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RSS订阅原创 顶刊（Nature）中公开分享了数据分析Code和绘图代码 | Condense-seq
原文：Native nucleosomes intrinsically encode genome organization principles文章链接：https://www.nature.com/articles/s41586-025-08971-7#code-availability期刊：NatureIF：50.5发表时间：2025年5月7日Python。
2025-06-12 21:07:54
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原创 生信服务器 | 做生信为什么推荐使用Linux服务器？
比例，我们自己配置的服务器，网络（无法做到高速下载，除非你有专线…）、运维、性能、存放位置、以及日常的电费（PS：请不要忽略这个问题，我们就按正常的电源算吧，800w的电源，仅仅是电费）…若是，你只是做转录组分析，或其他对服务器性能要求不高的分析，Windows本子完全可以胜任。处理需要花费时间长一点，其余的都可以完成。但是，你后期需要做单细胞、空转、基因组等等之类的分析，且自己课题组没有服务器，我们依旧建议“想方法”去搞台服务器吧！我组的机子是128G内存，储存容量可以根据自己的需求，挂载多个硬盘。
2025-06-09 23:09:25
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原创 DAP-seq测序（DNA亲和纯化测序）！
作者利用RNA-seq和DAP-seq技术探究ZmGI2的靶基因，发现ZmGI2可以与AGTTGTAG和GGTAAACAAGGT这两个基序（Motif）特异性结合（图4），进一步利用凝胶迁移实验（EMSA）和双荧光素酶报告基因实验（Dual-LUC）证明ZmGI2通过直接结合ZmVOZs、ZmZCN8和ZmFPF1的上游区域来抑制这些基因的表达，并直接结合ZmARR11、ZmDOF和ZmUBC11的上游区域来促进这些基因的表达，从而延缓开花。（c）在LD和SD条件下zmgi2突变体和WT植株开花的天数；
2025-06-09 22:50:05
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原创 跟着顶刊学绘图 | 组学中多组热图绘制
推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。因此，我们会花费很少的时间，做每期教程的分享，希望可能帮助你。时，X轴坐标的数据信息回全部显示，而有些数据可能是存在空值等（详情可以看教程最后的说明）。我们看此热图，可以直接知道是如何绘制的，可以直接使用你。此外，此图热也是一个分面热图，我们在。
2025-04-18 15:29:16
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原创 本地部署DeepSeek R1模型（蒸馏版）
Deepseek这久很火，在年后就说要本地部署Deepseek。但一直苦于没有时间，昨晚太累了，早早就下班，在下班前，将R1的模块在电脑中下载，我安装的R1-7B，差不多也就是4G+。因此，大家若是要部署自己本地，小杜也建议你在晚上下载R1模型。
2025-04-18 15:28:15
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原创 bulk-seq分析，表达量你使用fpkm？还是tpm?
关于bulk-seq分析，你是使用fpkm？还是tpm?这个问题，可能对于初学者来说，很是纠结。因为，你在文章中有使用fpkm，也有使用tpm？也有使用count？我们在“一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM”推文中也详细介绍了各参数的表示的意义。以及在关于Count，FPKM，TPM，RPKM等表达量的计算及转换中也介绍了它们之间的转换。但是，**学习的一直是在不断向前，以及不断纠错的过程。**我们每个人都在经历此过程。
2025-04-18 15:26:46
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原创 R语言绘图 | 时序图绘制
推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!**：以上仅代表个人学习笔记，若有错误的部分，请指正！
2025-04-18 15:26:04
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原创 多组热图绘制教程
小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!
2025-04-02 09:46:06
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原创 R语言绘图 | 使用scplotter包绘制细胞间通信图
推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。包，在前面的教程分享过。，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；批量做差异分析及图形绘制 | 基于DESeq2差异分析。转录组上游分析教程[零基础]此教程，我们分享使用。3. 转录组分析教程。
2025-04-01 22:09:08
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原创 单细胞RNA-seq数据分析学习
前言最近，看到一篇博文，关于单细胞RNA-seq（Single-cell RNA-seq data）的分析学习教程，大佬将很多有用的代码分享出来，也许对你单细胞分析之旅有一定的帮助。虽然，自己目前并非涉及单细胞方面的内容，但对这块的依旧有一定的学习（只了解一点点皮毛）。推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。分享感兴趣的文献和学习资料!
