生信技能51 - 基于BAM文件的微生物污染分析流程

微生物污染分析流程

需提前安装好bwa, bowtie2, samtools,提取未比对到人类参考基因组的bam文件,将其比对到微生物参考基因组,根据比对情况查看是否存在污染。

微生物基因组下载可参考本人文章:

生信软件24 - 查询物种分类学信息和下载基因组TaxonKit和ncbi-genome-download

人类参考基因组构建参考本人文章:

生信技能34 - 通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg19参考序列及其索引

生信技能39 - 通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg38参考序列及其索引

# python 3.9
import pandas as
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