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西南大学植物保护学院作物真菌病害成灾机制与可持续控制团队与浙江大学马忠华教授团队在国际权威学术期刊《Nucleic Acids Research》上发表了一篇题为“Fungal chromatin remodeler Isw1 modulates translation via regulating tRNA transcription”的研究论文。该研究利用该研究运用了ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、MNase-qPCR、EMSA、LC-MS等技术方法，对禾谷镰刀菌（Fusarium

ChIP-seq揭示MbpR在植物乳杆菌中的独特调控机制，转录因子不止讲述promoter~

本篇文章研究利用ChIP-seq、RNA-seq、亚细胞定位、酵母单杂、COIP等技术方法揭示了VaMYB4a通过抑制VaPIF3和激活VaCBF4来增强葡萄的抗寒性，为植物抗寒研究提供了新的见解。

本文研究主要探讨了组蛋白乳酸化在肝癌微波消融术后转移中的作用机制，并揭示了其通过调控NFS1介导的铁死亡抵抗促进肿瘤进展的分子通路。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。

一致的是，这一突变的Gata6变体显著降低了Lrh-1-β--catenin信号的活性，与野生型一样有效。的表达，并且Gata6与Lrh-1有相互作用，可以合理推测，当Gata6过表达时，过量的Lrh-1与Gata6之间的相互作用可能会影响Gata6的转录活性。突变体中观察到的β-catenin信号下调的生物学后果，通过使用β-catenin信号的抑制剂XAV939或SSTC3在斑马鱼胚胎中抑制了该信号，结果在3.5dpf时出现了小肝脏和聚集在结节中的胆管细胞（图5B），与这三个突变体中观察到的表型相似。

为了确定TGM2在HCC癌变和进展中的功能，作者测量了7种肝癌细胞系中TGM2的核和细胞质蛋白水平，并建立了TGM2敲低和核特异性过表达的细胞系，随后，作者进行了CCK-8和集落形成实验来评估HCC细胞的增殖，Transwell和伤口愈合试验来评估HCC细胞的迁移和侵袭能力。此外，在HTVI模型中，TGM2促进了HCC的癌变和进展。此外，与邻近的非肿瘤组织相比，HCC组织中色氨酸羟化酶1（TPH1，外周组织中5-HT合成的限速酶）的表达升高，提示HCC中Trp代谢的5-HT通路可能比邻近非肿瘤组织更活跃。

研究发现了一个新的调控级联反应，其中转录因子COH2在昆虫表皮上激活表皮穿透基因的表达，而在血腔中，蛋白COH1与COH2相互作用，降低COH2的稳定性，从而抑制表皮穿透基因的表达并上调血腔定植基因的表达。爱基百客在微生物ChIP-seq领域的实力和成果有目共睹，通过与众多科研单位的紧密合作，我们助力揭示了多种微生物在不同环境条件下的基因调控机制，为微生物学研究提供了丰富的数据资源和深入的见解。: Peak注释和分布分析，Peak关联基因的GO、KEGG的注释和富集分析， 转录因子和Motif分析等。

近日，陕西师范大学肖光辉课题组在期刊Developmental Cell（IF=10.7）发表题为Strigolactone promotes cotton fiber cell elongation by de-repressing DWARF53 on linolenic acid biosynthesis的文章，本研究利用ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq、Y1H/Y2H、Dual-LUC、EMSA等技术方法探究GhD53在棉花纤维发育中的作用及调控机制。爱基百客为该研究提供DA

研究发现，GhD53作为转录抑制因子，通过与GhSLRF相互作用抑制GhFAD3基因的转录，而SL信号的激活能够促使GhD53降解，从而解除对GhFAD3的抑制，增强亚麻酸生物合成，进而促进棉花纤维的伸长。本文通过在果蝇和小鼠模型上的研究发现，高脂饮食引起的肠道菌群失调导致酪胺(TA)的产生增加，TA通过激活肠细胞中的cytoCa2+信号通路，进而激活CRTC-CREB转录复合体，这种信号级联不仅抑制了饮食脂质的消化和肠道脂肪生成，还促进了线粒体生物发生，最终减轻了HFD诱导的胰岛素抵抗。

