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RSS订阅原创 如何将表观修饰和水果研究结合起来？拿捏高分思路
表观修饰在水果研究中的应用，就像一把神奇的钥匙，为我们打开了深入理解水果从田间到餐桌的转变之门。它不仅关乎基因本身，更关乎基因如何被“调控”，这种调控不涉及DNA序列的改变，却能深刻影响水果的品质、成熟和抗逆性。
2025-03-19 16:52:40
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原创 超级简单的m6A修饰位点预测- SRAMP
今天，小编就给大家介绍一个预测目标区段是否具有m6A修饰位点以及位点具体位置的网站，为大家的MeRIP-qPCR或者SELECT实验保驾护航。
2025-03-14 15:39:22
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原创 扒一扒那些好用的转录因子TF-DNA数据库（上）
还在苦恼没有好用的转录因子数据库？还处于只知道JASPAR数据库的境地？现在已经悄咪咪的出现了20+转录因子整合数据库知道不？不知道没关系，小编来告诉你！
2025-03-14 14:48:27
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原创 项目文章 | Redox Biology组蛋白乳酸化在肝癌微波消融术后转移中的作用机制
本文研究主要探讨了组蛋白乳酸化在肝癌微波消融术后转移中的作用机制，并揭示了其通过调控NFS1介导的铁死亡抵抗促进肿瘤进展的分子通路。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。
2025-03-10 16:56:29
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原创 爱基百客受邀参加华大智造SEQ ALL联盟年度峰会，共筑生命科学新图景
深圳华大智造科技股份有限公司（简称华大智造）秉承“创新智造引领生命科技”的理念，致力于成为生命科技核心工具缔造者，专注于生命科学与生物技术领域，以仪器设备、试剂耗材等相关产品的研发、生产和销售为主要业务，为精准医疗、精准农业和精准健康等行业提供实时、全景、全生命周期的生命数字化设备和系统。3月1日，华大智造SEQ ALL联盟年度峰会在杭州盛大召开。在峰会上，爱基百客和其他生态伙伴，与华大智造一齐登台、联合表态——让可靠，根植于行业DNA，聚力生态、融合创新，为生命科学定义一个“世界品质”的“中国标准”！
2025-03-07 17:46:35
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原创 国货正当时 | 立足于中国智造，爱基百客提供优质的基因多组学服务
爱基百客与中国智造的合作始于华大智造的BGI500基因测序仪，逐步拓展至MGI2000测序仪、DNBSEQ-T7高通量测序仪、单细胞和时空组学平台，以及CycloneSEQ测序仪和相关自动化设备。2025年年初，爱基百客响应华大智造发起的一份关于「可靠」的倡议，呼吁行业伙伴共同坚守“可靠”标准，通过不断的技术革新和服务优化，为科研工作者提供更加可靠、专业、高效的支持，共同推动科学研究的进步。同年，公司布局国产单细胞平台，引入寻因生物的SeekOne®DD单细胞平台，基于该平台提供单细胞转录组的技术服务。
2025-03-07 17:31:37
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原创 项目文章|Klotho通过抑制ERK1/2和Wnt/β-连环蛋白信号通路减轻视网膜色素上皮细胞在视网膜下纤维化中的上皮-间质转化
本研究发现Klotho蛋白通过抑制ERK1/2和Wnt/β-catenin通路，显著抗击视网膜下纤维化，为nAMD治疗提供新靶点。
2025-03-04 09:33:22
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原创 组蛋白乳酸化调控拼图再添关键碎片，乳酸化调控蛋白汇总2.0
组蛋白乳酸化蛋白再添新的调控蛋白，爱基百客提供领先的表观组学，ChIP-seq和CUT&Tag产品在组蛋白修饰上有丰富的经验。
2025-02-26 11:37:25
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原创 干货分享 | 如何使用单细胞标记的marker基因数据库Cell Marker2.0?
