一、可变剪接(Alternative Splicing) 定义： 同一前体mRNA分子，可以在不同的剪接位点发生剪接反应，生成不同的mRNA分子，最终产生不同的蛋白质分子的一种RNA剪切方式。 意义： 1. AS是形成生物多样性的重要原因之一 2. AS是基因表达调控的重要组成部分，与基因表达的时空性息息相关 3. 由于可变剪接直接造成表达产物的差异，因此可变剪接在一些性状、疾病中发挥重要作用。 识别： 分成了7个类型 识别..

目录摘要工具与方法使用命令结果展示总结二级目录三级目录摘要前两个月项目特别多，最近终于有机会闲下来写点文章，把之前搭建的流程梳理一遍。前同事分析16S/ITS使用的qiime1，我接手后感觉不太适应，希望能够使用新版本来搭建，于是花了几天时间重新搭了这个流程，工具与方法使用工具：qiime2使用版本：qiime2-2021.4参考文档：https://docs.qiime2.org/2021.4/（最新版本2021.8）使用命令在这里插入代码片结果展示总结二级目录三级目录...

摘要 最近在搭建WGBS流程，使用bs_seeker2对数据进行比对后需要有一个统计结果。将就之前的脚本稍微改了一下，直接拿来用。 环境配置 python：2.7.18 BS-Seeker2： v2.1.7 目标文件格式 该log文件生成行数是不确定的，但统计结果都是在最后几行，所以我们的脚本里使用负值代表倒数几行开始抓取统计结果。 使用代码 import reimport osnewfile_name = '02.align/map_stat.txt'ne

摘要 接到一个常规细菌的组装注释项目，不过客户提出想要获取关于组装结果与病毒之间的联系/按之前的操作，dfast没有病毒相关的数据库，无法满足客户需求。一番查阅，发现大家用这个VFDB数据库进行常规的病毒注释，下面将介绍一下使用该数据库进行注释的过程。由于比对工具diamond之前没有介绍过，此次也将一并介绍。 介绍 DIAMOND简介 DIAMOND是用于蛋白质和翻译DNA的搜索序列比对工具，旨在用于大序列数据的高性能分析。 主要功能包括： BLAST以100x-10,000x的速

为什么进行Survey 分析？ Survey方案 通过质控 、 NT 比 对，获得高质量的 clean data ，为后续分析奠定良好基础。 基因组 Survey 基于小片段文库的低深度测序数据（ 50X 左右 通过 K mer 分析，有效的评估基因组大小、 GC 含量、杂合度以及重复序列的含量等信息； 全面了解某一物种基因组特征的有效方法； 为后续的全基因组 de novo 测序的组装策略的制定提供理论依据。 基因组的复杂程度预估 1.普通基因组的定义？ 单倍

主办方：和元生物 讲师：夏志芳 主讲内容： 1、外泌体整体课题研究； 结合研究 研究机制机制研究思路 案例解析 WB 荧光染色，免疫沉淀、个体实验 q-PCR，筛选miRNA 对差异miRNA进行深入分析 总结 2、非编码RNA研究思路介绍； lncRNA简介作用机制 miRNA简介miRNA作用方式 circRNA简介circRNA形成 4种形成机制 3种主要功能 研究思路（ncRNA

我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来给大家提供参考。一、BWA比对1.构建索引bwa index -a is example.fasta #构建索引 -a is算法 （BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwa mem -t 6 -R '@RG\tID:foo\tPL:Illumina\tSM:example' exampl

基因或基因组上的差别 基因转录翻译过程 变异类型 Calling SNPs(Index) Overall procedure fig step.1 mapping BWA(https://github.com/lh3/bwa) 建立索引 bwa index hg19.fa 比对 SAM Format(https://samtools.github.io/hts-specs/) fig 转换BAM格式 samtools