2021.05.26【R语言】丨clusterProfiler注释大肠杆菌GO/KEGG富集图

• 摘要
  • 之前写过一篇文章，对clusterProfiler常用注释包进行简单的整理分类2021.05.17【R语言】丨clusterProfiler注释表——KEGG/GO enrich富集图专用_穆易青的博客-优快云博客。然而在遇到一个原核转录组项目想使用大肠杆菌注释包的时候却遇到了报错，经过一番查阅和测试。终于能够注释大肠杆菌，得到GO/KEGG富集图，在这里将整个过程做个梳理。
• 环境与方法
  • R version 3.6.1
  • Bioconductor version 3.10
  • package：
    • clusterProfiler
    • org.EcK12.eg.db(E coli strain K12,官方默认包)
    • org.EcSakai.eg.db
• 使用问题
  • org.EcK12.eg.db与常用的org.Hs.eg.db以及org.Mm.eg.db不同。这个包不能通过require("clusterProfiler")直接使用library(org.Hs.eg.db)，需要单独安