Igenebook的博客

Motif预测分析是一种在生物信息学和计算生物学中广泛应用的技术，用于识别DNA、RNA或蛋白质序列中具有生物学功能的短保守序列模式。接下来让我们一起了解其分析的目的、在不同富集类实验中的区别与常用分析软件。

往期，我们盘点过木本植物泛基因组，详解介绍过泛基因组的概念、构建方法、发展历史数据库，本期我们将系统梳理和总结近年来水果物种已发表的泛基因组研究进展，盘点覆盖的物种、关键成果及研究方法，同时探讨泛基因组在未来水果育种与资源保存中的应用潜力。综上所述，该研究构建了一个高质量的泛基因组，揭示了大量遗传变异，并鉴定出介导果实颜色和果实质量的一种新型结构变异，为进一步研究基因组进化和驯化、QTL基因功能以及基因组辅助育种提供了宝贵的信息。基于研究组装的基因组和7个已发表的梨基因组，构建了一个泛基因组图谱。

正如预期的那样，醋酸盐处理并没有逆转Abx对微生物群多样性的影响（图4H）。Wt-ABX与Wt-H2O的比较(图3A)能够评估ABX对Wt动物基因表达的影响，显示出大约500个基因的调节，与细胞结构相关的通路增加，与突触功能有关的通路减少(图3B)。基因杂合子)及其28个未受影响的对照的醋酸盐水平(图7A)，异丁酸和丙酸水平与Vinland通讯评分呈负相关(图7B)，此外，性别分析显示，只有男性的醋酸盐水平与ABC多动评分呈负相关(图7C)，Spearman相关分析证实了显著的负相关(图7D)。

如图所示，单细胞分析从单个细胞的起始材料中获取基因表达数据，能够解析每种类型或亚群细胞的独特表达模式，揭示成千上万个细胞间的异质性和精细的表达特征。针对样本内的高质量单细胞和基因的UMI序列数，计算每个细胞的UMI总数，采用中位数标准化处理将每个细胞中的基因UMI数归一化到所有细胞UMI总数的中位数为基因表达量，计算每个基因的平均值和离差。通过可视化细胞的基因数分布图，UMI数分布图，可以评估样品所有细胞及表达的基因情况，对于检测到基因数明显异常细胞可能是潜在的多重细胞（multiplets）。

2024年12月10日，武汉爱基百客生物科技有限公司（以下简称“爱基百客”）与深圳华大智造科技股份有限公司（以下简称“华大智造”）宣布双方共建DCS Lab实验室，爱基百客总经理李泽卿、副总经理李新平与华大智造副总裁、中国区总经理彭欢欢及华大智造中国营销中心科研合作部总监黎万顺等进行了 “爱基百客-华大智造DCS Lab认证实验室”签约与揭牌仪式，爱基百客与华大智造其他领导同事共同见证，标志着双方在生命科学领域的合作迈入了一个新的里程碑。随后，参会人员移步至爱基百客测序中心，进行了揭牌仪式。

随着测序成本的下降，转录组测序已成为现代生物学研究中不可或缺的工具。通过对转录组进行分析，我们可以深入了解基因表达调控、细胞分化和疾病发生等复杂生物学过程。在转录组分析中，可视化分析结果至关重要。转录组文章中有一些高频的可视化分析结果，比如说，这些图可以帮助我们快速识别差异表达的基因、生物学途径和潜在的疾病标志物。本期，我们详细介绍下转录组相关的可视化结果。火山图（Volcano Plot）是一种常用转录组数据可视化，用于展示基因表达差异分析的结果。通常以散点图的形式呈现，横轴表示。

