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生物信息学专栏(BioMooc)

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原创 生信分析最好的系统架构:个人观点

容器化也是生信的未来,至少减少了装包的时间消耗。

2024-05-03 16:11:43 532

原创 quora | 怎么让脑子更聪明、更快?

Q: How can I make my brain sharper, smarter, and faster?

2025-03-18 09:36:18 358

原创 C语言 | 二叉树打印效果,控制台打印

控制台打印二叉树

2025-03-14 15:57:24 172

原创 C++ | 缩进混用tab和空格的c++代码库,vscode中看着很乱,怎么快速统一缩进风格?

设置全局或项目级的缩进规则,确保后续输入的代码符合规范。

2025-03-13 13:54:07 362

原创 word 怎么创建 受保护的区域? | 国自然

word 受保护的区域。

2025-03-09 20:29:33 129

原创 html | 预览一个颜色数组

Aim: 查看几个颜色的效果,在网页中使用。

2025-03-04 16:55:22 357

原创 R语言 | 在图形上标注P值的R包

两两比较,R语言绘图带p值

2025-03-04 11:21:23 472

原创 《澳洲游记》-柳宗元

文言文。

2025-02-26 19:23:23 251

原创 R语言 | 使用 ComplexHeatmap 绘制热图,分区并给对角线分区加黑边框

目的:画热图,分区,给对角线分区添加黑色边框。

2025-02-05 11:30:18 577

原创 R绘图 | pheatmap 聚类并设置间隔

热图常见要素

2025-02-02 23:09:36 750

原创 学习Transformer这事简单,照着做包你变成高手!

Transformer 怎么学?

2025-01-21 21:36:59 320

原创 R 语言 | future 包,非阻塞的执行耗时脚本

future 包

2025-01-21 21:32:40 323

原创 R语言 | vscode R plot 不弹出图形窗口,看不到图怎么办?

vscode 中的R绘图查看方法

2025-01-14 15:44:24 649

原创 ggplot2 | 带p值的violin plot + jitter(云雨图)

【代码】ggplot2 | 带p值的violin plot + jitter(云雨图)

2025-01-07 00:36:32 196

原创 R shiny app | 网页应用 空格分隔的文本文件在线转csv

R shiny app

2025-01-05 22:16:03 452

原创 抽象与过渡抽象 | 代码重构

抽象应该是为了简化,而不是让事情变得更复杂。

2025-01-05 17:43:09 216

原创 文档 | Rstudio下的轻量级单页面markdown阅读器 markdownReader

轻量级md阅读器,适用于Rstudio环境

2025-01-04 16:03:20 631

原创 Excel | 空格分隔的行怎么导入excel?

在Excel中,定位到你想粘贴的单元格,按Ctrl+V进行粘贴。粘贴后,你会在右下角找到“粘贴选项”菜单,选择“使用文本导入向导”以进行分列操作。在第二步中,注意到“空格”选项已勾选。此时,预览窗口会显示文本已根据空格正确分列。无需进行额外设置,直接点击“完成”按钮。打开记事本,选中所有内容,按Ctrl+A全选,然后复制(Ctrl+C)。或者单击下一步,设置每列的格式(默认通常没错),然后单击完成。准备工作:您需要一个记事本程序和Excel软件。初始的分列步骤可以略过,直接点击“下一步”。

2025-01-04 09:40:46 1503

原创 KNN 算法的实现 Annoy(Approximate Nearest Neighbors Oh Yeah)| 原理与实战

求3000个细胞在PC空间的20个最近邻,最快的实现方法是 annoy,Seurat 4也采用了该方法。Annoy 牺牲了精确度,提升了运算速度。通过多次构建,求共同最近的方法,能大致正确的求出高维空间中最近的k个邻居。

2024-12-25 22:31:11 369

原创 异想天开 | 什么是一流的学者?

如果一个顶级科学家不能提出一个哲学层面的概念,似乎有有点low了。当然,提出概念也是有巨大风险的,如果该概念被证伪,那么提出该概念的学者也一块跌落神坛。现在NIH院长提出,癌症是因为衰老!

