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RSS订阅原创 吸烟如何“改写”你的DNA？新研究揭示表观遗传时钟与肺癌风险的秘密！
抽了半辈子烟，为什么有人得肺癌，有人却没事？最新研究发现，吸烟会在DNA甲基化上留下痕迹，这些痕迹不仅能加速生物衰老，还可能是预测肺癌风险的“生物时钟”！烟草中的化学物质会通过表观遗传机制（比如DNA甲基化）改变基因的表达方式——就像给DNA戴上一顶“隐形帽子”，默默影响细胞功能，甚至加速衰老过程。⭐与传统模型对比：目前临床常用的PLCOm2012肺癌风险模型（基于年龄、吸烟史等自报数据）的预测准确率（AUC=0.66），而PCGrimAge单独使用可达0.72，甚至结合后效果更优（AUC=0.72）！
2025-12-24 15:56:13
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原创 NGS数据分析的灵魂步骤——Motif分析
在NGS背景下，Motif（基序）是指DNA/RNA序列中反复出现的、具有生物学功能的短保守序列模式（通常5-20bp），代表转录因子（TF）等蛋白质的结合位点。在NGS（尤其是ChIP-seq）中，Motif分析是连接“蛋白结合位点”与“具体蛋白”的关键步骤，常与peak calling后的序列提取与注释配套进行。将实验序列与数据库中的已知motif（如JASPAR）进行比对，评估哪些转录因子可能结合这些区域。从实验富集的序列集合（如ChIP-seq峰值区域）中，自动挖掘显著富集的、未知的motif。
2025-12-24 15:51:32
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原创 均分10+！单细胞+多组学如何重构水产动物环境胁迫研究？
在这些动物的虹吸外套膜中观察到的具有高胶原蛋白含量的独特肌纤维，其密度和结构在热应激后受到了负面改变。涉及的技术涵盖了RNA-seq、代谢组学等，其中，单细胞转录组测序（scRNA-seq）因其能突破传统混样测序掩盖细胞异质性的局限，从单细胞维度重构组织对应激源的动态响应图谱，频频现身于高水平期刊，已然成为深入探索水产动物非生物胁迫适应性策略的“明星技术”。特别是在全球气候变化（高温、酸化）和集约化养殖（低氧、氨氮）的双重压力下，解析水产动物的抗逆机制不仅具有重要的产业价值，更是发表高水平论文的“富矿”。
2025-12-22 10:12:42
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原创 水产科研实战：利用scRNA-seq+斑马鱼模型，揭示鱼类T细胞“脾-脑”迁移的机制
为了进一步明确大脑中更多数量的slc43a2+T细胞的来源，研究分析了RGNNV感染脾脏（NS）、胸腺（NT）和大脑（NB）T细胞的tSNE分布，结果显示大脑和脾脏中的T细胞聚集在一起。通过荧光原位杂交（FISH），研究也发现脾脏和脑中的slc43a2+T细胞属于同一类型，且不同于胸腺中的slc43a2+T细胞。鉴于脑中的slc43a2+T细胞与脾脏中的相似，且在血液中检测到更多的slc43a2+T细胞，其中一些还浸润了血管壁，因此推测脾脏来源的slc43a2+T细胞有可能在感染RGNNV后浸润到脑部。
2025-12-19 15:17:00
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原创 园艺TOP综述 | 玫瑰如何适应生物和非生物胁迫
在表皮组织中，多个基因协调增强屏障防御，例如CUT1、KCS1和KCS20基因增强蜡质沉积，加强表皮对病原体入侵的屏障，而RhWRKY13基因抑制细胞因子信号传导基因（如RhCKX3、RhABI4）的表达，降低ABA水平以增强抗性。相反，感病途径涉及防御基因（如OPR3、ICS、NPR1）的抑制和在感病品种中应激转录因子的上调。然而，蔷薇属植物的生长面临着诸多生物胁迫（如病虫害）和非生物胁迫（如干旱、盐碱、极端温度等）的挑战，这些胁迫因素会损害植物的生长、发育和花的品质，进而降低产量和经济收益。
2025-12-18 13:49:33