2024年11月11日，武汉大学人民医院泌尿科研究团队在期刊《Advanced Science》（IF=14.6）发表题为“STAMBPL1/TRIM21 Balances AXL Stability Impacting Mesenchymal Phenotype and Immune Response in KIRC”的研究论文。该研究表明靶向STAMBPL1/TRIM21/AXL轴可降低间充质表型，增强癌症治疗的抗肿瘤疗效。爱基百客为该研究提供RNA-seq的技术支持。研究背景

与木聚糖合成相关的GhGUX基因（GUX2和GUX3）显著上调，这将对植物次生壁的合成产生重大影响，最终影响纤维的发展（图3D）。在染色质的Peak区域，可能存在调节附近基因表达的TF结合位点（图4A）。而在WT中，1906个基因与启动子Peak相关，分别与60个下调和28个上调DEG重叠，这些基因被称为差异靶基因（图3B）。突变体的peak包含87个过表示的motif，而WT 的peak包含39个过表示的motif。突变体中的Peak分布在启动子区域，而WT中的大多数Peak主要分布在内含子（图2B）。

此外，测量了BEAS-2B、A549和H1299细胞中HOXD1启动子区域甲基化水平，TBS结果显示，与BEAS-2B细胞相比，A549和H1299细胞中的总甲基化水平并没有显著差异（图4C）。此外，为了确定细胞运动性，进行了细胞划痕实验（图3E）以及Transwell实验（图3F），与对照细胞相比，当HOXD1上调时，LUAD细胞的迁移和侵袭受到抑制。在肺癌研究中，HOXD基因的异常表达与肺腺癌（LUAD）的发生和进展有关，但关于HOXD1在肺癌中的作用尚不清楚。图7 HOXD1调控LUAD进展机制图。

研究者将20个基因模型与F1CDx和MSK-IMPACT商业模型进行了比较，发现20个基因模型的TMB与这些商业模型得出的TMB估计值之间存在显著相关性（Fig. 3e,Fig. 3f）。该模型能够准确估计POLE突变的CRC患者的TMB，这些患者通常具有非常高的TMB水平，并在微卫星稳定（MSS）和微卫星不稳定（MSI）的POLE突变患者中提供可靠的TMB估计。多变量Cox回归分析表明，高TMB并不是OS的独立预后指标（Fig. 4d），但它是CRC患者PFS增强的独立预测因子（Fig. 4e）。

结果显示，在NC条件下，BrJMJ18Par(A345T)和BrJMJ18Par(C633Y)的去甲基化酶活性高于BrJMJ18PC，而BrJMJ18Par(F654L)和BrJMJ18Par(C633Y)/(F654L)表现出较低的活性（Fig.8）。在所有六个氨基酸突变中，T345A发生在已知的催化JmjC域，Y633C和L654F都位于DNA结合的Zf-C5HC2域和FYRN域之间的间隙，这在染色质相关蛋白中很常见。群体的进化历史，估计了一个共同祖先的分裂和随后的群体分化时间（Fig.1b）。

根据HEATSTER平台的分析进行鉴定、分类和特性描述（图1A），ZmHsf17的蛋白包括一个保守的DNA结合域（DBD）、寡聚化域（OD）、核定位信号（NLS）、核出口信号（NES）和芳香族、疏水性和酸性氨基酸（AHA）。GO富集分析揭示了与应激反应显著相关的生物过程（BP）术语，特别是那些涉及“对应激的反应”、“对化学物质的反应”、“对非生物的反应”和“对热的反应”（图6E）。通过脂质亚类的差异化散点图，观察到MGDG、PG和DGDG是主要上调的脂质，许多脂质组分的倍数变化超过2（图10B）。

