miRDeep2是一个用于从小RNA测序数据中发现已知和新的miRNA的分析工具。它包含了多个模块,可以对测序数据进行预处理、比对到参考基因组、检测已知和新的miRNA等。

在网上看到很多文章，都是在介绍如何通过在线工具获取miRNA的靶基因，为了优化流程，将识别环节也进行标准化处理，在本地运行，本人研究了这个库。multiMiR。

摘要最近不断做项目，闲暇之余也优化了某些项目流程。这次要补充的是分析miRNA时要对reads_length进行统计。一般定义的miRNA长度大约在18-24bp，如果你的统计结果在这个范围内，说明reads是可靠的，可以进一步分析。环境与方法R version 3.6.1 (2019-07-05)绘图包，ggplot2原始数据我设置了过滤，14之前是没有reads的，咱们后面需要统计的也是15-24bp的数据。使用代码 library(ggplot2) #调用ggplot2包，没有

文章目录摘要解决方法结果展示总结摘要2个月前做miRNA项目的时候就遇到了这个问题，解决方法看这里：2021.04.13丨sRNAnalyzer报错fastx_collapser: Invalid input: This looks like a multi-line FASTA file解决办法。最近又接到一个专门分析piRNA的项目，感觉之前的解决方法过于粗暴，会损失大量的序列，导致得到的piRNA太少。深入研究了一下sRNAnalyzer的源代码，终于让我找到了突破点。按照之前的方法，2个G的

摘要 继续使用sRNAnalyzer完成miRNA分析任务，今天要解决的是填充空白值和去除重复列的问题。由于生成的样品定量结果是在多个miRNA数据库中进行比对，因此生成的miRNA会重复出现，需要去重。同时，对于某些样品的reads没有比对到miRNA，并不是显示为0，而是直接为空白。之前一直是用excel手动处理。今天决定使用R一次性解决这个问题。简单在网上查了一下，几行代码就完成了这项工作。 环境配置 R version 3.6.0 依赖包 tidyverse 使用代码

摘要 接到一个外泌体的miRNA分析，正常来说，本来可以直接使用sRNAnalyzer进行比对和定量（见文章https://share.mubu.com/doc/5KSIFg9R9u），但是在cutadapt去接口之后，执行fastx_collapser命令就发生了报错：fastx_collapser: Invalid input: This looks like a multi-line FASTA file。研究了2天终于找到了问题所在，特此记录一下。 软件配置 Python 3.8 sR