2020.09.30【RNA-seq流程】丨转录组生信分析全流程

摘要

上周崴脚，一周在家办公，效率较低，没有输出文章，今天来个大的。本篇文章为入职后第一次完成RNA-Seq全流程项目分析后进行的内容梳理，有一些地方依靠师姐（公司导师）已经完成的perl脚本，个人并不是很能看懂，部分细节还没有完全打通。之后可能会自己用python（也可能是shell）重写之后再慢慢补充。

第一部分

step.1 下载数据

百度网盘下载数据
查看gz压缩格式的内容：zcat 18134R-49-01_S0_L001_R1_001.fastq.gz z | head -n 10

step.2 数据质控

批量去除接口

mkdir trim
for i in *_R1_001.fastq.gz;