本文主要介绍了单细胞标记的marker基因数据库 Cell Marker2.0，包括其优势、使用方法、在线分析工具及数据下载功能等具体使用指南，希望可以为您的单细胞研究提供有力支持。
2025-02-26 11:09:23
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原创 中国智造，不止可靠 | 爱基百客携手华大智造打造全方位基因多组学服务
此外，爱基百客引入的DNBSEQ-T7是全球最高日通量的单机版基因测序仪之一，每日数据量可达7Tb，主要用于全基因组、全外显子组、转录组、表观基因组测序等研究，与爱基百客的业务完美契合。深圳华大智造科技股份有限公司（简称华大智造）秉承“创新智造引领生命科技”的理念，致力于成为生命科技核心工具缔造者，专注于生命科学与生物技术领域，以仪器设备、试剂耗材等相关产品的研发、生产和销售为主要业务，为精准医疗、精准农业和精准健康等行业提供实时、全景、全生命周期的生命数字化设备和系统。{ 往 期 精 彩 回 顾 }
2025-02-22 16:44:41
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原创 玩转表观，ATAC-seq+RNA-seq共探染色质重塑机制研究
ATAC-seq与RNA-seq结合，可全面揭示染色质重塑对基因表达调控，助力理解细胞命运转化和疾病机制，为新疗法提供理论支持。
2025-02-21 16:49:31
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原创 如何进行Motif预测分析和解读？MEME和HOMER全解析
Motif预测分析是一种在生物信息学和计算生物学中广泛应用的技术，用于识别DNA、RNA或蛋白质序列中具有生物学功能的短保守序列模式。接下来让我们一起了解其分析的目的、在不同富集类实验中的区别与常用分析软件。
2025-02-17 12:11:09
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原创 Deepseek问答：我有一个表观方向的课题，如何选择ChIP-seq,CUT&Tag，ATAC-seq等技术
通过抗体富集与特定蛋白质（如转录因子、组蛋白修饰）结合的DNA片段，进行测序分析。适用场景：研究特定蛋白质（如转录因子、组蛋白修饰）在基因组上的结合位点。需要高分辨率的蛋白质-DNA相互作用图谱。样本量充足（通常需要数百万细胞）。
2025-02-14 15:31:28
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原创 转录组研究全攻略——实验设计、结果挖掘、验证
本文介绍了转录组实验设计、关键基因筛选及验证方法，涵盖样本选择、筛选策略和定量、定性、功能验证等环节，为生命科学研究提供参考。
2025-02-10 10:07:28
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原创 项目文章 | PNAS 斑马鱼转录因子ChIP-seq助力解析GATA6突变相关的肝脏疾病机制
一致的是，这一突变的Gata6变体显著降低了Lrh-1-β--catenin信号的活性，与野生型一样有效。的表达，并且Gata6与Lrh-1有相互作用，可以合理推测，当Gata6过表达时，过量的Lrh-1与Gata6之间的相互作用可能会影响Gata6的转录活性。突变体中观察到的β-catenin信号下调的生物学后果，通过使用β-catenin信号的抑制剂XAV939或SSTC3在斑马鱼胚胎中抑制了该信号，结果在3.5dpf时出现了小肝脏和聚集在结节中的胆管细胞（图5B），与这三个突变体中观察到的表型相似。
2025-01-24 11:38:38
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原创 项目文章（J Hepatol&IF:26.8）| CUT&Tag+转录组解析组蛋白新型修饰H3Q5ser调控HCC的发生机制
为了确定TGM2在HCC癌变和进展中的功能，作者测量了7种肝癌细胞系中TGM2的核和细胞质蛋白水平，并建立了TGM2敲低和核特异性过表达的细胞系，随后，作者进行了CCK-8和集落形成实验来评估HCC细胞的增殖，Transwell和伤口愈合试验来评估HCC细胞的迁移和侵袭能力。此外，在HTVI模型中，TGM2促进了HCC的癌变和进展。此外，与邻近的非肿瘤组织相比，HCC组织中色氨酸羟化酶1（TPH1，外周组织中5-HT合成的限速酶）的表达升高，提示HCC中Trp代谢的5-HT通路可能比邻近非肿瘤组织更活跃。