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原创 从Nat Genet到Cell：解析表观在水产研究中的顶刊思路
然而，在水产养殖过程中，部分个体的皮肤上经常出现不规则的黑色素沉积（黑斑），这显著降低了其经济价值。研究对墨西哥丽脂鲤的肝脏组织进行了全基因组表观遗传分析，发现许多鉴定出的顺式调控元件在地表鱼和洞穴鱼形态之间已经发生了遗传分化，并具有差异化的染色质特征，但来自独立起源洞穴种群的调控特征却保留了惊人的相似性。从黄鳝的性逆转之谜到红罗非鱼的体色改良，从蓝点马鲛的种群追踪到洞穴鱼与鳉鱼的进化适应，这些研究不仅展示了表观遗传学在解析复杂生物学性状上的强大威力，更为水产育种和种质资源保护提供了全新的视角和工具。
2025-12-12 11:40:50
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原创 减肥后为什么体重容易反弹？脂肪细胞竟然有“肥胖记忆”！
通过CUT&Tag技术分析了四种组蛋白修饰（H3K4me3、H3K27ac、H3K4me1、H3K27me3），同时结合ATAC-seq检测染色质开放性，并利用TRAP-seq技术富集分析脂肪细胞中正在翻译的mRNA，实现了转录组与表观组的配对分析。研究者分析了人类和小鼠在减肥前后的脂肪组织，发现即使体重已明显下降，脂肪细胞中的基因表达模式仍然保留着肥胖时期的特征。研究人员对人类和小鼠的脂肪组织进行单细胞水平的基因表达分析，精准捕捉不同细胞类型（如脂肪细胞、免疫细胞、内皮细胞）在肥胖期和减肥后的转录变化。
2025-12-11 11:59:34
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原创 项目文章（IF：10.5）|DAP-seq揭示转录因子WRKY27-RAP2.7调控模块介导植物的抗寒机制
近期，华中农业大学刘继红教授团队在期刊Plant Biotechnology Journal（IF=10.5)发表一项研究，通过DAP-seq和RNA-seq揭示了通过调控CiCAD7介导的桔皮素生物合成和CiGSTF6依赖的ROS清除来调节抗寒性，此外，CiWRKY27还与受其调控的CiRAP2.7蛋白相互作用，形成一个关键的抗寒调控模块。沉默CiRAP2.7的VIGS植株对低温更为敏感，表现为更严重的叶片萎蔫、更低的叶绿素荧光（Fv/Fm）以及更高的电解质渗漏和丙二醛含量（图9）。
2025-12-10 11:47:17
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原创 甲流感染后的表观遗传“记忆”：一场免疫细胞的“重塑之旅”
更新后，系统为了稳定和节能，主动关闭了某些高耗能的“后台程序”（炎症），但同时优化了底层架构，为未来可能的需求（如二次感染）做好了更高效的准备。为精准医疗提供新思路：理解不同感染（如流感vs.新冠vs.疫苗接种）引起的独特表观遗传“印记”，有助于我们未来开发更智能的疫苗或免疫调节疗法，主动塑造有益的免疫记忆，避免有害的免疫失调。这种记忆不是针对特定病原体的抗体，而是整个免疫反应状态的“预调”。下一次当你从流感中康复，感觉“好了”的时候，也许你的免疫细胞们，才刚刚开始它们漫长的“复盘”与“重建”。
2025-12-09 11:48:33
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原创 告别基因组“草图”时代：高质量基因组学与多组学如何重塑水产研究？
应用M3方法，研究在中华沙鳅中发现了一个显著缩减的亚基因组，且若干候选基因发生了系谱特异性的分子改变，这暗示了其潜在的适应性意义。这项研究提供了关于鳅科鱼类多倍体和亚基因组进化的全面视角，突显了鲤形目中反复发生的全基因组复制所塑造的基因组复杂性，并为未来脊椎动物基因组进化与适应的研究提供了宝贵的资源。本期我们精选了6篇近期发表的高水平研究，涵盖了从鲤形目鱼类的多倍体演化、大黄鱼金黄体色的成因，到皮皮虾视觉系统的适应性进化，以及濒危海龟的表观遗传保护等多个维度。让顶刊级别的技术，成为您科研路上的有力支撑。
