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biomooc
这个作者很懒，什么都没留下…
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ggplot2 | GO barplot with gene list
GO barplot with gene list on it原创 2025-05-09 17:27:58 · 237 阅读 · 0 评论 -
TCGA 数据下载与生存分析 //todo
TCGA 数据下载与使用。原创 2025-04-26 16:10:46 · 398 阅读 · 0 评论 -
bedtools coverage 获取每个位置的测序深度
bedtools 获取bam中每个位置的测序深度原创 2025-04-23 22:07:38 · 477 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 2d概率密度分布图
二维数据密度图原创 2025-04-08 15:49:40 · 368 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 在图形上标注P值的R包
两两比较，R语言绘图带p值原创 2025-03-04 11:21:23 · 493 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 使用 ComplexHeatmap 绘制热图，分区并给对角线分区加黑边框
目的：画热图，分区，给对角线分区添加黑色边框。原创 2025-02-05 11:30:18 · 646 阅读 · 0 评论 -
R绘图 | pheatmap 聚类并设置间隔
热图常见要素原创 2025-02-02 23:09:36 · 805 阅读 · 0 评论 -
R 语言 | future 包，非阻塞的执行耗时脚本
future 包原创 2025-01-21 21:32:40 · 449 阅读 · 0 评论 -
R语言 | vscode R plot 不弹出图形窗口，看不到图怎么办？
vscode 中的R绘图查看方法原创 2025-01-14 15:44:24 · 822 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 | 带p值的violin plot + jitter(云雨图)
【代码】ggplot2 | 带p值的violin plot + jitter(云雨图)原创 2025-01-07 00:36:32 · 229 阅读 · 0 评论 -
R shiny app | 网页应用 空格分隔的文本文件在线转csv
R shiny app原创 2025-01-05 22:16:03 · 473 阅读 · 0 评论 -
抽象与过渡抽象 | 代码重构
抽象应该是为了简化，而不是让事情变得更复杂。原创 2025-01-05 17:43:09 · 234 阅读 · 0 评论 -
KNN 算法的实现 Annoy（Approximate Nearest Neighbors Oh Yeah）| 原理与实战
求3000个细胞在PC空间的20个最近邻，最快的实现方法是 annoy，Seurat 4也采用了该方法。Annoy 牺牲了精确度，提升了运算速度。通过多次构建，求共同最近的方法，能大致正确的求出高维空间中最近的k个邻居。原创 2024-12-25 22:31:11 · 393 阅读 · 0 评论 -
R 语言 | 绘图的文字格式(绘制上标、下标、斜体、文字标注等)
【代码】R 语言 | 绘图的文字格式(绘制上标、下标、斜体、文字标注等)原创 2024-12-22 09:22:09 · 1071 阅读 · 1 评论 -
R语言 |展示差异基因，不一定非要用火山图
有以下呈现方式，原创 2024-12-14 16:20:24 · 509 阅读 · 0 评论 -
基于R的单细胞分析岌岌可危: 数据太大时，建议用python | 手动py leiden细胞分群后导回R
R语言的极限在哪里原创 2024-12-10 09:44:37 · 652 阅读 · 4 评论 -
R语言 | 峰峦图 / 山脊图
目的：为展示不同数据分布的差异。原创 2024-12-06 17:09:25 · 737 阅读 · 0 评论 -
单细胞 | label transfer with Seurat4(未知细胞映射到注释好的细胞图谱)
单细胞分析。原创 2023-05-12 22:56:27 · 2865 阅读 · 0 评论 -
R语言 | ComplexHeatmap 画注释若干基因的热图 //todo
复杂热图的画法。原创 2024-12-02 20:42:25 · 537 阅读 · 0 评论 -
统计学 | bootstrap 和 permutation test 的区别与联系？
如果我有两组数字，想做统计检验其差异。但是样本太小，不确定原始分布，只能做非参数检验。原创 2024-12-01 19:47:23 · 583 阅读 · 0 评论 -
获取图片中的关键色彩 | 单细胞配色有救了
色彩组合列表原创 2024-11-29 13:06:20 · 530 阅读 · 0 评论 -
kmeans 最佳聚类个数 | 轮廓系数（越大越好）