2024-12-24 11:13:34 176

原创 R 语言 | 绘图的文字格式(绘制上标、下标、斜体、文字标注等)

【代码】R 语言 | 绘图的文字格式(绘制上标、下标、斜体、文字标注等)

2024-12-22 09:22:09 884 2

原创 怎么用 metascape 做GO分析

新页面就是GO分析结果,可以查看是否又感兴趣的GO 条目,可以点击顶部的 All in one zip file 保存到本地;等待进度条结束,大概1-3分钟,点击 出现的黄色按钮 Analysis Report Page,跳转到新页面。打开网页 https://metascape.org/gp/index.html#/main/step1。输入基因列表,一行一个基因,点确定;如果是人的基因,就再点确定。给下载好的zip文件名添加前缀,方便以后区分该zip文件是什么。

2024-12-15 15:29:58 417

原创 R语言 |展示差异基因,不一定非要用火山图

有以下呈现方式,

2024-12-14 16:20:24 469

原创 基于R的单细胞分析岌岌可危: 数据太大时,建议用python | 手动py leiden细胞分群后导回R

R语言的极限在哪里

2024-12-10 09:44:37 550 4

原创 R语言 | 峰峦图 / 山脊图

目的:为展示不同数据分布的差异。

2024-12-06 17:09:25 689 1

原创 R语言 | ComplexHeatmap 画注释若干基因的热图 //todo

复杂热图的画法。

2024-12-02 20:42:25 500

原创 统计学 | bootstrap 和 permutation test 的区别与联系?

如果我有两组数字,想做统计检验其差异。但是样本太小,不确定原始分布,只能做非参数检验。

2024-12-01 19:47:23 528

原创 TCGA 编码格式解读 | 怎么区分是不是肿瘤样品?

"-"分割符的第四位。

2024-11-29 21:30:36 711

原创 获取图片中的关键色彩 | 单细胞配色有救了

色彩组合列表

2024-11-29 13:06:20 434

原创 kmeans 最佳聚类个数 | 轮廓系数(越大越好)

轮廓系数越大,表示簇内实例之间紧凑,簇间距离大,这正是聚类的标准概念。目的:鸢尾花数据进行kmeans聚类,最佳聚类个数是多少?

2024-11-26 16:04:25 684

原创 ggplot2 分面图等添加注释文字,想加哪里加哪里: 自定义函数 AddText()

如果分面图上还想再添加文字,只能使用底层的grid包了。

2024-11-21 21:18:02 334

原创 统计学 | 标准差 和 标准误的区别

error bar 应该怎么画?

2024-11-19 20:28:34 509

原创 R语言 | 宽数据变成一列,保留对应的行名和列名

宽变长 手工版

2024-11-19 15:51:40 571

原创 R语言/Rstudio 报错

CentOS下的R

2024-11-18 13:50:13 339

原创 显示器接口种类 | 附图片

转换接口购买

2024-11-11 18:24:20 2431

原创 ggplot2 绘制环形图

ggplot环形图,就是百分比堆叠柱状图,极坐标环化。

2024-11-09 19:57:00 377

原创 单细胞配色效果模拟器 | 简陋版(输入已有颜色列表)

给定一组颜色,模拟查看其在单细胞上的效果。

2024-10-27 22:08:19 497

原创 色彩 | 单细胞漂亮的配色效果

主要参数:scale_color_gradientn(values = seq(0,1,0.2),colours = c(‘#330066’,‘#336699’,‘#66CC66’,‘#FFCC33’))

2024-10-24 20:49:29 645

原创 R语言 | paletteer包:拥有2100多个调色板!

搜索发现,这是paletteer包的函数。据R包作者介绍,这个包收集了52个R包的2100种调色板,R用户可以通过paletteer包来直接调用其他R包的调色板。

2024-10-24 17:24:43 1376

原创 WNN 多模态整合 | Seurat 单细胞多组学整合流程

WNN多模态整合算法流程。

2024-10-23 19:52:02 593

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