由武汉大学人民医院、海南省总医院以及首都医科大学宣武医院合作共同在《Cell Reports Medicine》期刊发表题为The SGLT2 inhibitor dapagliflozin ameliorates renal fibrosis in hyperuricemic nephropathy文章，本研究利用RNA-seq、ChIP-seq、WB、免疫荧光等实验方法在细胞以及实验动物层面阐述了达格列净改善高尿酸血症肾病的肾纤维化的调控机制，为使用达格列净治疗非糖尿病肾病提供更为深入的理论基础

华中科技大学同济医学院附属协和医院陶娟教授团队在《Science Advance》发表题为MerTK+macrophages promote melanoma progression and immunotherapy resistance through AhR-ALKAL1 activation的文章，本文利用了单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、流式细胞术、免疫组化染色、实时定量PCR（RT-qPCR）、Western blot等技术，探究发现Ah

急性心肌梗死（MI）是全球死亡的主要原因，尽管MI的死亡率有所下降，缺血性心力衰竭的发病率却呈上升趋势。这一现象提示我们，尽管在急救和治疗急性心肌梗死方面取得了进展，但心脏在梗死后的长期功能恢复仍然是一个挑战。2024年8月15日，南京鼓楼医院徐标教授团队、王涟教授团队在Pharmacological Research（IF：9.1）发表了题为“LIM kinase 2 activates cardiac fibroblasts and exacerbates postinfarction left v

然而，K2-ERFs组的下游基因参与了更独特的生物过程，如翻译、酰胺和肽的生物合成和代谢过程，以及有机和细胞氮化合物的生物合成过程。有趣的是，在这些过程中，上调的DEGs数量大于下调的DEGs数量(图6F)。有趣的是，这些下游基因具有相当比例的重叠(693/2316)，同时K2-ERFs的下游独特基因最多，暗示Aza和ETH在调控桂花花衰老中具有相似的途径且DNA低甲基化通过。下游基因，它们参与相似和不同的生物过程和代谢通路，表明乙烯和DNA低甲基化在调节桂花花衰老中具有串扰和独特的调控机制。

该研究通过组织学、生化和转录组学分析，研究了患者、HN小鼠和UA刺激的HK-2细胞中HN的功能、病理和分子变化。通过使用带有骨膜蛋白启动子的腺相关病毒（AAV）过表达LIMK1或LIMK2，研究发现在DKO小鼠中，肌成纤维细胞特异性的LIMK2过表达减弱了这些作用，而LIMK1则没有。14)-阳性多发性骨髓瘤中，II类FINs与博来霉素的组合治疗通过抑制溶质载体家族7成员11的增加，降低了细胞谷胱甘肽水平，并诱导了细胞凋亡和铁死亡的发生，展示了在体外及异种移植模型中的协同抗肿瘤活性。的五个同源基因之一。

为了确定单个FOXK1 IDR对相分离的贡献，作者使用mEGFP-tagged质粒生成了三种肽:含有第一个IDR的肽（FOXK11-133），含有第二个IDR的肽（FOXK1210-303），以及含有第三和第四个IDR的肽（FOXK1415-733）。细胞内生物大分子，如蛋白质和核酸，通过LLPS的物理化学机制自组装成液体状凝聚物，它提供了基本上无膜的隔间、浓缩和分离的细胞成分，以实现一系列独特的生理功能，包括活细胞中的转录活动。然而，在纤维化肾脏的背景下，仍然缺乏支持TECs强劲糖酵解的直接证据。