2025-01-22 13:49:02
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原创 小白如何挑选单细胞标记的marker基因？
特别值得一提的是，它支持双向搜索功能，用户既可以从细胞类型出发查询对应的marker基因，也能够输入marker基因来查找相关的细胞类型，极大地提升了研究效率，为植物单细胞研究人员提供了一个全面、高效且便捷的数据资源平台，有力地推动了植物单细胞研究的发展进程。这些数据库各自具有独特优势，共同为单细胞研究提供了全面、丰富的数据资源和强大的分析工具，推动着单细胞研究在医学和农学等领域不断深入发展，帮助科研人员更高效地探究细胞的奥秘，为相关疾病的治疗、药物研发以及植物品种改良等方面奠定坚实基础。
2025-01-20 11:39:59
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原创 微生物ChIP-seq，舍我其谁？
研究发现了一个新的调控级联反应，其中转录因子COH2在昆虫表皮上激活表皮穿透基因的表达，而在血腔中，蛋白COH1与COH2相互作用，降低COH2的稳定性，从而抑制表皮穿透基因的表达并上调血腔定植基因的表达。爱基百客在微生物ChIP-seq领域的实力和成果有目共睹，通过与众多科研单位的紧密合作，我们助力揭示了多种微生物在不同环境条件下的基因调控机制，为微生物学研究提供了丰富的数据资源和深入的见解。: Peak注释和分布分析，Peak关联基因的GO、KEGG的注释和富集分析， 转录因子和Motif分析等。
2025-01-17 11:50:36
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原创 经济作物泛基因组文章盘点和解析
泛基因组比较鉴定了二倍体和四倍体棉花之间的共线性区域和高度分化区域，这些区域显示了持续的变异，并表明序列进化的持续过程可能与两个亚基因组的基因组大小变化有关。通过比较栽培种和野生种基因组的结构变异，构建了基于图谱的基因组，揭示了影响开花时间、春化和抗病性等性状的基因变异。研究团队开发了一种用于SV-全基因组关联研究（SV-GWAS）和基于表型数据的转录组关联研究，以及eQTLs和eQTL-GWAS共定位高通量联合分析的流程，鉴定出726个SV-基因表达-性状变异的关联，其中部分通过转基因实验得到验证。
2025-01-16 11:52:04
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原创 项目文章 | Dev Cell 陕西师范大学研究团队发表棉花纤维发育中的作用及调控机制
近日，陕西师范大学肖光辉课题组在期刊Developmental Cell（IF=10.7）发表题为Strigolactone promotes cotton fiber cell elongation by de-repressing DWARF53 on linolenic acid biosynthesis的文章，本研究利用ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq、Y1H/Y2H、Dual-LUC、EMSA等技术方法探究GhD53在棉花纤维发育中的作用及调控机制。爱基百客为该研究提供DA
2025-01-13 11:29:32
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原创 新突破IF=1000+! | 爱基百客2024年项目文章盘点
研究发现，GhD53作为转录抑制因子，通过与GhSLRF相互作用抑制GhFAD3基因的转录，而SL信号的激活能够促使GhD53降解，从而解除对GhFAD3的抑制，增强亚麻酸生物合成，进而促进棉花纤维的伸长。本文通过在果蝇和小鼠模型上的研究发现，高脂饮食引起的肠道菌群失调导致酪胺(TA)的产生增加，TA通过激活肠细胞中的cytoCa2+信号通路，进而激活CRTC-CREB转录复合体，这种信号级联不仅抑制了饮食脂质的消化和肠道脂肪生成，还促进了线粒体生物发生，最终减轻了HFD诱导的胰岛素抵抗。
2025-01-08 11:47:31
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原创 水果泛基因组文章盘点和解析
