生信技能34 - 通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg19参考序列及其索引

最新推荐文章于 2025-11-23 10:46:16 发布
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分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： bash 数据分析
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/LittleComputerRobot/article/details/135453724
这篇博客介绍了如何通过UCSC下载染色体Fasta序列，然后使用bash脚本合并成hg19参考序列，并利用bwa构建其索引，涉及的数据分析和bash技术。

1. UCSC文件下载

# 染色体长度文件
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.chrom.sizes
# md5校验文件
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/md5sum.txt
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz

# 检查chromFa.tar.gz完整性
cat md5sum.txt |grep chromFa.tar.gz > chromFa.tar.gz.md5.check
md5sum
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