通常这类文件我们都是需要老师提供对应的下载链接，以便于生信直接利用这个链接去下载数据进而做分析，这样做的目的主要是为了避免公司分析使用的基因组信息不是老师研究的物种（同一物种不同属有不同的基因组）或者研究的版本（基因组版本经常会更新，但是不同版本的注释文件略有差异，尽量不要用来进行联合分析）。由于生信分析需要参考基因组信息，而正确的参考基因组链接对生信进行数据的下载以及后续的分析极为重要，因此，老师提供正确的参考基因组下载链接是很有必要的。网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

GmMYC2在GmARF16-OE植株中的表达有较强的上调，表明大豆耐盐性可能受到GmARF16依赖的GmMYC2诱导的调控。然后，研究检测了GmARF16的编码区，并评估了它们的激活能力，由于G-A的替代，导致了不同的转录活性。随后，作者进行ChIP-qPCR、EMSA、LUC实验，结果支持了GmARF16可以通过直接与其启动子中的NNGACA基序结合来激活GmMYC2的解释，这与miR160a-GmARF16-GmMYC2模块在调节大豆耐盐胁迫中发挥作用的假说相一致。这类研究，都可以参考如下思路。

P值（p-value）是一个重要的统计指标，用于评估某个基因变异（通常是单核苷酸多态性，SNP）与研究的性状或疾病之间关联的显著性。在曼哈顿图中，横轴表示基因组的染色体位置，按照染色体的顺序排列，每个染色体用不同的颜色表示。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs）是指在基因组的特定位置上，单个核苷酸（A、T、C或G）发生变异，导致不同个体之间在该位置上的碱基不同。质量通常是由一个或少数几个基因控制的，表现为离散的、可区分的类别，例如豌豆的花色或人类的血型。

要注意的是KEGG通路图之间并非孤立的，而是常常会标注该通路中的基因或代谢物来自或流向其它相关的通路。通常得到相关的基因集或者代谢物后，我们都希望能够快速了解它们的蛋白功能和涉及的调控机制，从而进一步锁定接下来关注的核心基因。map编号：代表reference pathway，根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图。KEGG富集分析就是一种很好的手段。与富集分析不同，KEGG注释是基于基因本身比对数据库后给出对应的K号，K号表示基因，每个号代表的是所有物种的一个同源基因。

ORA以fisher精确检验(一种超几何分布检验)为代表，需要目标基因集(对什么基因集进行富集分析)，通常是差异基因，当然也可以是其他目标基因集，比如上期我们分享的时序分析聚类基因、多个组学联合筛选的候选基因集、WGCNA分析中关注的模块基因等等。右侧的工具介绍和常见问题对富集分析小工具的主要用途，使用方法以及结果解读做了详细的说明。富集柱状图展示的是差异基因在不同条目（通路）中的数目分布情况，通常以x轴表示该条目的数量，y轴表示富集条目，柱子的颜色表示显著性，用红蓝渐变色表示，颜色越红代表该条目越显著。

要记住每个都是对应的什么，比如我这张图里，粉色柱子代表基因，蓝色柱子代表代谢物，绿色虚线代表Pvalue=0.01，紫色虚线代表Pvalue=0.05。是转录组和代谢组整合分析的一项重要内容，一张好的图能方便读者阅览全部的富集结果和快速辨认关键的富集通路。按照2.3的步骤，设置主、次纵坐标的最大、最小值（设置为最大值的负数）。Excel虽然日常且简单，但也包含诸多功能，一些基础的柱状图和折线图等都是可以完成的，分享此文和大家共勉学习。2.2 删掉图表标题，去掉方格线，暂时去掉图例，将图的高度和宽度拉大。

通过分析基因在不同时间点上的表达水平变化，可以识别关键的调控因子和信号通路，深入探索基因调控的动态机制。membership指的是数据点属于每个聚类的程度，通常用一个0到1之间的值表示，表示该数据点与每个聚类中心的相似程度。在转录组数据分析过程中，我们最常做的是不同处理方式的样本之间的比较（Treated vs Control），这时候我们采用“DEG分析+pathway分析”的方式就可基本完成对数据的分析，但有时会获得。等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。