往期，我们盘点过木本植物泛基因组，详解介绍过泛基因组的概念、构建方法、发展历史数据库，本期我们将系统梳理和总结近年来水果物种已发表的泛基因组研究进展，盘点覆盖的物种、关键成果及研究方法，同时探讨泛基因组在未来水果育种与资源保存中的应用潜力。综上所述，该研究构建了一个高质量的泛基因组，揭示了大量遗传变异，并鉴定出介导果实颜色和果实质量的一种新型结构变异，为进一步研究基因组进化和驯化、QTL基因功能以及基因组辅助育种提供了宝贵的信息。基于研究组装的基因组和7个已发表的梨基因组，构建了一个泛基因组图谱。
2025-01-06 11:59:13
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原创 干货分享 | 如何设计各类PCR实验引物（PCR、qPCR、RT-qPCR、ChIP-qPCR、MeRIP-qPCR）
得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值，它体现的是该位点的修饰水平（目标基因发生该修饰的转录本占该基因总转录本的比例），而普通qPCR验证的是某个基因的表达水平（共表达了多少转录本）。实时荧光定量PCR，即第二代PCR，在聚合酶链反应“变性-退火-延伸”扩增过程的“延伸”段，对荧光探针标记的靶基因荧光信号进行实时采集，通过3个参数（荧光信号-Ct值-靶基因的起始浓度）间的关系，最终确定靶基因的拷贝数或基因的表达水平。，比如转录因子通常在启动子区域结合，我们可以在靶基因的启动子区进行引物设计。
2025-01-02 11:37:17
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原创 Genome Biology文献分享 | 多组学数据构建大豆全基因组转录调控网络
分析发现，大多数基因（44.2%）被1到5个TF结合，而只有1.1%的基因被超过20个TF结合（Fig.2d）。与相邻序列相比，转录因子结合位点（TFBS）显示出较低的甲基化水平（Fig.1f）和较高的染色质可及性（Fig.1g），这表明表观遗传标记可能在调节转录因子结合中起作用，而转录因子的结合也可能影响这些表观遗传标记。用户可以在SoyTFBase中搜索特定TF的靶基因，或搜索调控特定基因的TF（Fig.7f），并使用“比较”工具发现不同基因的共同TF调控因子，或不同TF的共同靶基因（Fig.7g）。
2024-12-30 11:46:19
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原创 入门泛基因组，从发展史到测序和分析（内附泛基因组数据库）
泛基因组的提出弥补了这一不足，它通过整合多个个体的基因组信息，构建出包含核心基因组（所有个体共有的基因）和可变基因组（部分个体特有的基因）的综合基因组框架，从而揭示种群内的遗传多样性和进化规律。基于泛基因组的优势，可以想见未来泛基因组会成为参考基因组的新标准。基因组包含生物体的全套遗传信息，研究中通常会将一个物种中重要的品系或者最先测出的基因组作为参考基因组，并以此为基础进行个体或群体水平的遗传变异分析。将新增个体（如B）的基因组与参考基因组比对，整合新发现的序列，生成更新后的泛基因组（AB）。
2024-12-25 11:53:55
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原创 项目文章 | Adv Sci 武汉大学研究团队发现靶向STAMBPL1/TRIM21/AXL轴可降低间充质表型，增强抗肿瘤疗效
2024年11月11日，武汉大学人民医院泌尿科研究团队在期刊《Advanced Science》（IF=14.6）发表题为“STAMBPL1/TRIM21 Balances AXL Stability Impacting Mesenchymal Phenotype and Immune Response in KIRC”的研究论文。该研究表明靶向STAMBPL1/TRIM21/AXL轴可降低间充质表型，增强癌症治疗的抗肿瘤疗效。爱基百客为该研究提供RNA-seq的技术支持。研究背景
2024-12-23 11:42:39
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原创 国自然热点 | “肠道菌群+转录调控” 解析肠道微生物群在自闭症谱系障碍的作用