结果显示，在4个含有纯合CsSEP22667T等位基因（长果实）的近等基因系中，CsCRC的表达水平显著高于含有纯合CsSEP22667A等位基因（短果实）的近等基因系（图6D），这与之前报道的CsCRC在果实长度变异中的积极作用一致。的显著转录抑制，而在CmSEP2HAP1和CmSEP2HAP2之间未检测到差异（图7D），这与CmSEP2HAP3中的果实长度长于CmSEP2HAP1和CmSEP2HAP2的表型数据相一致，表明只有C端中的7638G/A-SNP调节甜瓜中的果实长度（图7A-B）。

在利用大肠杆菌纯化的重组OsWRKY31-GST和UvSec117-His进行的pull-down实验中，OsWRKY31-GST被包被有UvSec117-His的His磁珠拉下（图1c）。1、DNA结合蛋白和基因表达调控：通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白（如转录因子）的结合位点，然后与转录组数据结合分析，可以获得转录因子直接调控的靶基因，为全面理解转录因子调控功能提供依据。基于DNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中的迁移率不同，检测活化的与DNA结合的蛋白转录或调节因子。

这两篇SCI论文的发表，为我们提供了一个宝贵的启示：即使是同一套ChIP-seq数据，通过不同的视角和分析策略，也能够揭示出不同的科学问题。整体来看，本文的研究思路是通过一系列体外和体内实验，系统地研究了AMPK/FoxO3a信号通路在能量应激条件下对铁死亡的调控机制，并探索了TFP作为潜在的神经保护剂的作用。通过这一系列的研究步骤，本文揭示了FOXO3a在微胶质细胞中对PPAR-γ的调控作用，并阐明了其在神经炎症和抑郁症发展中的潜在机制，为开发新的抗抑郁治疗策略提供了科学依据。

通过Akt-SPARK报告基因检测了胰岛素刺激下ECs中Akt活性的变化，显示HFD喂养的小鼠肠细胞中Akt活性降低，而补充TA或过表达CRTC能够恢复这种活性(Fig.7A,B)，同时，TA补充或CRTC过表达也能显著恢复HFD喂养果蝇的肠细胞中的胰岛素敏感性(Fig.7C)，进一步实验证实了这些处理能够抑制HFD引起的系统性高脂血症(Fig.7D)。在 ND（正常饮食）或HFD（高脂饮食）喂养4天后，肠道中中性脂质水平的定量检测发现，仅4天的HFD就足以增加肠道脂质水平(Figs.1G)，ECs中的。

IRF1缺陷小鼠表现出正常发育和正常皮肤结构（图6.D），与IRF1+/+和IRF1+/-小鼠相比，IRF1−/−小鼠表现出较轻的辐射诱导的皮肤损伤及炎症浸润（图6.E、F），与辐射的WT小鼠相比，IRF1基因敲除小鼠辐射皮肤组织中IL-7和IL-21的浓度显著降低（图6.G），IRF1的敲除显著影响了淋巴细胞的增殖、分化和活化以及组织重塑（图6.H），并且对部分x射线诱导的皮肤损伤具有保护作用（图6.I-K），促进了联合损伤模型中的伤口愈合（图6.L-N）。

群体感应也是许多病原微生物完全发挥其毒力所必需的，有研究表明伯克霍尔德氏菌可利用顺式-2-十二烯酸（Burkholderia DSF，BDSF）和N-酰基高丝氨酸内酯（AHL）两种QS系统调节其生理和毒性，其中BDSF通过激活RpfR蛋白的磷酸二酯酶活性，降低细胞内环二聚鸟苷酸（c-di-GMP）水平，从而增强RpfR-GtrR复合物的转录调控活性，其原理如图1所示。结果显示，BDSF增强了DsfR对这些启动子的结合，且随着BDSF浓度的增加，DsfR与探针的结合量也增加（图6A-6C）。

qRT-PCR结果分析表明，在WT中，slr1908的转录水平受到磷缺乏的强烈诱导，在+Fe−P和−Fe−P条件下分别上调7.5倍和4.6倍（图6c）。相反，当缺磷与-Fe同时发生时，Fe限制细胞（-Fe-P）对O2−的抵抗力明显增强（图4a）。O2−耐受性测定表明，当phoB被敲除时，磷缺乏不再能增强-Fe蓝细菌的O2−抵抗力，并且-Fe-P细胞表现出类似于-Fe+P细胞的反应（图5e）。是 Fe 依赖性的，这种金属酶的高表达可能会增加细胞对 Fe 的需求，导致更严重的 Fe 缺乏和更缓慢的生长。