2025-12-08 11:40:56
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原创 PCR家族科普：PCR、qPCR、RT-PCR、RT-qPCR：还在傻傻分不清？
PCR和qPCR只能复制DNA，但很多情况下我们研究的是RNA，这时候就需要先用逆转录酶把RNA变成cDNA（互补DNA），再进行常规PCR。仪器实时监测荧光强度的变化，通过一个叫做“Ct值”的参数，来反向推算出样本中起始的DNA模板量。检测时，就是用RT-qPCR技术，先将病毒的RNA逆转录成cDNA，再进行qPCR扩增和定量。关键特点：它本身不是一个完整的PCR，它只是PCR的一个前置步骤。RT-qPCR（逆转录实时荧光定量PCR），顾名思义，就是先进行RT（逆转录），再进行qPCR（实时荧光定量）。
2025-12-05 09:21:31
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原创 如何精准锁定那些“说了算”的关键转录因子？
针对木瓜采后极易软化、1-MCP处理时长不当又会产生硬芯“橡胶质感”这一产业痛点，本研究以破色期果实为材料，设置无1-MCP处理、1-MCP 2h和1-MCP 16h三组，通过ATAC-seq与RNA-seq联合分析，系统解析染色质开放图谱与基因表达谱。将ATAC-seq差异peaks与RNA-seq差异表达基因（DEGs）交叉整合，锁定CpAGL18等MADS-box转录因子及CpACS1（乙烯合成）、CpSAUR32（生长素响应）等8个关键通路基因，其染色质开放度与转录水平呈正相关。
2025-12-04 13:35:01
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原创 PCA、t-SNE与UMAP，三大降维可视化神器如何选择？
在实际分析流程中，将它们结合使用——例如，先使用PCA进行线性降维和去噪，再将其主成分作为t-SNE或UMAP的输入——往往能获得更高效、更稳健的分析结果。第一主成分是方差最大的投影方向，第二主成分则是在与第一主成分正交的所有方向中方差最大的，以此类推。在生物信息学的世界里，数据常常是高维的，就像一个复杂的迷宫，有着无数的通道和分支。的计算基于特征分解，结果是确定性的。作为数据预处理的第一步，用于快速评估数据质量、检测批次效应、观察样本间最大的分离趋势，或作为其他非线性降维方法的输入前置步骤。
2025-12-03 11:43:18
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原创 DAP-seq——打破非模式植物转录因子研究“壁垒”的利器
总体而言，在实验证据支撑下，该研究系统描绘了荔枝DREB/ERF家族的结合图谱，揭示了复杂的转录调控网络，并为复杂基因组背景下，特别是DREB/ERF基因家族的转录因子研究提供了重要资源。解析转录因子的结合靶点，是构建基因调控网络的关键一步。纵观本期精选的五项前沿成果，无论是宜昌橙中CiWRKY27-CiRAP2.7协同抗寒模块的解析，还是葡萄TTC4单核苷酸多态性（SNP）介导的耐热性分化机制，亦或是荔枝和菊花中复杂的生长发育调控网络，DAP-seq技术都展现出了其在非模式植物研究中的重要作用。
2025-12-01 10:26:18
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原创 高通量测序，你需要认识的那些关键术语
本文系统介绍了高通量测序(NGS)中的核心术语，涵盖测序数据、样本处理、数据分析、基因组学研究、测序平台和数据格式等关键概念。重点解释了Reads、PE/SE测序、文库构建、插入片段大小、Index、覆盖度、测序深度、质量分数等基础术语，以及Peak区域、Motif分析等基因组学概念，并对比了Illumina和华大等主流测序平台的特点。通过梳理FASTQ、SAM/BAM等标准数据格式，帮助读者快速掌握NGS技术的关键要素，为开展相关研究奠定基础。
2025-11-28 11:45:54
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原创 肿瘤研究新视角：表观遗传测序技术如何助力癌症诊断与治疗
