转录组分析处理流程

本文详细介绍了转录组分析的步骤,从fastqc的质量控制,到STAR进行的RNA-seq映射,接着通过RSEM估算基因表达量,再利用DeSeq2进行差异表达分析,最后确定不同基因的差异表达情况。

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1.fastqc
2.STAR
##build_index
STAR --runThreadN 9 --runMode genomeGenerate \
--genomeDir /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/03-2miRSeq/index \
--genomeFastaFiles /data/XXXXXbio/task_LE-miR/03-2miRSeq/chrom.37.fa \
--sjdbGTFfile /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/03-2miRSeq/miRNA37note.gtf \
--sjdbOverhang 149

###STAR_ALIGN
ls -d LE*|while read LE; do echo $LE; STAR --runThreadN 5 --genomeDir /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/03HumanSequence/index \
--readFilesCommand zcat \
--readFilesIn /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/01trim_out/${LE}/*_1.fq.gz \
/data/XXXXX/bio/task_LE-miR/01trim_out/${LE}/*_2.fq.gz \
--outFileNamePrefix /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/04align_out/${LE}_ \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--outBAMsortingThreadN 5 \
--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts>>${LE}.log; done
3.RSEM
###RSEM-prepare
rsem-prepare-reference --gtf /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/03-2m
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