正如预期的那样，醋酸盐处理并没有逆转Abx对微生物群多样性的影响（图4H）。Wt-ABX与Wt-H2O的比较(图3A)能够评估ABX对Wt动物基因表达的影响，显示出大约500个基因的调节，与细胞结构相关的通路增加，与突触功能有关的通路减少(图3B)。基因杂合子)及其28个未受影响的对照的醋酸盐水平(图7A)，异丁酸和丙酸水平与Vinland通讯评分呈负相关(图7B)，此外，性别分析显示，只有男性的醋酸盐水平与ABC多动评分呈负相关(图7C)，Spearman相关分析证实了显著的负相关(图7D)。
2024-12-20 13:49:29
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原创 项目文章 | ATAC-seq和RNA-seq揭示棉花纤维伸长过程中的关键基因
与木聚糖合成相关的GhGUX基因（GUX2和GUX3）显著上调，这将对植物次生壁的合成产生重大影响，最终影响纤维的发展（图3D）。在染色质的Peak区域，可能存在调节附近基因表达的TF结合位点（图4A）。而在WT中，1906个基因与启动子Peak相关，分别与60个下调和28个上调DEG重叠，这些基因被称为差异靶基因（图3B）。突变体的peak包含87个过表示的motif，而WT 的peak包含39个过表示的motif。突变体中的Peak分布在启动子区域，而WT中的大多数Peak主要分布在内含子（图2B）。
2024-12-18 11:45:28
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原创 干货 | 单细胞转录组标准和个性化分析解析
如图所示，单细胞分析从单个细胞的起始材料中获取基因表达数据，能够解析每种类型或亚群细胞的独特表达模式，揭示成千上万个细胞间的异质性和精细的表达特征。针对样本内的高质量单细胞和基因的UMI序列数，计算每个细胞的UMI总数，采用中位数标准化处理将每个细胞中的基因UMI数归一化到所有细胞UMI总数的中位数为基因表达量，计算每个基因的平均值和离差。通过可视化细胞的基因数分布图，UMI数分布图，可以评估样品所有细胞及表达的基因情况，对于检测到基因数明显异常细胞可能是潜在的多重细胞（multiplets）。
2024-12-16 14:06:14
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原创 DCS Lab新纪元：爱基百客与华大智造携手开启全方位基因组学合作新篇章
2024年12月10日，武汉爱基百客生物科技有限公司（以下简称“爱基百客”）与深圳华大智造科技股份有限公司（以下简称“华大智造”）宣布双方共建DCS Lab实验室，爱基百客总经理李泽卿、副总经理李新平与华大智造副总裁、中国区总经理彭欢欢及华大智造中国营销中心科研合作部总监黎万顺等进行了 “爱基百客-华大智造DCS Lab认证实验室”签约与揭牌仪式，爱基百客与华大智造其他领导同事共同见证，标志着双方在生命科学领域的合作迈入了一个新的里程碑。随后，参会人员移步至爱基百客测序中心，进行了揭牌仪式。
2024-12-13 11:43:15
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原创 如何进行“单细胞转录组+单细胞ATAC”联合分析？
通过整合基因表达和染色质开放性的数据，可以更精准地注释细胞亚群，并探索二者之间的正相关关系，这种相关性揭示了染色质开放区域如何促进转录因子的结合和基因表达。将单细胞ATAC与单细胞转录组相结合，能综合解读基因表达调控，解析细胞分化的动态过程，鉴定新的细胞亚群和功能状态，研究疾病相关基因变异的影响，并提高数据分析的准确性。通过分析染色质开放区域（peaks），我们能够识别并筛选出核心基因，包括核心转录因子和靶基因，这些转录因子能够结合到染色质开放区域，并调控下游的靶基因，从而形成调控网络。
2024-12-13 11:36:08
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原创 项目文章 | ChIP-seq+TBS助力揭示转录因子在肺癌的调控机制研究
此外，测量了BEAS-2B、A549和H1299细胞中HOXD1启动子区域甲基化水平，TBS结果显示，与BEAS-2B细胞相比，A549和H1299细胞中的总甲基化水平并没有显著差异（图4C）。此外，为了确定细胞运动性，进行了细胞划痕实验（图3E）以及Transwell实验（图3F），与对照细胞相比，当HOXD1上调时，LUAD细胞的迁移和侵袭受到抑制。在肺癌研究中，HOXD基因的异常表达与肺腺癌（LUAD）的发生和进展有关，但关于HOXD1在肺癌中的作用尚不清楚。图7 HOXD1调控LUAD进展机制图。