KLF7通过结合ITGA2维持OSCC的干细胞性，而TC-I 15作为一种ITGA2-胶原蛋白相互作用的小分子抑制剂，在异种移植模型中显著增强了口腔鳞状细胞癌OSCC对顺铂的敏感性，ITGA2作为一个有前景的治疗靶点，为抗癌干细胞的治疗提供了新的策略。在文章中，ChIP-seq发挥了关键作用，研究人员对用抗H3K18la抗体进行ChIP-seq得到的数据进行KEGG分析，发现与H3K18la相关的差异上调基因在癌症的PD-L1表达和PD-1检查点通路中显著富集，这为后续研究提供了重要的信号通路线索。
2025-11-27 15:49:10
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原创 一文带你认识MYB转录因子在植物中的多种作用
此外，MYB3R1具有双重功能，可协调激活与抑制实现阶段特异性调控，R2R3-MYB（如AtMYB46）也参与周期与细胞壁合成基因的共调控，FLP/MYB88则通过抑制CDKB1限制气孔保卫细胞过度分裂。大量MYB蛋白已被证实在调控植物特有过程中发挥重要作用，包括初级和次级代谢的生物合成、细胞分裂与分化、植物发育、激素响应以及对生物和非生物胁迫的适应，因此可被视为普遍存在的转录因子。研究表明，MYB TFs作为关键的整合因子，精细调控植物对外部环境线索和内部激素信号的响应，从而调节植物的代谢和胁迫响应。
2025-11-27 15:44:48
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原创 Cell Rep项目文章|中国科学院水生生物研究所利用ChIP-seq揭秘蓝藻转录因子DevH与NtcA的“协作密码”
通过关联ChIP-seq结合位点与RNA-seq数据，并经由qRT-PCR和EMSA验证，确认了devH等多个受DevH直接调控的下游靶基因（图3A、图3B），并基于CyanoBase分类和基于手动文献的注释，由DevH直接调控的122个基因被分为7个功能类别，其中最具代表性的功能类别是细胞过程，包含了18个基因（图4）。蓝藻（Anabaena）是一种丝状蓝细菌，其用于固氮的异型胞，它的分化是一个高度复杂和有组织的过程，而CRP家族转录因子NtcA在异形胞分化的不同步骤的调节中起关键作用。
2025-11-24 11:22:23
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原创 如何利用单细胞测序研究植物非生物胁迫？| 非生物胁迫专题
这些研究从拟南芥、水稻、棉花、玉米、不结球白菜、大豆和辣椒等模式和作物植物入手，不仅捕捉到细胞类型特异性的转录动态、代谢通路重塑和信号整合（如ABA调控、免疫激活和细胞壁屏障形成），还阐明了胁迫记忆的潜在分子基础，例如根部发育轨迹改变的时空异质性。这项技术已从动物和人类研究扩展到植物领域，特别是在非生物胁迫响应中，展现出巨大潜力：例如，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq），我们能识别出根系中特定细胞对盐胁迫的“先锋响应”，或叶片中对干旱的“耐受子群”。今天，从单细胞测序的角度谈谈植物的非生物胁迫。
2025-11-21 16:28:41
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原创 植物ChIP-seq遇难题——无商业化抗体怎么办？
【摘要】植物表观遗传学研究中，ChIP-seq技术常因缺乏商业化抗体而受阻。本文针对"无抗可用"困境提出三种替代方案：定制抗体（适用于必须检测天然蛋白且无其他选择的情况）、转基因标签策略（适合可基因编辑且标签抗体可靠的场景）以及DAP-seq技术（无需抗体且不依赖基因编辑）。通过比较各方案在周期、成本、数据可靠性等方面的差异，建立决策框架：优先标签策略，必要时选择定制抗体或DAP-seq。本文为研究者提供了根据实验条件灵活选择方案的思路，助力解决植物表观遗传研究中的抗体瓶颈问题。
2025-11-20 11:52:10
