fasta序列操作神器——seqkit

一、序列操作：

1.取反向序列

seqkit seq test.fa -r > test_re.fa

2.取互补序列

seq test.fa -p > test_com.fa

3.取反向互补序列

seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa

4.DNA序列转换为RNA序列

seqkit seq test.fa --nda2rna > test_rna.fa

5.RNA序列转换为DNA序列

seqkit seq test.fa rna2dna > test_dna.fa

6.将序列以小写字母的形式输出

seqkit seq test.fa -l > test_lower.fa

7.将序列以大写字母的形式输出

seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa

8.指定每行序列的输出长度(为0的话，代表为一整行，默认的输出 长度是60个碱基)

seqkit seq test.fa -w 10 > test_10.fa (指定序列的长度为10)

9.将多行序列转换为一行序列

seqkit seq test.fa -w 0 > test_w.fa

10.只输出序列

seqkit seq test.fa -s -w 0 > test_seq.fa

11.将只输出的序列的，指定每行输出的碱基数

seqkit seq test_seq.fa -s -w 40 > test_seq40.fa

注意10,11的微妙之处

11,12也可以一步完成：<