Rita的程序bug-优快云博客

原创空转 | GetAssayData doesn‘t work for multiple layers in v5 assay.

一个是参数名有slot变成layer，一个是GetAssayData 不是自动合并多个layers，而是选择保留。

2025-03-26 22:38:59 300

原创空转报错 | error in evaluating the argument ‘x‘ in selecting a method for function ‘head‘

这个错误信息 error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'head': argument 1 is not a vector 是在使用 head() 函数时产生的，它的意思是在为 head() 函数选择合适的方法来处理传入的参数 x 时出现了问题，具体是因为传入的第一个参数不是一个向量

2025-03-25 14:39:27 331

原创什么是Python机器学习？一文讲清楚

机器学习就像教机器从经验中学习。它会看一堆已知的数据，找出其中的规律或模式，然后用这些规律去解决新问题。比如，给它一堆水果的图片和名称，它会学着识别新图片里的水果。

2025-03-24 17:03:04 789

原创空间转录组|找marker基因&细分解剖区域&处理多切片

最后，空转的基础分析也就结束啦，虽然分析流程类似于Seurat单细胞RNA-seq分析的工作流程，但我们引入了更新的交互和可视化工具，特别强调空间和分子信息的整合。我们前面用的是小鼠大脑的数据集，这个数据集还包含另一半大脑的另一个切片，现在我们对它进行和上面的一样的步骤，归一化...此外补充一点，除了有umap降维方法，还有t-SNE降维方法，但umap是默认的降维方法，可以根据自己需求画图哦。我们可以观察一下这几张图，这是同一个物种，同一个大脑，不同的切片，同一个基因，但基因的分布情况也是不一样的。

2024-12-03 16:21:26 975

原创空间转录组学ST|预处理&可视化&降维&聚类

RunPCA跑主成分分析，这里使用的是经过SCTransform转换后的数据（assay = "SCT"），并且不输出详细的处理信息（verbose = FALSE）；然后在PCA降维后的数据空间中寻找每个细胞的邻近细胞。这里使用PCA的前30个主成分（dims = 1:30）

2024-12-03 16:10:57 1173

原创 debug|无法安装seurat v5,可以试试这个方法

所以不能直接 install.package()可能是因为你之前下载的包和现在下载的包有冲突。（需要按照提示将一些基础包放回原来的地方）然后在RGui里运行上面的命令。（把包移出来后可能会报错）可以用下面的代码试试。

2024-12-03 15:53:09 299

原创空间转录组学|下载数据&debug

【如果下载其他数据出现类似报错也可以尝试这种方法】【报错信息很重要，他会为我们解决问题提供一个方向】我就放在rstudio当前的工作目录下。当我想要跑一下空间转录组学官方数据时。先用浏览器打开在报错信息中的这个网址。可是他要求的所有包我都加载成功了。将他放到自己想放的地方。下载完再加载数据就好了。加载成功的时候是这样的。

2024-12-03 15:50:30 554

原创 JavaWeb|网页开发基础入门

aside>:表示文档中的一个附加区块，通常包含与主要内容相关但不是必须的内容，如侧边栏、广告或引用。-----------------认识一些常见的标签-------------------------:表示文档中的一个通用区块，通常包含一组相关的内容，如章节、页脚或侧边栏。:表示页面或页面片段的页眉，通常包含网站的标志、导航链接和其他元素。:表示页面的主要内容区域，通常包含主要的文章、产品列表或其他主要内容。

2024-11-29 20:00:32 677

原创 bcftools报错|The sequence “chr1“ not defined in the header: chr1.recode.vcf

The sequence "chr1" not defined in the header: chr1.recode.vcf(Quick workaround: index the file.)

2024-09-03 16:46:03 511

原创 R语言 | 文件读取

scan(file = “”, what = double(), nmax = -1, n = -1, sep = “ ”)，file=" "的双引号里写文件地址，what写读入的数据类型，如果文件有好几种类型，可以啥也不写（what=" "），sep表示文件中数据的分隔符。

2024-08-31 20:16:41 726 1

转载 R Markdown的使用教程---rmd格式

Markdown是⼀种轻量级标记语⾔，它允许我们可以通过简单的⽂本格式编写⽂档，语法简单、上⼿容易，所以越来越多的人都在使用它，而且现在还有有很多可以⽀持Markdown编辑的应⽤软件，例如Typora、Notion等，通过这些⼯具可以便捷地完成Markdown编辑，并且⽀持导出PDF、HTML等多种格式。

2024-08-31 20:08:17 699

原创如何使用vcftools提取特定的染色体

要使用vcftools提取VCF文件中chr1染色体上的所有变异，需要遵循vcftools的命令行选项来指定输入文件、染色体编号以及输出文件的名称

2024-08-31 20:06:10 2675

原创 R语言报错 | object ‘integral‘ not found whilst loading name

加载R包时出现报错Registered S3 method overwritten by 'htmlwidgets': method from print.htmlwidget tools:rstudioError: package or namespace load failed for ‘Seurat’: object 'integral' not found whilst loading namespace 'spatstat.core'

2024-08-29 20:01:42 1043 2

原创如何在linux中下载R或者更新R

package ‘Seurat’ was built under R version 4.3.3Loading required package: SeuratObjectError: This is R 4.0.4, package ‘SeuratObject’ needs >= 4.1.0