轮廓系数越大，表示簇内实例之间紧凑，簇间距离大，这正是聚类的标准概念。目的：鸢尾花数据进行kmeans聚类，最佳聚类个数是多少？原创 2024-11-26 16:04:25 · 871 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 分面图等添加注释文字，想加哪里加哪里: 自定义函数 AddText()
如果分面图上还想再添加文字，只能使用底层的grid包了。原创 2024-11-21 21:18:02 · 375 阅读 · 0 评论 -
统计学 | 标准差 和 标准误的区别
error bar 应该怎么画?原创 2024-11-19 20:28:34 · 611 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 宽数据变成一列，保留对应的行名和列名
宽变长 手工版原创 2024-11-19 15:51:40 · 596 阅读 · 0 评论 -
R语言/Rstudio 报错
CentOS下的R原创 2024-11-18 13:50:13 · 350 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 绘制环形图
ggplot环形图，就是百分比堆叠柱状图，极坐标环化。原创 2024-11-09 19:57:00 · 442 阅读 · 0 评论 -
单细胞配色效果模拟器 | 简陋版（输入已有颜色列表）
给定一组颜色，模拟查看其在单细胞上的效果。原创 2024-10-27 22:08:19 · 577 阅读 · 0 评论 -
色彩 | 单细胞漂亮的配色效果
主要参数：scale_color_gradientn(values = seq(0,1,0.2),colours = c(‘#330066’,‘#336699’,‘#66CC66’,‘#FFCC33’))原创 2024-10-24 20:49:29 · 873 阅读 · 0 评论 -
R语言 | paletteer包：拥有2100多个调色板！
搜索发现，这是paletteer包的函数。据R包作者介绍，这个包收集了52个R包的2100种调色板，R用户可以通过paletteer包来直接调用其他R包的调色板。原创 2024-10-24 17:24:43 · 1557 阅读 · 0 评论 -
如何调试该死的Rcpp代码？如何复用Rcpp的so共享库文件？| 向量/矩阵运算
Rcpp中 mat.outerSize() 是稀疏矩阵的列数。原创 2024-10-20 20:52:02 · 717 阅读 · 0 评论 -
WNN 多模态整合 | Seurat 单细胞多组学整合流程
WNN多模态整合算法流程。原创 2024-10-23 19:52:02 · 717 阅读 · 0 评论 -
范数，L2范数标准化，及其用法和意义
L2范数（L2 norm），也称为欧几里德范数（Euclidean norm）或2-范数，是向量元素的平方和的平方根。它在数学和机器学习中经常被用作一种正则化项、距离度量或误差度量。对于一个n维向量x = [x1, x2, …原创 2024-10-17 16:38:13 · 1193 阅读 · 0 评论 -
R语言手工实现主成分分析 PCA | 奇异值分解(svd) 与PCA | PCA的疑问和解答
PCA的若干变种和代码实现：用svd代替特征值分解，用相关系数矩阵代替协方差矩阵。原创 2024-10-12 17:36:44 · 1139 阅读 · 0 评论 -
R 语言 | 取数据框一列子集时，如何保持数据框结构？drop=F
R中数据框取子集时，建议都加上第三个参数 drop=F原创 2024-09-26 09:18:12 · 456 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 发一篇 Science 需要学会多少个R包？
该论文提供的代码涵盖的分析方向齐全，且代码风格和R语言编程细节都有值得学习的地方。代码有点多，包括R，rmd， py，jupyter notebook, shell等格式，压缩包见 美国国立卫生院 官方网站 pubmed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/，免费下载！！！！！！！原创 2024-08-13 09:39:14 · 143 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 缩小的/一般长度的、带箭头的坐标轴 | R语言
左侧为DimPlot2()效果图。右侧为DimPlot()效果图，原图。原创 2024-09-08 16:28:22 · 636 阅读 · 0 评论 -
与PC1显著相关的基因 | p值计算
其中，统计量t符合自由度为 n-2 的t分布。原创 2024-08-30 20:08:23 · 550 阅读 · 0 评论 -
DotPlot 的宽高自动设置 | 线性拟合
【代码】DotPlot 的宽高自动设置 | 线性拟合。原创 2024-08-17 20:06:29 · 302 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 添加文字信息，设置黑体、斜体、旋转、对齐
目的：图中添加文字。原创 2024-08-02 11:55:45 · 2448 阅读 · 0 评论