随着微生物组研究的日益深入，对大量微生物数据的分析需求不断增长。Qiime2作为一款开源的微生物组数据分析软件，因其功能强大、操作简便而受到广泛关注。本文将为生物信息学零基础的学生提供一份详尽的Qiime2快速安装教程。QIIME 2用户文档Miniconda安装指南Qiime2 GitHub官方仓库🔔 关注我的账号，不错过每一次知识的分享和探索的旅程。📚 我承诺，将持续为您带来深度与广度兼具的生物信息学内容，让我们一起在知识的海洋中遨游，发现更多未知的奇迹。

在使用qiime2进行16S/ITS分析的时候，少不了对样品进行组间分析。除了常见的PicRust和Lefse分析之外，qiime2自带了ANCOM分析。不过这个大家并不是很熟悉，网上对ANCOM的结果也没有非常详尽的介绍。因此我根据查阅的文献资料，整理出这篇文章。希望对使用qiime2分析微生物有需求的小伙伴提供一些帮助。

这个问题其实说大不大，说小不小。

去宿主的分析可以让你节省更多比对时间

分析框架 质控 过滤 trimmomatic PE {input.R1} {input.R2} {output.R1_PE} {output.R1_UNPE} {output.R2_PE} {output.R2_UNPE} LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:5:20 MINLEN:50 -phred33 去重 echo \"{input.R1}\" > {params.sample_ID}_merge.fastuniq ;ech..

目录摘要工具与方法使用命令结果展示总结二级目录三级目录摘要前两个月项目特别多，最近终于有机会闲下来写点文章，把之前搭建的流程梳理一遍。前同事分析16S/ITS使用的qiime1，我接手后感觉不太适应，希望能够使用新版本来搭建，于是花了几天时间重新搭了这个流程，工具与方法使用工具：qiime2使用版本：qiime2-2021.4参考文档：https://docs.qiime2.org/2021.4/（最新版本2021.8）使用命令在这里插入代码片结果展示总结二级目录三级目录...

目录摘要工具与方法使用命令结果展示总结摘要前段时间研究16S/ITS的分析，对qiime2的分析流程有了一定了解，分析方面已经有一套流程了，后续会进行整理发布。在分析之前，软件需要提供预处理文件，包括一份样品数据表格（双端测序数据格式），一份样品分组表格。这两个之前都是手动生成，分组表格是没什么办法的，每个项目的分组情况都不一样，但是样品数据表格是可以研究一下自动生成的。在此记录一下。工具与方法使用语言：bash使用命令第一部分是从供应商拿到的项目数据里面提取原始数据。放到01.data中备用

目录摘要数据准备提取字符串结果展示总结摘要最近开始接手16S项目，遇到一个原始问题，就是制作样本的统计文档和metadata文件。微生物动辄几十上百个样品，一个一个整理是不现实的。目前在手动制作metadata文件时用到几个excel的参数，在此记录一下。数据准备上图展示了部分样品信息，这两列分别是样品名和细分分类标签，其中细分分类标签又有三个含义。BBH19 = BB（样品位置）+ H (个体状态，这里是健康) + 19 （采集年份）。客户提出要求，除了进行细分分类分析，还要按照样品位置和个体状

目录α多样性简介R语言的安装R依赖包及需要命令数据导入数据导入注意事项数据塑形Alpha多样性指数的计算-计算和储存数据可视化可视化-数据导入可视化-数据塑形（合并）可视化-箱线图可视化-添加字母显著性标记可视化-图片的修饰可视化-图片保存总结α多样性简介α多样性描述的是样本内的多样性，主要有两个维度种类数量（丰富度）种类数量的均匀度种类数量越多，种类间的分布越均衡，α多样性指数越高Observed species指数：指样本中实际测定得到的OTU数量，亨利OTU丰富度指数chaol指数：预测