fasta序列操作神器——seqkit

最新推荐文章于 2024-02-21 19:33:38 发布
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seqkit是一款强大的工具，适用于fasta序列的多种操作，包括取反向、互补序列，DNA/RNA序列转换，序列格式互换，序列信息统计，motif定位，文件比较，序列抽样，排序及文件切割等。它支持正则表达式匹配，并能高效处理大型序列文件。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

一、序列操作：

1.取反向序列

seqkit seq test.fa -r > test_re.fa

2.取互补序列

seq test.fa -p > test_com.fa

3.取反向互补序列

seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa

4.DNA序列转换为RNA序列

seqkit seq test.fa --nda2rna > test_rna.fa

5.RNA序列转换为DNA序列

seqkit seq test.fa rna2dna > test_dna.fa

6.将序列以小写字母的形式输出

seqkit seq test.fa -l > test_lower.fa

7.将序列以大写字母的形式输出

seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa

8.指定每行序列的输出长度(为0的话，代表为一整行，默认的输出 长度是60个碱基)

seqkit seq test.fa -w 10 > test_10.fa (指定序列的长度为10)

9.将多行序列转换为一行序列

seqkit seq test.fa -w 0 > test_w.fa

10.只输出序列

seqkit seq test.fa -s -w 0 > test_seq.fa

11.将只输出的序列的，指定每行输出的碱基数

seqkit seq test_seq.fa -s -w 40 > test_seq40.fa

注意10,11的微妙之处

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