2024-12-09 14:13:58
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原创 项目文章 | RNA-seq+WES-seq+机器学习，揭示DNAH5是结直肠癌的预后标志物
研究者将20个基因模型与F1CDx和MSK-IMPACT商业模型进行了比较，发现20个基因模型的TMB与这些商业模型得出的TMB估计值之间存在显著相关性（Fig. 3e,Fig. 3f）。该模型能够准确估计POLE突变的CRC患者的TMB，这些患者通常具有非常高的TMB水平，并在微卫星稳定（MSS）和微卫星不稳定（MSI）的POLE突变患者中提供可靠的TMB估计。多变量Cox回归分析表明，高TMB并不是OS的独立预后指标（Fig. 4d），但它是CRC患者PFS增强的独立预测因子（Fig. 4e）。
2024-12-06 13:38:38
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原创 大队列ATAC-seq：揭秘基因调控的“密码本”
利用ATAC-seq获取染色质可及性的高分辨率图谱，不仅可以展示哪些区域的染色质是开放的，哪些区域是封闭的，还能揭示不同细胞类型和组织中基因表达的调控模式。通过对不同生物体、不同组织和不同发育阶段的染色质可及性数据进行系统分析，研究人员能够揭示基因表达的复杂调控网络，识别关键的转录因子和调控元件，并验证其在生物学过程中的功能。该技术通过利用转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，将转座DNA设计为接头，随机插入染色质的开放区域，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序，从而获取染色质可及性的高分辨率图谱。
2024-12-04 11:50:14
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原创 肿瘤明星转录因子研究策略和汇总
在肿瘤研究中，FOX（Forkhead Box）转录因子家族涉及多个成员，除了FOXO类和FOXK类蛋白，还有其他一些FOX转录因子（FOXM1、FOXP3、FOXA 类 (FOXA1, FOXA2, FOXA3)等）也受到研究者的关注。比如说FOX家族蛋白，它是一个转录因子大家族，它共享一个高度保守的100个氨基酸的DNA结合结构域（DBD），称为叉头结构域。转录因子是具有DNA结合域的蛋白质，它与启动子和/或增强子区域的特定DNA序列结合，并与其他辅助因子和RNA聚合酶II相互作用，调控靶基因的转录。
2024-12-02 11:36:15
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原创 项目文章 | NC&ChIP-seq助力揭示高温胁迫下白菜开花调控新机制
结果显示，在NC条件下，BrJMJ18Par(A345T)和BrJMJ18Par(C633Y)的去甲基化酶活性高于BrJMJ18PC，而BrJMJ18Par(F654L)和BrJMJ18Par(C633Y)/(F654L)表现出较低的活性（Fig.8）。在所有六个氨基酸突变中，T345A发生在已知的催化JmjC域，Y633C和L654F都位于DNA结合的Zf-C5HC2域和FYRN域之间的间隙，这在染色质相关蛋白中很常见。群体的进化历史，估计了一个共同祖先的分裂和随后的群体分化时间（Fig.1b）。
2024-11-29 11:40:43
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原创 项目文章 | ChIP-seq揭开热休克因子ZmHsf17调控ZmPAH1增强玉米耐热性的作用机制
根据HEATSTER平台的分析进行鉴定、分类和特性描述（图1A），ZmHsf17的蛋白包括一个保守的DNA结合域（DBD）、寡聚化域（OD）、核定位信号（NLS）、核出口信号（NES）和芳香族、疏水性和酸性氨基酸（AHA）。GO富集分析揭示了与应激反应显著相关的生物过程（BP）术语，特别是那些涉及“对应激的反应”、“对化学物质的反应”、“对非生物的反应”和“对热的反应”（图6E）。通过脂质亚类的差异化散点图，观察到MGDG、PG和DGDG是主要上调的脂质，许多脂质组分的倍数变化超过2（图10B）。
2024-11-27 11:42:28
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