尽管无法在CL1和NCL1的PBM中检测到OsMADS1蛋白，但特定的荧光信号仅在CL1的SBM中检测到，而在NCL1中没有检测到（图6A和B）。研究测量了普通辣椒Tianyu 2（TY2）和TY2 CL（一种簇类辣椒，显示出花朵聚集和缩短的花梗，同时在植被和生殖形态上与TY2非常相似）的花梗中的BR含量（图7I和J）。基于这些观察，研究团队得出结论，有三种发育现象驱动了CL的形成：(i)更多的SBMs（次级分生组织）的发育，（ii）多生SM（小穗分生组织）的启动，以及（iii）缩短的花梗。

此外，三个氨基酸位点(Fig.5e)特别是（MV500-501）对Ame1在Sordariomycetes中的功能创新至关重要(Fig.5d,f)，这些位点的变异对Ame1与FgTad3的相互作用和mRNA编辑功能有重要影响。-GFP融合蛋白时，检测到两个较小的蛋白条带，而非在菌丝中检测到的预期的73kDa蛋白(Fig.3a)。通过DNA-seq和RNA-seq分析，研究人员在两种转化株中鉴定出大量A-to-I编辑位点(Fig.7b)，其中细菌BL21菌株中的编辑水平显著高于酵母菌株(Fig.7c)。

精原干细胞（SSCs）是负责精子发生的干细胞，具有自我更新和分化产生功能性精子的能力。SSCs的持续再生对于维持雄性生育力至关重要。然而，SSC池的发育起源尚不清楚。在哺乳动物中，SSCs源自名为 prospermatogonia（ProSG）的前精原细胞，依次发育为增殖型前精原细胞（M-ProSG）、初级过渡型前精原细胞（T1-ProSG）和次级过渡型前精原细胞（T2-ProSG）三种类型。ProSG的迁移和分化过程对于SSC池的建立至关重要，但这一过程的调控机制仍不完全清楚。2024年04月

ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀和二代测序技术结合，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，可用于组蛋白修饰、RNA聚合酶、转录因子和辅因子以及G4链体（G4）等方面的研究，技术成熟稳定。

通过RNA-seq进行的表达分析（图7E）和RT-qPCR（图7F）显示，相对于野生型，在突变系（Fvrif-6和Fvrif-13）的果实中，FvMYB10、FvSEP3和FvSPT表现出降低的表达水平，而FvARF2表现出增加的表达水平。分别得到Fvrif-6与WT的差异基因以及Fvrif-13和WT的差异基因信息。其中，769个基因（37.0%）代表FvRIF正向调控的靶标，在Fvrif系中下调，而1,311个基因（63.0%）被认为是FvRIF负向调控的靶标，在Fvrif突变系中上调（图4A）。

此外，OGTT和ITT结果表明，在HFD下，VAV3的过表达改善了HFD组的葡萄糖稳态和胰岛素敏感性受损(图6D-E)。之前研究表明，在MAFLD的发展过程中，STAT3在肝脏中被激活，STAT3一旦被激活，它就会磷酸化(P-STAT3)，后形成二聚体转运到细胞核，并作为转录因子发挥对应调控作用。为了进一步验证ox-LDL诱导的肝脏胆固醇紊乱的刺激是否由于STAT3的激活，利用siRNA敲低STAT3的表达，结果导致胆固醇积累减轻(图2D)，而STAT3的过表达加剧了胆固醇的过度积累(图2E)。

