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西南大学植物保护学院作物真菌病害成灾机制与可持续控制团队与浙江大学马忠华教授团队在国际权威学术期刊《Nucleic Acids Research》上发表了一篇题为“Fungal chromatin remodeler Isw1 modulates translation via regulating tRNA transcription”的研究论文。该研究利用该研究运用了ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、MNase-qPCR、EMSA、LC-MS等技术方法，对禾谷镰刀菌（Fusarium

蛋白DNA互作调控网络探究中表观组数据分析的核心--peak。它到底是指什么？如何来的？该如何选择运用到文章中呢？

为了确定TGM2在HCC癌变和进展中的功能，作者测量了7种肝癌细胞系中TGM2的核和细胞质蛋白水平，并建立了TGM2敲低和核特异性过表达的细胞系，随后，作者进行了CCK-8和集落形成实验来评估HCC细胞的增殖，Transwell和伤口愈合试验来评估HCC细胞的迁移和侵袭能力。此外，在HTVI模型中，TGM2促进了HCC的癌变和进展。此外，与邻近的非肿瘤组织相比，HCC组织中色氨酸羟化酶1（TPH1，外周组织中5-HT合成的限速酶）的表达升高，提示HCC中Trp代谢的5-HT通路可能比邻近非肿瘤组织更活跃。

ChIP-seq实验中会受到甲醛交联，超声打断及免疫沉淀效率的影响，整体的重复性和信噪比较CUT&Tag要低一些，为追求更高质量的分析结果，通常会采用较高的测序深度弥补实验中的缺陷。其次，ChIP-seq 和 CUT&Tag的实验过程也会有较大的差异。总之，ChIP-seq和CUT&Tag各有千秋也也互为补充，在特定研究情境下灵活运用ChIP-seq与CUT&Tag这两种强大的工具，不仅能够提高研究效率，降低成本，还能确保数据的准确性和可靠性，能够极大促进我们对基因调控、表观遗传学及细胞功能等领域的理解。

用RNA干扰或（R）-GNE-140抑制LDH活性后，再将成肌细胞与15 mM乳酸钠一起培养4天，结果表明，补充乳酸钠不仅恢复了成肌细胞的分化活性，而且还防止了用siRNA或抑制剂处理的细胞中MyHC蛋白表达和组蛋白赖氨酸乳酸化的下降（图2E，F）。此外，Neu2蛋白表达在乳酸处理后明显增加（图5D）。为了进一步证实H3K9乳酸化在成肌细胞分化中的作用，作者用C646（P300抑制剂）处理成肌细胞，WB结果显示，P300抑制剂显著降低了乳酸盐处理的成肌细胞中H3K9la和MyHC表达的水平（图3C-F）。

如果有多个CUT&Tag样本处理，为了确保反应的一致性和准确性，建议首先在单个1.5-2 mL离心管中批量处理所有反应需要的ConA磁珠，之后再将磁珠分装到8连排的PCR管中，这样可以确保每个样本中磁珠的数量和活性保持一致，从而提高实验结果的可比性和可靠性。相比于传统的ChIP-seq技术，CUT&Tag反应在细胞内进行，创新性地使用了ProteinA/G-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终通过结合NGS实现靶蛋白结合位点的精准定位。

CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作新兴的实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶精确切割目标蛋白结合的DNA区域，并在这些序列的两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。，即哪些区域对转录因子和其他调控蛋白是可及的，它可以用于研究基因调控网络、细胞类型特异性的染色质状态以及疾病状态下的表观遗传变化。，可以提供更详细的蛋白-染色质相互作用信息，有助于深入理解蛋白在基因调控中的具体作用机制；

CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。图：在MET基因座位上，叠加显示了CUT&Tag、ChIP-seq和RNA-seq的轨迹，展示了SET、CDK9、PP2A-A、PP2A-C和Pol II在染色质上的占据情况，以及在对照组和SET-KO细胞中的mRNA表达情况[2]

本文利用scATAC-seq和CUT&Tag技术，研究了视网膜细胞分化过程中的表观遗传景观变化，发现不同细胞状态的增强子活性差异可将视网膜细胞分组，并揭示了细胞发育轨迹中基因表达与表观遗传景观的关系。从nRPCs到tRPCs再到特定神经元的发育轨迹中，细胞状态特异性增强子的活性变化导致基因表达变化。转录因子在调控表观遗传景观和基因表达中发挥关键作用。研究结果支持关键转录因子在推动细胞向不同谱系发展中既合作又竞争的模式。

提高氮素利用效率(NUE)的作物育种对可持续农业至关重要，但表观遗传修饰的参与仍未得到探索。2023年12月12日，中国科学院遗传与发育生物学研究所肖军研究组与合作者在Nature Communications杂志上发表了题为“Epigenetic modifications regulate cultivar-specific root development and metabolic adaptation to nitrogen availability in wheat”的研究论文，该文章聚焦两个低

胶质母细胞瘤(GBM)仍然是最常见和最致命的恶性原发性脑肿瘤，目前5年生存率为7.2%。标准治疗包括手术切除大块肿瘤，然后进行体外放射治疗和TMZ辅助化疗。胶质瘤干细胞(Glioma stem cells, GSCs)具有良好的DNA修复能力，能够有效地修复标准治疗引起的DNA损伤，从而产生耐药性。表观遗传修饰因子KDM1A/LSD1在胶质母细胞瘤中高表达，然而，KDM1A在TMZ耐药中的作用机制仍然不清楚。