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原创 ChIP-seq遇难题，没有商业化抗体怎么办？（人/鼠/动物篇）
面对“无ChIP抗体”的困境，无需直接放弃实验。关键是根据研究目标、时间与成本预算，选择最适合的路径。所以别再跟“无抗体”死磕了，条条大路通Peaks，动起来才是王道。祝你跑出漂亮的数据，paper秒接收！
2025-11-20 11:47:18
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原创 Trends Pharmacol Sci综述|衰老表观遗传调控及干预的研究进展
衰老是一个复杂且不可避免的生物学过程，表现为机体功能随时间逐渐下降，并伴随多种慢性疾病（如心血管疾病、神经退行性疾病和癌症）的风险显著上升。近年来，随着全球人口老龄化趋势加剧，深入理解衰老机制并开发有效的干预策略已成为生命科学和医学研究的核心议题之一。表观遗传调控作为其核心机制之一，通过DNA甲基化、组蛋白修饰、RNA修饰及非编码RNA等多种方式动态影响基因表达，驱动细胞衰老、组织退行及慢性疾病的发生。系统解析表观遗传调控在衰老中的作用机制，不仅有助于揭示衰老的本质，还将为开发基于表观遗传的衰老评估工具和干
2025-11-18 10:10:27
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原创 如何用植物-微生物互作研究植物非生物胁迫？| 非生物胁迫专题
通过四组学数据构建的跨域网络分析揭示，海藻糖生物合成途径丰度的显著增加和糖转运蛋白SWEET基因的表达分别促进了蔗糖和海藻糖的分泌，从而导致了假单胞菌属和链霉菌属的富集，这一点在后续的验证试验中得到了证实。综上所述，研究通过揭示春小麦“自救”与向根际微生物“求助”相结合的策略，为其抗旱机制提供了新的见解，为增强春小麦的干旱适应能力带来了新的机遇。在此，研究以耐盐植物野生大豆为研究对象，证明了在盐胁迫植物的根系和根际微生物群中，以假单胞菌属（Pseudomonas）为主的高度保守微生物显著富集。
2025-11-17 14:01:44
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原创 手把手教你如何上传原始数据（GSA数据库）
相比以往大家熟知的NCBI，GSA数据库符合国家数据安全标准，而且可以选择中文界面，对国人来说使用感受更加友好。如果是人类遗传资源相关组学原始数据，遵从《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》总则规定，建议您将数据提交到GSA-Human数据库，以实现人类遗传资源数据的受控访问、保障人类遗传源数据的安全性。GSA for Human数据库网址：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/GSA数据库网址：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
2025-11-14 09:44:22
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原创 空间转录组学揭秘肿瘤微环境
现在，空间转录组学（Spatial Transcriptomics, ST） 技术的崛起，如同战场上的高空侦察，赋予我们前所未有的能力，以前所未有的分辨率，洞察肿瘤这场“局部战争”的每一个细节！通过高分辨率的空间基因表达图谱，空间转录组学能够精确识别并定位各种免疫细胞（如细胞毒性T细胞、调节性T细胞、B细胞、巨噬细胞等）在肿瘤组织中的浸润区域和密度。如果您渴望在肿瘤免疫研究中取得突破，深入解析免疫细胞与癌细胞的“攻防”机制，我们专业的团队和领先的技术将是您最值得信赖的科研伙伴。
2025-11-13 09:52:57
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原创 如何研究植物非生物胁迫的表观调控和胁迫记忆 | 非生物胁迫专题
