Igenebook的博客

细胞通讯分析基于单细胞转录组数据，通过整合细胞亚群基因表达与配体-受体（L-R）数据库，解析L-R互作模式，推断细胞间潜在作用关系，揭示生理调控机制及疾病状态下的异常变化。

本研究发现Klotho蛋白通过抑制ERK1/2和Wnt/β-catenin通路，显著抗击视网膜下纤维化，为nAMD治疗提供新靶点。

随着测序成本的下降，转录组测序已经逐步成为分子生物学实验的标配，本期为大家盘点部分高分转录组合作项目文章。

本文详细介绍新鲜冷冻（FF）样本的时空转录组全流程步骤以及关键要点。

本文介绍了转录组实验设计、关键基因筛选及验证方法，涵盖样本选择、筛选策略和定量、定性、功能验证等环节，为生命科学研究提供参考。

为了确定TGM2在HCC癌变和进展中的功能，作者测量了7种肝癌细胞系中TGM2的核和细胞质蛋白水平，并建立了TGM2敲低和核特异性过表达的细胞系，随后，作者进行了CCK-8和集落形成实验来评估HCC细胞的增殖，Transwell和伤口愈合试验来评估HCC细胞的迁移和侵袭能力。此外，在HTVI模型中，TGM2促进了HCC的癌变和进展。此外，与邻近的非肿瘤组织相比，HCC组织中色氨酸羟化酶1（TPH1，外周组织中5-HT合成的限速酶）的表达升高，提示HCC中Trp代谢的5-HT通路可能比邻近非肿瘤组织更活跃。

2024年11月11日，武汉大学人民医院泌尿科研究团队在期刊《Advanced Science》（IF=14.6）发表题为“STAMBPL1/TRIM21 Balances AXL Stability Impacting Mesenchymal Phenotype and Immune Response in KIRC”的研究论文。该研究表明靶向STAMBPL1/TRIM21/AXL轴可降低间充质表型，增强癌症治疗的抗肿瘤疗效。爱基百客为该研究提供RNA-seq的技术支持。研究背景

正如预期的那样，醋酸盐处理并没有逆转Abx对微生物群多样性的影响（图4H）。Wt-ABX与Wt-H2O的比较(图3A)能够评估ABX对Wt动物基因表达的影响，显示出大约500个基因的调节，与细胞结构相关的通路增加，与突触功能有关的通路减少(图3B)。基因杂合子)及其28个未受影响的对照的醋酸盐水平(图7A)，异丁酸和丙酸水平与Vinland通讯评分呈负相关(图7B)，此外，性别分析显示，只有男性的醋酸盐水平与ABC多动评分呈负相关(图7C)，Spearman相关分析证实了显著的负相关(图7D)。

研究者将20个基因模型与F1CDx和MSK-IMPACT商业模型进行了比较，发现20个基因模型的TMB与这些商业模型得出的TMB估计值之间存在显著相关性（Fig. 3e,Fig. 3f）。该模型能够准确估计POLE突变的CRC患者的TMB，这些患者通常具有非常高的TMB水平，并在微卫星稳定（MSS）和微卫星不稳定（MSI）的POLE突变患者中提供可靠的TMB估计。多变量Cox回归分析表明，高TMB并不是OS的独立预后指标（Fig. 4d），但它是CRC患者PFS增强的独立预测因子（Fig. 4e）。

随着测序成本的下降，转录组测序已成为现代生物学研究中不可或缺的工具。通过对转录组进行分析，我们可以深入了解基因表达调控、细胞分化和疾病发生等复杂生物学过程。在转录组分析中，可视化分析结果至关重要。转录组文章中有一些高频的可视化分析结果，比如说，这些图可以帮助我们快速识别差异表达的基因、生物学途径和潜在的疾病标志物。本期，我们详细介绍下转录组相关的可视化结果。火山图（Volcano Plot）是一种常用转录组数据可视化，用于展示基因表达差异分析的结果。通常以散点图的形式呈现，横轴表示。

然而，K2-ERFs组的下游基因参与了更独特的生物过程，如翻译、酰胺和肽的生物合成和代谢过程，以及有机和细胞氮化合物的生物合成过程。有趣的是，在这些过程中，上调的DEGs数量大于下调的DEGs数量(图6F)。有趣的是，这些下游基因具有相当比例的重叠(693/2316)，同时K2-ERFs的下游独特基因最多，暗示Aza和ETH在调控桂花花衰老中具有相似的途径且DNA低甲基化通过。下游基因，它们参与相似和不同的生物过程和代谢通路，表明乙烯和DNA低甲基化在调节桂花花衰老中具有串扰和独特的调控机制。

在这篇文章中，作者为了探究肾脏代偿性肥大的信号机制，构建了单侧肾切除的小鼠模型，通过三种不同的组学方法（ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学），鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用，肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加，可能是PPARα激活的潜在机制，接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证，证明了PPARα是近端小管细胞大小的重要调节因子。图1.单侧肾切除术（UNx）后的代偿性肥大发生迅速，主要是由于近端小管中细胞体积的增加。

相反，研究验证了与未接受治疗的患者相比，接受治疗的患者中多种调查和假设的耐药机制的丰富化，从而确认了它们在治疗耐药性中的潜在作用。武汉爱基百客生物科技有限公司配备高通量测序仪DNBSEQ-T7、MGI2000等，可以为客户提供全基因组测序、全外显子测序、转录组测序、微生物组测序等测序服务(日产数据高达14T，满足大型基因组和人群队列项目)，另外作为表观组学研究的先行者，我们也提供表观组（甲基化、ChIP-seq、CUT&Tag、ATAC-seq等）服务，如果您有任何产品需求，欢迎联系我们。

要记住每个都是对应的什么，比如我这张图里，粉色柱子代表基因，蓝色柱子代表代谢物，绿色虚线代表Pvalue=0.01，紫色虚线代表Pvalue=0.05。是转录组和代谢组整合分析的一项重要内容，一张好的图能方便读者阅览全部的富集结果和快速辨认关键的富集通路。按照2.3的步骤，设置主、次纵坐标的最大、最小值（设置为最大值的负数）。Excel虽然日常且简单，但也包含诸多功能，一些基础的柱状图和折线图等都是可以完成的，分享此文和大家共勉学习。2.2 删掉图表标题，去掉方格线，暂时去掉图例，将图的高度和宽度拉大。

通过分析基因在不同时间点上的表达水平变化，可以识别关键的调控因子和信号通路，深入探索基因调控的动态机制。membership指的是数据点属于每个聚类的程度，通常用一个0到1之间的值表示，表示该数据点与每个聚类中心的相似程度。在转录组数据分析过程中，我们最常做的是不同处理方式的样本之间的比较（Treated vs Control），这时候我们采用“DEG分析+pathway分析”的方式就可基本完成对数据的分析，但有时会获得。等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。