水稻白叶枯病菌(Xoo)是水稻白叶枯病的主要病原菌，其导致水稻减产，造成重大经济损失。Xoo感染产生各种毒力因子来克服宿主的先天免疫并促进感染。另一方面，细菌Sigma(σ)因子是一种高度特化的蛋白，它使RNA聚合酶识别并结合特定的启动子。σ70因子还调节与应激反应和毒力相关的基因表达。然而，RpoD在Xoo中的作用仍然不清楚。

乳酸是人体循环系统最丰富的代谢产物之一。乳酸由糖酵解的终产物丙酮酸盐通过乳酸脱氢酶（LDH）产生。有氧条件下，丙酮酸盐可以穿梭进入线粒体，以促进生物合成途径和ATP产生。当氧气不足时，丙酮酸转化为乳酸，该反应再生NAD+，这是维持糖酵解所必需的[1]。对于癌细胞，其即使在有氧条件下也更倾向于将葡萄糖转化成乳酸来产生能量，这就是Warburg 效应。此外，乳酸的累积在表观遗传方面也具有重要影响，乳酸作为前体物质进行组蛋白上的乳酸化修饰，进而影响基因转录。

这项研究通过正交组和系统转录组分析鉴定了5种双子叶植物中的35个冷响应保守CoCoFos，并以拟南芥BBX29为例证实了CoCoFos的有效性。BBX29主要通过CBFs非依赖性途径调节耐冷性。此外，通过详细检查BBX29靶基因，还发现它们也参与植物对其他非生物胁迫(盐、渗透和伤害)、光(蓝色和红色)、激素(SA、JA和CK)和其他信号的反应(图7)。因此，BBX29可以作为多种信号途径的重要整合者，包括外部环境线索(光和非生物胁迫)以及内部激素信号，以调节植物的胁迫耐受性、生长和发育。

2013年，美国学者Richard A. Young首次提出超级增强子，其是具有超强转录激活特性的顺式调控元件。与普通增强子相比，超级增强子具有更大的区域跨度（8-20kb）以及更高密度的转录激活相关组蛋白修饰，Mediator复合体，Bromodomain containing 4 蛋白(BRD4)和其他转录因子。超级增强子典型特征就是具有高密度的H3K27ac和H3K4me1修饰。今天我们就带大家来了解超级增强子的重要标记——H3K27ac。

作者阐明谱系可塑性在晚期PDAC肿瘤在消除中心致癌驱动基因Yap后发生自发复发的机制。实验表明Jun与PTF Sox2/5、Twist2、Nr2f1/2形成相互连接的前馈转录环，并招募PTF激活与Yap非依赖性相关的SEs。此外，单独的PTF或Jun单独占据的CRE在很大程度上没有H3K27乙酰化和Brd4结合，这表明PTF和Jun之间的协同作用是维持YAP非依赖性PDAC细胞活跃转录所必需的。

H3K4me3作为一种广为人知的组蛋白修饰，不仅参与转录起始、延伸和RNA剪接，而且该修饰也与多种疾病以及其他一些生命活动相关。进一步的研究将有助于揭示H3K4me3在基因调控网络中的作用机制，并为相关疾病的诊断和治疗提供新的靶点和策略。

该研究利用CUT&Tag、ChIP-qPCR和RNA-seq等技术研究肝星状细胞活化和肝纤维化中己糖激酶和组蛋白乳酸化H3K18la的调控机制。HSC（肝星状细胞）特异性或全身HK2缺失抑制星状细胞活化和肝纤维化，推测HK2可能是肝纤维化的有效靶点。

组蛋白是核小体的组成单位，真核生物的一个核小体由组蛋白H2A，H2B，H3和H4形成的八聚体以及缠绕在上面的DNA组成。在组蛋白的N端尾部会发生大量的翻译后修饰，例如甲基化、乙酰化、泛素化等。不同的组蛋白修饰对机体会有不同的功能，例如调控RNA转录、DNA复制和损伤的修复等。其中，组蛋白的赖氨酸（K）可以在一定情况下被乳酸化修饰（lactylation），这种翻译后修饰的现象被称为组蛋白乳酸化。

首先我们先关注互作的蛋白是谁，这个就需要通过CoIP等实验进行互作的蛋白鉴定，其互作蛋白的特性也赋予了转录因子功能上的多样性，具体功能就需要针对互作蛋白具体蛋白具体分析了。不过，他山之石可以攻玉，我们也整理了一些转录因子研究可以用到的网站，包括动植物的已有的转录因子网站，转录因子抗体怎么选择，转录因子motif查询，已经做了的人和小鼠的ChIP数据怎么看，基因启动子区可能结合的转录因子预测等，关注爱基百客公众号，后台回复“ 转录因子 ”，我们整体打包给您，让您对手上的转录因子有个更清晰的认知。

深入了解H3K36me及相应的组蛋白修饰酶在丝状真菌病原体增殖、毒力及致病性中的作用机制，有助于开发新型杀菌剂和制定疾病管理策略。

组蛋白修饰是以共价方式进行的蛋白质翻译后修饰，常见的修饰包括甲基化、磷酸化、乙酰化和泛素化等，近年来发现了不少新型修饰类型，比如丙酰化、丁酰化、2-羟基异丁酰化、琥珀酰化、丙二酰化、戊二酰化、巴豆酰化、β-羟基丁酰化和乳酸化。不同的修饰类型以及修饰的位置构成了组蛋白修饰的功能多样性。

组蛋白乳酸化修饰全基因组分布的解析