在植物科学研究领域，解析非生物胁迫的响应机制始终是核心议题之一。随着基因组学研究的深入，我们日益认识到，仅从DNA序列本身已不足以完全阐释植物在面对干旱、盐碱、极端温度等逆境时所表现出的高度可塑性。表观遗传调控，作为连接环境信号与基因表达谱动态变化的关键桥梁，正成为该领域的前沿和热点。它通过DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑及非编码RNA等多层次、可逆的分子机制，赋予了基因组在无序列变异下的功能多样性与环境适应性。近年来，得益于高通量测序技术的飞速发展，特别是ChIP-seq、ATAC-seq、WGBS和
2025-11-12 11:51:11
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原创 单细胞 | 如何读懂单细胞转录组高频分析的图片
Dotplot（点图）是单细胞分析中最常用的可视化之一，堪称“信息密度之王”——它用点的大小+颜色同时编码两个维度的信息，在一张图里展示“哪些基因在哪些细胞簇表达、表达多少、覆盖多广”。小提琴图是在单细胞转录组分析中常用且信息密度很高的一类图形，用来展示一个连续变量在不同细胞群（例如簇、样本、条件）中的分布情况，便于发现特异性高表达的细胞簇。点的大小：表达该基因的细胞比例（Percent Expressed，0-100%）——点越大，簇内表达该基因的细胞越多。意味着簇内有两个亚群，表达量不同。
2025-11-11 09:47:54
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原创 如何研究植物非生物胁迫中的转录因子？| 非生物胁迫专题
抗冷型等位基因HSF21Hap1的启动子区域存在的天然变异，可通过抑制碱性亮氨酸拉链蛋白bZIP68（冷敏感的负调控因子）的结合，从而在低温胁迫下提高HSF21的表达水平。综上所述，在近1-2年的研究中，转录因子作为植物非生物胁迫应答的核心调控元件，其从信号感知到基因表达的精细机制正日益清晰。它们作为信号通路末端的执行者，能够特异性地识别并结合到下游胁迫应答基因启动子区域的顺式作用元件上，通过激活或抑制这些基因的转录，从而在分子、细胞乃至整个植物体水平上启动广泛的生理生化适应性改变。
2025-11-10 13:42:46
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原创 生物信息学分析中的常见误区与解决方案（以表观遗传学数据为例）
通过严谨的质控、精妙的实验设计、审慎的统计解读以及创新的多组学整合策略，科研人员能够有效规避风险，确保分析结果的准确性与可靠性。单一组学数据只能提供某个侧面的信息，无法全面反映基因调控的动态全貌，可能错失重要的关联信息和潜在的调控机制。实验验证：对关键的差异位点或区域进行小规模的湿实验验证（如ChIP-qPCR、EMSA、酵母单杂交等），这是将生物信息学结果转化为可靠生物学发现的必经之路。精妙实验设计：在实验设计阶段，尽量将不同处理组的样本随机分配到不同的批次中，或采用平衡设计，将批次效应的影响最小化。
2025-11-07 12:02:25
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原创 国自然热门信号通路——NF-κB信号通路：炎症与免疫的“总开关”
探究染色质重塑：通过ATAC-seq，研究者可以动态追踪NF-κB通路激活过程中染色质重塑的足迹，预测潜在的NF-κB结合位点和调控元件，并与其他高通量测序技术（如ChIP-seq验证NF-κB的直接结合，RNA-seq评估下游基因表达）结合，共同构建NF-κB在表观遗传和转录水平上如何精细调控基因表达的全面图景，这对于深入理解其在疾病发生发展中的作用具有重要意义。无论是抵御病原体的入侵、修复受损的组织，还是肿瘤的发生发展、慢性炎症的持续，NF-κB的身影无处不在。但在某些特定情境下，也可诱导促凋亡基因。
2025-11-06 11:53:00
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原创 ATAC-seq+RNA-seq——基因表达调控的“黄金搭档”