2025-03-19 21:27:17
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原创 R语言绘图 | 环状柱状图+散点柱状组合图绘制
小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!
2025-03-18 18:25:04
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原创 DeepSeek R1模型，本地部署，性能取决于你的电脑
小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!
2025-02-24 14:11:24
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原创 本地部署DeepSeek R1模型（蒸馏瓶）
小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!
2025-02-24 14:10:16
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原创 跟着Nature Microbiology学作图 （一）| 系统发育树绘制
推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。通常，这种文件是以Newick格式或Nexus格式存储的，包含了物种或基因间的进化关系。因此，我们会花费很少的时间，做每期教程的分享，希望可能帮助你。，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；
2025-02-07 14:08:03
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原创 两组或多组GO/KEGG富集结果气泡图绘制
小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!
2025-01-14 11:35:17
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原创 R语言绘图 | 两组或多组GO/KEGG富集结果气泡图绘制
小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!
2025-01-14 11:34:44
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原创 回顾2024，加油2025！All, You and me!
今天是2024年12月31日，是2024年最后一天。那么，你2024年你做了什么呢？有那些收获呢？这是，每个人都会在做工作总结。也许，在看推文的你也在写工作总结，一年时间一转眼就是一年，过得不知不觉…2024，你是否完成了你的工作目标呢？2024，你是否（她和她）兑现了你的承诺呢？2024，你是否"离开/放弃"你的承诺呢？2024，你收获什么呢？爱情、亲情、友情…?也许，2024，你完成了你的人生大事中的一件、两件、三件…；也许，2024，你考上了理想的学校；
2025-01-01 14:16:54
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原创 回顾2024，加油2025！All, You and me!
推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。也许，在看推文的你也在写工作总结，一年时间一转眼就是一年，过得不知不觉........，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；也许，2024，你完成了你的人生大事中的一件、两件、三件.....；也许，2024，你已经硕、博毕业，进入工作；也许，2024，你考上了理想的学校；
2025-01-01 14:14:30
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原创 当你在NCBI中提交了fq数据，但数据未公开，审稿专家要求你提供数据访问链接，怎么办呢？
推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。今天，我们的教程就教大家如何获得自己在NCBI数据中未公开的数据访问链接。，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；但是，在发文章时，审稿专家要求你将数据连接附在文章中，已方便对方访问。此外，若是大家需要如何在NCBI中上传数据教程，可以在本文中留言。
2024-11-13 14:55:52
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原创 如何在Rstudio中自动写代码？？？
copilot类似于open AI，可以自动给你撰写R代码，以及根据你的提示给你可能想要的分析。到这里，你在Rstuido中的设置就已经结束，现在需要注册copilot账号。OK，今天的教程到这里就结束了，很多Copilot的玩法等你来探索。但是，也有可能是网络的问题，那么你就需要进行。在解决R中的问题，是比较好用的。
2024-10-12 20:39:34
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原创 使用Copilot自动在Rstudio中写代码，提高效率！
copilot类似于open AI，可以自动给你撰写R代码，以及根据你的提示给你可能想要的分析。到这里，你在Rstuido中的设置就已经结束，现在需要注册copilot账号。OK，今天的教程到这里就结束了，很多Copilot的玩法等你来探索。但是，也有可能是网络的问题，那么你就需要进行。在解决R中的问题，是比较好用的。
2024-10-12 20:36:37
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原创 Genome varScant | 基因组结构变异 | 基于TBtools
今分享基因组结构变异检测的教程，大家常用的软件基本是minimap2软件，这个软件也是出自李恒大佬之手，但是对于新手小白，或是没有服务器的同学而言，直接在本地使用minimap2是不现实的。然而，今天可以啦。这个主要是归功于CJ老师开发的TBtools软件。非常厉害的一个生信化软件，TBtools问世以来真是造福了多少生信小白。。自己在19年开始了解TBtools，一直到现在，中间换过多台电脑，但是首选安装的软件中一定会有它。我们前面做过等几个教程。minimap2。
2024-10-09 16:52:00
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原创 Genome varScant | 基因组结构变异 | 基于TBtools
分享基因组结构变异检测的教程，大家常用的软件基本是minimap2软件，这个软件也是出自李恒大佬之手，但是对于新手小白，或是没有服务器的同学而言，直接在本地使用minimap2是不现实的。然而，今天可以啦。这个主要是归功于CJ老师开发的TBtools软件。非常厉害的一个生信化软件，TBtools问世以来真是造福了多少生信小白。。自己在19年开始了解TBtools，一直到现在，中间换过多台电脑，但是首选安装的软件中一定会有它。我们前面做过等几个教程。minimap2。
2024-10-09 16:49:33
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原创 Nat Med.作者提供全文的绘图代码，对于学习作图很有帮助（二）
推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!
