生信技能65 - SRA数据库公共数据自动化下载及SRA批量自动化拆分

根据NCBI Metadata数据表,实现SRA数据库公共数据自动化下载及SRA批量自动化拆分。

1. 程序逻辑

  1. 根据SraRunTable.csv自动从公共数据库下载SRA文件 ;
  2. 模式0(默认)为下载模式,模式1为拆分模式,拆分支持进度显示;
  3. 提取Metadata关键信息数据,重新写入新的文本文件。

2. 运行示例

# 基础软件安装
conda install sra-tools -y

2.1 下载分析表

NCBI SRA数据库下载Metadata表,程序会自动读取当前目录下Metadata表进行数据下载。

示例:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP016573&o=library_name_s%3Aa%253Bacc_s%3Bacc_s%3Aa&s=SRR609105,SRR609104,SRR609103,SRR609107,SRR609120,SRR609084,SRR609108,SRR6

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