IGV.js 的完全本地化运行探索

问题及解决方法

1. IGV.js 完全本地化是为了合规，不使用外网的情况下查看基因组。
2. 不联网需要下载 genomes.json 文件及其中的内容之外，还需要修改 igv.js本身，防止5s超时后才显示网页内容。修改的关键词是: genomes.json，改为本地的。
3. 这时搜索功能障碍，可以搜索定位 chr1:12345 这样的位点，不能搜索EGFR 这样的基因字符串。还是要修改js文件，具体方法见下文。

版本号: igv.version() #'2.15.10'

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怎么本地支持搜索？

1. 需要修改的地方

(1) 线索1a：该函数的返回值是什么类型的？

function searchWebService(browser, locus, searchConfig){ //57722
	//
	const result = await igvxhr.loadString(path, options);
	//
}

(2) 线索1b: 先看参数类型

igvxhr.loadString(path, options); // line 57728
debug wjl: 1 EGFR https://igv.org/genomes/locus.php?genome=hg38&name=EGFR {timeout: 5000}
参数
	cocus: EGFR
	path: https://igv.org/genomes/locus.php?genome=hg38&name=EGFR
	options: {timeout: 5000}

(3) 线索1c: 返回值
不确定，只能根据代码推测

	return this._loadStringFromUrl(path, options)

	async _loadStringFromUrl(url, options) {

		options = options || {};
		options.responseType = "arraybuffer";
		const data = await this.load(url, options);
		return arrayBufferToString(data)
	}

	this.load(url, options); 中引用的是
	return this._loadURL(url, options) //18672
	xhr.send(sendData); //18825

(4) 线索1d: ajax 的请求链接

url: 'https://igv.org/genomes/locus.php?genome=$GENOME$&name=$FEATURE$', //57547
https://igv.org/genomes/locus.php?genome=hg38&name=EGFR 

2. 从下文代码找线索，需要什么数据？

(1) 线索2a: 下一行怎么使用该数据？

	const locusObject = processSearchResult(browser, result, searchConfig);
	找到最相关的 const locusObject = {chr, start, end}; //57796
	const result = //手动设置，确认格式 //57731

这里很关键

(2) 线索2b: 该函数调用 parseSearchResults

function processSearchResult(browser, result, searchConfig) { //57750
if ('plain' === searchConfig.type) {
	console.log("debug wjl: 4", result, searchConfig ) // ===>>>>debug 11223344
	results = parseSearchResults(browser, result); 
}

(3) 线索2c: 这是最终格式

     * Parse the igv line-oriented (non json) search results.
     * Example
     *    EGFR    chr7:55,086,724-55,275,031    refseq
    function parseSearchResults(browser, data) { //57827
	}

(4) 这个格式怎么修改？ 就是 refseq的第13，3，5和第6列。

$ zcat ref/hg38/ncbiRefSeq.txt.gz | awk '{print $13"\t"$3":"$5"-"$6"\trefseq"}' | grep "EGFR" | head -n1
EGFR    chr7:55019016-55156939  refseq

(5) 回退到上一步

57843行 line="EGFR\tchr7:55019016-55156939\trefseq"
57731 const result = "EGFR\tchr7:55019016-55156939\trefseq"
57547 url: 'https://igv.org/genomes/locus.php?genome=$GENOME$&name=$FEATURE$',

(6) 设置一个支持cors的、返回字符串的服务器，返回值是

zcat /home/wangjl/soft/scIGV/ref/hg38/ncbiRefSeq.txt.gz | awk '{print $13"\t"$3":"$5"-"$6"\trefseq"}' | grep "CCND1\t" | head -n 1

其他关键技术点：

• flask 在后台执行 linux 命令
• flask返回支持cors的字符串
• 支持cors和range的bam大文件服务器

幸运的是，这些之前都解决过。