这一部分是使用deeptools对样品进行相关性分析以及主成分分析，同时从peak中去挖掘motif。我使用的工具是MEME-ChIP，MEME是一个工具系列，挖掘motif的工具比较丰富，MEME、DREME、TomTom、MEME-ChIP，其中MEME-ChIP可以同时调用其他几个工具进行综合分析，比较方便。 deeptools是一个很好用的深度分析工具，中文版使用手册可以让你快速上手（虽然翻译有些直，但竟然看得懂！）。在进行相关性分析和主成分分析之前，需要对样品数据进行一个综合统计，deeptoo

macs2运行参数 macs2 callpeak -t K1_ChIPed_S1_L007_R1.bam -c K1_Input_S5_L007_R1.bam -f BAM -g mm -n K1 -B -q 0.01 -t -c 实验组和对照组结果 ​-f 输入文件格式 -g 参考基因组有效大小，人类选择hs，也可以根据基因组大小直接输入数值 -n 输出前缀 -B 输出bdg格式文件，可以上传到UCSC生成峰图 -q q值，默认0.05 -p p值，未校正值 导入到R中