IGV web 工具部署

现在使用的查看bam文件的方式主要还是需要把bam文件下载到本地，导致下载花费时间较长，偶然间看到igv.js版本，可以把igv部署在web端访问，网上的资料有限，现总结如下，希望可以帮到有同样需求的人。

下载安装

###下载git文件
git clone git@github.com:igvteam/igv-webapp.git
####下载之后就是一个文件夹
cd ./igv-webapp
npm install
npm run build
###上面这两步需要先安装npm才能用，而且非常容易通不过
###安装好了之后会在目录下新生成一个node_modules和dist文件夹
#这一步之后你需要把整个目录放到你的apache的host目录下，如果你是用的apache的话

#######配置调试
#IGV browser默认提供的hg19的参考基因组信息，可以通过igvwebConfig.js配置文件进行更改

 

配置个人专属基因组数据

IGV browser的基因组数据是通过resources文件下的genomes.json文件进行读入访问的，可视化的track数据信息存放在resources文件下的tracks文件夹中，通过trackRegistry.json文件进行读入访问，默认会从中读取数据展示，访问数据的加载速度可能会比较慢。 查看genomes.json文件