将二者的数据进行深度关联分析，就如同开启了一扇洞察基因表达奥秘的大门，能够深入探究基因表达量与ATAC信号之间的复杂相关性，精准锁定哪些染色质开放区域的变化与基因表达的上调或下调密切相关，进而构建出精细的基因表达调控网络，清晰解析转录因子在基因表达调控中的关键作用机制。本文通过对黑豹蠕虫的基因组测序，结合ATAC-seq技术和转录组分析，揭示了全身再生的分子机制。随着技术的不断发展和应用的不断拓展，ATAC-seq与RNA-seq的结合必将在未来的研究中发挥更大的作用，为生命科学的进步贡献更多力量。
2025-11-05 11:50:51
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原创 CUT&Tag项目文章（IF=16.6）| 表观+代谢组揭示转录因子LHX2在前列腺癌神经内分泌分化的新机制
其中，LIM家族转录因子LHX2在NEPC及小细胞肺癌中均过表达，并与不良预后相关，提示它可能在驱动NEtD中扮演着“先驱”转录因子的关键角色，但其具体功能和机制尚待深入阐明。本研究揭示了LHX2在前列腺癌中的作用机制，即LHX2在前列腺癌中的表观遗传学机制，在长期靶向治疗的情况下，LHX2 是驱动前列腺癌发生发展的关键因子，细胞命运由其特定的代谢和表观遗传环境决定，抑制AR后糖酵解酶上调，糖酵解活性增加，产生乳酸化，组蛋白乳酸化激活LHX2表达，加速DNA甲基化，促进NE信号和PCa进展。
2025-11-04 11:37:46
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原创 ATAC-seq实验全流程详解与关键质控指南
片段分布：呈现典型的“核小体周期性条带”，即第一个主峰：~200 bp（无核小体区域，即开放程度最高的区域），第二个峰：~400 bp（mono-nucleosome），后续峰：~600 bp，~800 bp等（di-, tri-nucleosome）。Tn5会随机插入到开放的染色质区域，在完成DNA的切割的同时也完成测序接头的连接。酶切反应后，对于DNA片段需进行纯化，通常通过磁珠纯化的方式来富集目标长度的片段（主要去除过短的片段和酶本身），以最大化测序数据利用率。2.计数： 细胞核活率<5%。
2025-11-03 11:39:48
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原创 产品推介 | ChIP-seq——转录因子/组蛋白修饰研究利器
将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段，研究体内转录因子和靶基因直接相互作用，对于调控蛋白在基因组上的结合靶点筛选、差异化表观遗传变异的原理揭示提供了重要的解决方案。此研究利用RNA-seq、ChIP-seq、CUT&Tag-qpcr、WB、CRISPR/Cas9基因编辑等技术探究了乳酸通过组蛋白乳酰化调控肿瘤免疫逃逸的机制，研究揭示了乳酸代谢在肿瘤免疫微环境中的重要作用，并为靶向乳酸代谢的肿瘤免疫治疗提供了新的思路。
2025-10-31 14:12:48
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原创 表观组+代谢组的组合为何受到顶刊的青睐？
核心问题：肝星状细胞（HSC）活化过程中，由己糖激酶2（HK2）介导的乳酸生成，是否通过诱导一种特定的表观遗传修饰——组蛋白乳酸化（histone lactylation），来驱动促纤维化基因的表达，从而推动肝纤维化的进程。基因序列给了我们“生命说明书”，但同样的基因，为何在不同环境、不同时期会表现出截然不同的状态？当我们将表观组学和代谢组学整合分析时，就像同时获得了“调控地图”和“燃料清单”，它既能解释复杂表型的来源，又能指向可操作的靶点，从肿瘤到免疫，从发育到衰老，都能给出机制与疗法的双重答案。
2025-10-30 11:46:55
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原创 富集分析怎么选？GO、KEGG、GSEA、GSVA一次讲透！
