检测 lincRNA 和 mRNA 是否有序列互补？

1.下载序列

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/

(1)搜 LINC00592

大概这个就是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NR_027358.2
其他的太长，包含intron

(2)搜 NTN1

右侧选择物种：人，
忽略：PREDICTED:，VIRTUAL，partial

可能是这个: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_004822.3

2.比对

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

• 勾选 Align two or more sequences
• 输入 fasta格式的序列。
• 建议勾选 Show results in a new window

以下为示例序列，只截取了前两行：

>lncRNA-LINC00592
AGGCAGGTGGAGAGGGGATGGGGGAGGTCTCAGGTCCTCTTGCTCACCCATCAGCTGTGTAGTGTCTGAAG

>gene-NTN1
ACTCCCAGCGCGAGTGGCGGCGGCGGCGGAGCCTTCGGGGGCGAGCGCGCGTGTGTGTG

点 blast 按钮后，新页面提示：No significant similarity found. For reasons why,click here

那就是没有匹配区域了，或者需要调整参数？

(2)修改参数

word size 修改为 16 个: 还是没找到。

(3)阳性测试

从gene复制一段20bp的序列到lncRNA中，发现匹配。
把这一段20bp的反向互补后，还能匹配，只是subject序号反过来了，左边的大。

也就是blast考虑反向互补后，还是没有匹配结果。

那大概率就是没有匹配序列区域了。