2024-06-17 20:53:13 3870

原创 VCF文件通过bgzip和tabix的压缩和索引后转换为.gz后缀的压缩文件和.tbi后缀的索引文件

VCF（Variant Call Format）文件是一种常用于存储基因组变异数据的文件格式。bgzip和tabix是两款常用的工具，分别用于压缩VCF文件和为其建立索引。

2024-05-22 19:44:45 3476 1

原创报错|使用prefetch下载数据报错处理

初学者在学习过程中总是会遇到很多的报错，我今天在使用prefetch下载数据时提示报错，所以我就查询了大量的信息，所以我就做了一些小总结。一般来说，下载数据出现报错，第一时间应该考虑是否是网络问题。

2024-04-30 12:20:27 745 1

原创 Linux报错处理：‘abrt-cli status’ timed out

abrt-cli是ABRT(Automated Bug Reporting Tool)的命令行接口，用于在Linux系统中处理和报告程序崩溃。如果abrt-cli status命令超时，这可能是由于多种原因，包括但不限于系统资源不足、ABRT服务未正常运行、网络问题或配置错误。

2024-04-23 19:16:54 7568

原创数据的质量控制软件----fastQC

FastQC的基本介绍:FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data高通量测序数据的高级质控工具输入FastQ，SAM，BAM文件，输出对测序数据评估的网页报告

2024-04-20 17:10:38 8079 4

原创转录组测序分析

组测序原理1.定义2.转录组类型3.普通转录组测序实验流程图-RNA-Seq4.cDNA文库5.文库质控6.上机测序6.1、测序原理-边合成边测序（SBS）1.Flowcell-流动池2.桥式PCR扩增7.得到测试数据五、RNA-seq 应用六、补充---碱基质量值七、需要掌握linux基础知识【以及掌握fa、fq等等数据格式】

2024-04-19 19:30:00 7211 1

原创 Linux进阶---常见符号及其含义、常见报错

找不到文件、文件不存在：No such file or directory没有权限：Permission denied命令不存在：command not found

2024-04-18 19:30:00 486 1

原创 Linux进阶--文本处理grep、sed、awk命令

grep：一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式匹配模式搜索文本，并把匹配的行打印出来格式sed：流编辑器，一般用来对文本进行增删改查awk：也称 gawk，编程语言，可对文本和数据进行处理

2024-04-17 19:30:00 1274

原创 Linux进阶--生物信息学常见的文件格式：fasta、fastq、gff/gtf

生物信息学常见的文件格式：fasta、fastq、gff/gtf

2024-04-12 19:30:00 1385

原创 Linux基础--文本编辑器vim

这是一篇关于Linux上的文本编辑器vim，掌握基本的操作技巧，会使你省略非常的时间哦。

2024-04-11 19:30:00 497 1

原创 Linux基础--文本查看、操作、统计命令head/tail，cat/tac，less/more、wc，sort，uniq、cut，paste，tr

cat--查看文本，输出到屏幕 head 显示文档的开头至标准输出中，默认显示十行 tail 显示文档的末尾至标准输出中，默认显示十行 more 逐页查看文档内容less-- 逐页查看文档内容，more的升级版 wc 统计文本的行数等cut --文本切割sort-- 排序uniq --去重复paste --文本合并tr --字符替换。

2024-04-10 19:30:00 920 3

原创 Linux基础--pwd、ls、cd、mkdir、touch、mv、rm、cp、ln、tar

pwd ## print working directory 打印工作目录ls ## list 列出cd ## change directory 切换目录mkdir ## make directory建立一个新的目录touch ## 创建文件 “摸一个文件出来”mv ## move 移动和重命名rm ## remove 删除cp ## copy and paste 拷贝粘贴tar ## tape archive 压缩或者解压文件ln ## link 链接文件。

2024-04-09 20:51:44 1306

原创 R语言--09字符串、数据框、条件与循环、隐式循环、表达矩阵画箱线图

R语言中的字符串、数据框、条件与循环、隐式循环、表达矩阵画箱线图综合应用

2024-03-24 18:14:37 1586 1

原创 R语言--08保存与导出

用R语言将所绘制的图保存并导出为ppt形式或者是图片形式

2024-03-22 19:30:00 1396 3

原创 R语言---07作图plot()、ggplot()、boxplot()

R语言中最常见的绘图函数plot（）、ggplot（）、boxplot（）

2024-03-20 19:30:00 2398 1

转载 R语言--向量元素的提取、删除、添加，长度获取，向量计算

向量元素的提取、删除、添加，长度获取，向量计算

2024-03-19 19:30:00 2305 1

原创 R语言--06文件读写read.table()、read.csv()

在数据文件中有行头且首行的字段名比数据列少一个的情况下，*数据文件中第1列将被视为行名称。当我写的是check.names=F的时候：列名使用的分隔符是-，理论上是不太规范的，所以r语言系统自动给改了。是r语言特有的数据存储格式。无法用其他软件打开，保存的是变量，不是表格文件，支持多个变量存到同一个Rdata。用于指定文件中的数字转换为双精度数据时丢失精度的情况下如何进行转换。用于对有特殊字符的字符串划定接线的字符串，默认值是TRUE(“)或单引号。的作用就是原本的文件已经给出了列名，不用重新再设。

2024-03-18 21:13:28 2323 1

Rita_rr的博客