生信技能61 - 获取比对后BAM文件的多项基础统计指标

获取比对后BAM文件的多项基础统计指标

1. 运行实例

采用pysam库解析bam文件，将bam文件路径作为输入参数，统计输出比对的参考基因组大小、ATCGN各碱基数量/比率、GC含量、UR reads数量、平均测序深度、总reads数量等统计指标。

python bam_statistics.py -b sample.sorted.mkdup.bam

2. 统计程序

# bam_statistics.py
import os
from collections import Counter
import argparse
import sys