它会把所有基因按照表达量的变化趋势（比如从高到低）排个队，然后看看你感兴趣的某个基因集（比如某个通路的所有基因，或者某个功能类别的基因群）是不是在这个排序列表的某一端（通常是顶端或底端）富集。比如你有肿瘤样本和正常样本，GSVA就能通过对每个样本的基因表达谱进行分析，计算出一个“通路活性分数”，告诉你这个通路在每个样本里的活跃程度，进而可以比较不同样本组之间通路活性的差异，或者进行聚类、生存分析等后续研究。但它的缺点是通路数量有限，而且主要是已知的经典通路，对于一些新发现的机制可能覆盖不够。
2025-10-29 11:15:28
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原创 Annual Rev(IF=26.5)重磅综述 | 一文了解植物组蛋白修饰的功能和机制详解
1. 组蛋白修饰由“书写器”、“阅读器”和“擦除器”调控，它们各自在基因激活和沉默中扮演着独特的角色。“书写器”和“擦除器”直接改变激活型或沉默型标记的水平；然而，“阅读器”的作用更为复杂，它们既可以增强也可以抵消这些标记，甚至可以介导额外的下游功能。2. 目前对染色质修饰因子的研究主要局限于基因突变体，且评估方式多为位点特异性的，侧重于其表型效应，而非其精确的分子功能和生化特性。3. 组蛋白修饰通过调节多能性因子的表达来维持分生组织中的干细胞状态，并使其能够分化为其他组织。
2025-10-27 10:27:30
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原创 好搭档，基因组组装+DNA甲基化为非模式植物的性状研究提供思路
当前大量非模式植物的基因组解析仍停留在低完整性、低分辨率水平，难以支撑后续功能基因定位及调控机制研究。DNA甲基化作为植物中保守的表观遗传调控方式（包含CG、CHG、CHH三种修饰语境），已被证实参与调控目标植物的关键性状，但当前相关研究仍存在“机制模糊、关联缺失”的问题。高质量基因组研究与DNA甲基化分析并非相互独立，而是存在“支撑与被支撑”的依赖关系：一方面，只有基于染色体级、单倍型分辨率的基因组，才能精准定位甲基化位点（如基因启动子转录起始位点（TSS）上游2kb区域、转座元件（TE）邻近区域），避免
2025-10-24 11:46:35
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原创 SSR分子标记，让基因多态性“一眼可见”！
微卫星标记(Microsatellite)，又称简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR），或短串联重复序列（Short Tandem Repeats,STR），是广泛分布于真核生物基因组中的简单重复序列，通常由2～6个核苷酸单元串联组成，序列长度一般在200bp以内。将筛选出条带清晰多态性好的引物，合成荧光引物，不同的引物用不同颜色荧光表示，将荧光引物对所有子代样本分别进行PCR 扩增，毛细管电泳（ABI3730）对扩增产物进行检测。：组织样本或DNA、SSR引物序列/引物。
2025-10-23 14:48:39
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原创 Nature文献分享 | ChIP-seq助力揭示哺乳动物异染色质形成与维持机制
中期SUV39H2/HP1脱离后，后期SUV39H2先回贴染色体（fig.3g），末期HP1再聚集，而G2E3-KO严重阻断这一重定位（fig.3g）。本文围绕哺乳动物异染色质组装机制展开，揭示了E3泛素连接酶G2E3通过催化组蛋白H3第14位赖氨酸的单泛素化（H3K14ub），在细胞分裂过程中驱动SUV39H甲基转移酶定位于中心粒周围异染色质，进而促进H3K9me3修饰和HP1蛋白招募，从而维持异染色质结构和功能，并防止SUV39H错误定位于常染色质，确保染色质正确分隔和基因表达调控。
2025-10-21 14:11:15
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空空如也
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