IGV Web App 使用教程

IGV Web App 使用教程

1、项目介绍

IGV Web App 是一个基于 igv.js 的纯客户端“基因组浏览器”应用程序。它由 Integrative Genomics Viewer (IGV) 团队开发，旨在提供一个用户友好的界面来浏览基因组数据。用户可以通过 https://igv.org/app 访问托管的应用程序，或者按照指南在自己的服务器上部署。

主要功能

• 基因组数据可视化：支持多种基因组数据格式，包括 BAM、VCF、GFF 等。
• 现代浏览器支持：需要支持 JavaScript ECMAScript 2015 的现代浏览器。
• 自托管选项：用户可以选择在自己的服务器上部署 IGV Web App。

2、项目快速启动

安装依赖

首先，确保你已经安装了 Node.js 和 npm。然后，克隆项目仓库并安装依赖：

git clone https://github.com/igvteam/igv-webapp.git
cd igv-webapp
npm install

启动开发服务器

安装完成后，启动开发服务器：

npm start

服务器启动后，你可以在浏览器中访问 http://localhost:8080 来查看 IGV Web App。

构建生产版本

如果你想构建生产版本，可以使用以下命令：

npm run build

构建完成后，生成的文件将位于 dist 目录中。

3、应用案例和最佳实践

应用案例

• 基因组数据分析：IGV Web App 可以用于可视化和分析基因组数据，帮助研究人员更好地理解基因组结构和功能。
• 教育用途：在生物信息学课程中，IGV Web App 可以作为教学工具，帮助学生直观地理解基因组数据。

最佳实践

• 数据格式：确保你的基因组数据格式正确，以便 IGV Web App 能够正确解析和显示。
• 自定义配置：通过修改 igvwebConfig.js 文件，可以自定义 IGV Web App 的行为和外观。

4、典型生态项目

igv.js

igv.js 是 IGV Web App 的核心库，提供了基因组数据可视化的核心功能。它是一个独立的 JavaScript 库，可以嵌入到任何网页中。

IGV Desktop

IGV Desktop 是 IGV 团队开发的桌面应用程序，提供了更强大的功能和更高的性能。它与 IGV Web App 共享许多核心功能，但更适合需要高性能和复杂分析的用户。

其他相关项目

• igv-reports：用于生成包含 IGV 视图的 HTML 报告。
• igv-notebook：用于在 Jupyter Notebook 中嵌入 IGV 视图。

通过这些项目，IGV 生态系统为用户提供了从桌面到网页，从简单可视化到复杂分析的全方位解决方案。