2024-09-23 15:23:12
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原创 Nat Med.作者提供全文的绘图代码，对于学习作图很有帮助（一）
对于学习绘图提供充分的素材。也是一个学习作图具重大意义的文章。但是，依旧是基于你有一定基础技能之上。由于微信改版，一直有同学反映。那么请跟随以下步骤，将。期刊中，来自上海交通大学医学院的文章，作者提供了全文的绘图代码，确实。获得本期教程全文代码：在订阅号后台回复关键词：20240923。：若你有好的教程或想法，可添加小杜个人微信。文中并未给你提供作图原数据，因此，这些都是需要自己去摸索。，但支持小问题2-3个免费咨询。欢迎关注《小杜的生信笔记》！>，不错过每一条推文教程。
2024-09-23 15:18:54
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原创 “他人笑我太疯癫，我笑他人看不穿“，关于做知识分享，被Diss，哇哦，真厉害
其实，在这里（网络），我们并不知道谁是谁的誰。大家没必要如此的咄咄逼人，对于知分享博主而言，一直坚持在分享的基本大多数是情怀吧（PS：对于个人账号，以及未和提相关公司建立合作）。此外，我们只是分享，仅仅是做自己的学习的记录。建立付费教程，若是你认为可以，那么就购买，若是不行，直接不购买就可以。我们没做任何要求，强制某一个人来购买，都是自愿行为。其实，类似的事情发生了很多。
2024-09-12 11:30:16
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原创 “他人笑我太疯癫，我笑他人看不穿“，关于因回复慢后，被骂事件，做知识分享，不是你理所应当的索要
因此，我们这里就不在建立免费社群（PS：早期关注的同学可能知道，早期建立过免费QQ群和V群，但是后面都全部解散），因为，免费事情做多了，你就可能成为。由于，推文中的教程数据和代码链接失效了，只能我这边后台收到消息后，手动将连接发送给对方，也会发消息，但XX同学并未关注我，我后台无法发送消息。XX同学，分别在11:22和12:07时间段加我好友，OK，完美错过，11:22时候，没看到（表示抱歉），11:30下班时间，去吃饭，一直要到下午上班时间。我时常在友圈或是推文中看到类似的话语，类似的情节，类似的无语。
2024-09-12 11:27:50
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原创 多个数据的维恩图的绘制教程
对于维恩图的绘制教程，我们在前面分享过基于R语言绘制VennPlot图 | 可以绘制大于等于7个类别的码。但是，随着使用的R包的升级，我们绘制的维恩图会出现不显示数值的情况。因此，这个教程的码，若是不做修改的话，就不能使用。维恩图是我们日常分析中常用到的图形，使用的频率非常高（包括自己）。因此，我们今天再分享一篇制作维恩图的教程。此教程使用的R包也是很简单，内容非常丰富。
2024-09-01 20:46:45
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空空如也
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