: 输出不标记"/1"或 “/2”, Read1、Read2的标记

2022-10-14 14:42:57 8031

原创【linux】bashrc配置文件里的source路径有问题解决

这个可能就涉及这个source原理了，由于不清楚，登录后source的配置信息和bashrc中的配置信息的先后关系，多次source指定的文件都没有作用（这样的处理跟直接source可能是一样的）。开始试各种命令，看那个能用。值得注意的是，笔者是路径不能访问的问题，直接编辑都不能用。如果只是vi不能用，可以试试cat，grep，sed之类的命令，如果可用，先grep出要修改内容，确认修改的行，使用。不过，userA是可访问共用的一些路径，有助于后面的测试（userA是特殊场景下使用的用户，不能随便用）。

2022-10-09 18:55:12 3820

空空如也

PyCharm 提示"Simplify chained comparison"原因是？