史上最全 | 39个RNAseq分析工具与对比文献：Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59.这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇

叶绿体基因组二代测序组装（个人经验分享）前段时间，有老师咨询我关于叶绿体基因组组装的问题，虽然本人不才，但也很热心地帮了个忙。虽说中间出了一些小意外，唉唉算了还是不提了。在这里顺便就个人常用的叶绿体基因组组装思路和方法（基于二代测序），给大家作个分享。叶绿体基因组本身不大（平均不到200kb），所以使用二代测序，在高深度测序模式下，配合一个有效的参考基因组，理论上足以组装出一条完整的环状序列出来（10个里面9个可以吧）。当然，只单纯地通过组装软件自动拼接基本上是不可能实现的（主要是IR区的问题.

如何使用MUMmer比对大片段序列测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据库。但是1999年后，越来越多的物种全基因组出现，比如说在1999年出现了Helicobacter pylori的第二类菌株的基因组序列，就需要研究同一物种不同品系进化过程的基因组变化，比如说基因倒置现象。传统的BLAST/FASTA就用不了，就需要用到新的工具，这就是MUMmer出现的历史背景。那么MUMmer能用来研

目录摘要基本语法数据类型YAML 对象YAML 数组复合结构纯量引用摘要YAML 是 "YAML Ain't a Markup Language"（YAML 不是一种标记语言）的递归缩写。在开发的这种语言时，YAML 的意思其实是："Yet Another Markup Language"（仍是一种标记语言）。YAML 的语法和其他高级语言类似，并且可以简单表达清单、散列表，标量等数据形态。它使用空白符号缩进和大量依赖外观的特色，特别适合用来表达或编辑数据结构、各