生信技能61 - 获取比对后BAM文件的多项基础统计指标

获取比对后BAM文件的多项基础统计指标

1. 运行实例

采用pysam库解析bam文件,将bam文件路径作为输入参数,统计输出比对的参考基因组大小、ATCGN各碱基数量/比率、GC含量、UR reads数量、平均测序深度、总reads数量等统计指标

python bam_statistics.py -b sample.sorted.mkdup.bam

统计结果

2. 统计程序

# bam_statistics.py
import os
from collections import Counter
import argparse
import 
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