BcHda1和BcDIM5共同介导的H3K9me3去除位点分布在注释基因的不同区域，包括外显子、启动子、内含子和基因间区域，外显子和启动子的比例占比较大（图4C）。其中，809个基因有重叠的H3K9me3占据峰（图4E），说明这些基因的H3K9me3富集区的修饰可能受到BcHda1和BcDIM5的共同调控。敲低对ABA合成途径的影响。结果显示，除了ABA合成基因簇的转录水平显著下降（图2E）外，其他相关通路的表达变化都没有，这表明BcDIM5和BcHda1通过调节ABA基因簇的转录水平来影响ABA的合成。

综合这些结果，研究表明。此外，在分别用放线菌素D和CHX处理后观察到YTHDC2敲减促进了RA-FLS中AMIGO2 mRNA的降解，而在YTHDC2沉默的RA-FLS中，AMIGO2蛋白稳定性没有显著变化（图6H和I），表明沉默YTHDC2主要通过加速AMIGO2 mRNA的降解来降低AMIGO2的表达，而不是调节其蛋白稳定性。此外，将METTL3敲除效率最高的RA-FLS用于RA-FLS/软骨植入实验的体内模型，发现与对照组相比，METTL3敲除组的RA-FLS对软骨的侵袭性降低(图1G)。

研究利用RNA-seq分析、RT-PCR、基因克隆、融合蛋白表达的检测和α-淀粉酶活性的分析，对毕氏酵母进行一系列改造，结果表明，在高表达GS115菌株中，Sec复合物的亚单位Sss1p、Sbh1p、Sec66p和Sec72p的表达水平上调。此外，METTL3的敲低降低了AMIGO2前体mRNA (pre-mRNA) 5 'UTR区域的m6A修饰，RIP-qpcr确定YTHDC1与AMIGO2 pre-mRNA相互作用，其可能通过调节AMIGO2 pre-mRNA的剪接过程来调控AMIGO2的表达。

结果显示BdbZIP62能激活pNtNECD1-LUC，并且相比单独表达pGreenII 62-SK-BdbZIP62，共表达pGreenII 62-SK-BdGF14a和带pNtNECD1-LUC的pGreenII 62-SK-BdbZIP62导致更高的LUC/REN比率，这表明，为了确定BdbZIP62在BdGF14a依赖的胁迫响应中的功能，首先使用qRT-PCR验证BdbZIP62在不同组织和处理的表达情况，它在所有组织均有表达，在根和叶子中表达最高。研究分析了在正常调节、干旱和盐胁迫下，

在野生型细胞中，感染导致Egr-1表达上调，而敲除Egr-1的细胞中未观察到Egr-1表达。此外，研究者发现，在感染1小时后，野生型细胞中RhoA、Rac1和Cdc42的GTP结合（活跃）形式增加，但在Egr-1敲除细胞中，这种激活作用得到了很大程度的抑制。为了更好地了解Egr-1在细菌性脑膜炎发展中的调节作用，采用生物信息学方法进行了感染组中启动子区富集的独特peak峰的GO功能分析和KEGG富集分析，结果表明，脑膜炎型大肠杆菌诱导的Egr-1具有强烈破坏血脑屏障完整性和增加感染期间炎症反应的能力。

植物器官大小有助于水稻（Oryza sativa L .）的生长和发育，影响重要的产量性状，如种子大小、叶片大小、株高和茎粗。植物激素如细胞分裂素（CKs）在这一过程中起着重要作用，其生物合成和降解是涉及多个基因调控的一系列复杂反应。CKs主要由异戊烯基转移酶（IPTs）和细胞分裂素核糖核苷5’-单磷酸水解酶（也称为LONELY GUY [LOG]）生物合成，而CK分解代谢主要由细胞分裂素氧化酶/脱氢酶（CKXs）进行。组蛋白H3K27me3是一种常见的抑制基因表达的表观遗传标记，一项研究表明SDG711和