生物信息学专栏(BioMooc)

展示年份内的每日交易量和平均市盈率。

ggplot2 设置不同的分面标题颜色

D3.js 简介

二维数据密度图

两两比较，R语言绘图带p值

目的：画热图，分区，给对角线分区添加黑色边框。

热图常见要素

【代码】ggplot2 | 带p值的violin plot + jitter(云雨图)

【代码】R 语言 | 绘图的文字格式(绘制上标、下标、斜体、文字标注等)

有以下呈现方式，

复杂热图的画法。

色彩组合列表

轮廓系数越大，表示簇内实例之间紧凑，簇间距离大，这正是聚类的标准概念。目的：鸢尾花数据进行kmeans聚类，最佳聚类个数是多少？

如果分面图上还想再添加文字，只能使用底层的grid包了。

error bar 应该怎么画?

宽变长 手工版

ggplot环形图，就是百分比堆叠柱状图，极坐标环化。

给定一组颜色，模拟查看其在单细胞上的效果。

搜索发现，这是paletteer包的函数。据R包作者介绍，这个包收集了52个R包的2100种调色板，R用户可以通过paletteer包来直接调用其他R包的调色板。

win11 右键菜单就是很少用到的功能，为了有用，必须按住shift再右击。不知道这个负优化是怎么通过的？！

当时知道Hinton是一个孤独的坚持者，挺过了一次又一次的AI winter。他几十年坚持研究的多重神经网络模型，终于在硬件算力达到阈值后迎来了拐点，在图像识别领域迎来了伟大的胜利，接着是自然语言处理。今年来，他对AI表达了担忧，呼吁做更安全可控透明的AI研究。当年师弟进实验室做本科毕业设计，说想做算法，因为互联网大厂的算法给钱多。我想了想，那我们试试改进一下单细胞聚类算法吧，问题1.细胞多的时候巨慢，问题2.其他缺点，比如同一亚群细胞降维后在二维上不是一团。那时还没有UMAP，最好的降维算法是tSNE。

该论文提供的代码涵盖的分析方向齐全，且代码风格和R语言编程细节都有值得学习的地方。代码有点多，包括R，rmd， py，jupyter notebook, shell等格式，压缩包见 美国国立卫生院 官方网站 pubmed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/，免费下载！！！！！！！

左侧为DimPlot2()效果图。右侧为DimPlot()效果图，原图。

【代码】DotPlot 的宽高自动设置 | 线性拟合。

目的：图中添加文字。

【代码】边缘密度分布图 | ggExtra包/aplot拼图/ggpubr包 等的实现方法。

在2有下降拐点，但是样本较多时分成2类一般意义不大。在7时也有下降拐点。

👏🏻然后我这里使用了aplot包将上述三个元素拼到一起，形成了完整的热图。✅小方格可以用ggplot2中的geom_tile()函数来画。✅聚类树可以用ggtree()函数来画。✅分组条形图也是一样。

【代码】R语言 | 上下双向柱状图。

数据分布的刻画：密度曲线

云雨图，半边散点，半边小提琴图

左边是默认，右边是自定义颜色后。

【代码】ggplot2 | line plot 分组及均值线：聚类后的表达变化趋势图。

难点，如何保证饼图的顺序？难点2，如何保证饼图顺序和文字顺序一致？解决方法：设置分类变量为因子。

单细胞 批量火山图展示高表达基因

目的：使用bulk 数据，查看HeLa 双胸苷阻断法 细胞同步化 释放 [0, 3, 4.5, 6, 9, 10.5, 12, 15, 18, 19.5, 21, 22.5, 25.5, 30] 小时后 cell cycle 基因的表达情况。

简易富文本编辑器的原型。

可以目测效果图，然后鼠标右击查看样式代码。

ggplot2 渐变色bar怎么加黑边框？

基本柱状图。