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RSS订阅原创 天津大学合成生物技术全国重点实验室-随笔09
合成生物技术全国重点实验室坚持“四个面向”，以“合成生命、设计生命”为使命，致力于基因组设计合成、人工细胞设计构建、DNA数字信息存储关键原理与方法的原创性、引领性突破，创新基因组设计与构建的基础理论和核心技术，实现人工细胞设计构建的智能化自动化，建立合成生物技术体系。不断提升合成生物和生物制造原始创新能力，突破工业菌株、工业酶和仪器试剂“卡脖子”瓶颈，打造合成生物原创引领、卓越人才培养、概念验证、中试熟化和成果转化高地，建成我国核心战略科技力量。
2025-04-03 19:54:01
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原创 菠萝基因组-文献精读124
菠萝是全球第三大重要的热带水果，共有五个品种。目前，不同菠萝品种的基因组已被发布，然而，它们均不完整，存在大量基因组空缺，并且仅涵盖五个品种中的两个。这极大地阻碍了菠萝育种工作的进展。在本研究中，我们对三个菠萝品种的基因组进行了测序，包括一个野生菠萝品种、一个纤维菠萝品种和一个全球广泛种植的食用菠萝品种。我们构建了首个无缺口的菠萝参考基因组（Ref）。通过整合多种证据来源，并对每个基因结构注释进行人工修订，我们鉴定出了。
2025-04-03 16:29:41
776
原创 药用植物次生代谢的多层调控-文献精读123
药用植物是次生代谢产物（SMs）的巨大储库，这些物质具有重要的医药和工业潜力。然而，由于药用植物中次生代谢产物的积累量较低，获取这些化合物仍然是一项挑战。此外，这些次生代谢产物的合成涉及多个空间、时间及环境调控步骤，形成高度协调的代谢途径。第一层调控涉及一个由转录因子组成的复杂网络；而近年来发现的第二层更复杂的调控机制是表观遗传修饰，包括DNA甲基化、组蛋白修饰和基于小RNA的机制，这些因素可以共同或分别通过调控基因表达来影响次生代谢产物的合成。
2025-03-29 20:55:54
1300
原创 石斛基因组-文献精读122
石斛（Dendrobium moniliforme，D. moniliforme）是广泛种植于亚洲的传统药用植物。黄酮类化合物是植物中最大的次级代谢物之一，是石斛属植物的重要药用成分。几种R2R3-MYB蛋白亚群已被验证直接调控黄酮类生物合成。通过PacBio测序技术，我们组装了一个高质量的染色体水平D. moniliforme基因组，总长度为1.20 Gb，contig N50为3.97 Mb。基因组注释的BUSCO评估为91.4%。
2025-03-25 20:08:08
1042
原创 植物来源药用天然产物的合成生物学研究进展-文献精读121
合成生物学的发展实现了利用微生物生产有价值的天然产物，也有效地克服了植物次级代谢产物大规模生产的障碍。最近几十年，利用基因工程改造微生物使其生产植物来源药用天然产物取得了巨大进步，这些进步主要是通过目标化合物生物合成途径的解析及其微生物细胞工厂的建立而实现的[102随着先进的生物信息学工具、DNA测序、蛋白质工程、代谢途径优化和尖端发酵技术的开发，药用天然产物的工业化生产技术快速发展[103。
2025-03-21 20:17:38
997
原创 来源于延胡索的的亚甲二氧桥CYP450-文献精读120
苯基异喹啉生物碱（Benzylisoquinoline Alkaloids，BIAs）是一类具有临床应用价值的次生代谢产物。(S)-Stylopine 是一种特殊的 BIA，其分子中含有亚甲二氧桥结构。CYP719A 酶可催化原小檗碱类生物碱 A 环或 D 环上的亚甲二氧桥形成，并表现出显著的底物区域特异性。为了探究 CYP719A 的底物偏好性，我们从延胡索 (
2025-03-21 19:20:00
788
原创 来源于胡椒的亚甲二氧桥CYP450-文献精读119
胡椒 () 是世界上最受欢迎的香料之一。其主要辛辣成分胡椒碱 (piperine) 早在 200 年前就已被鉴定，但其在胡椒中的生物合成过程仍然 largely unknown。在本研究中，我们通过 RNA 测序、酵母中的功能性表达以及基于 LC-MS 的底物和产物分析，研究了胡椒碱芳香部分的特征性亚甲二氧桥形成。我们鉴定出一种特异性在胡椒未成熟果实中表达的细胞色素 P450 (CYP) 转录本，并在酵母 () 中对其对应基因进行了功能性表达，测试了其对一系列芳香香草素结构前体的底物特异性。
2025-03-21 17:13:27
1185
原创 酵母生产木脂素-文献精读118
在酵母中重构木脂素等复杂天然产物的生物合成具有挑战性，可能导致代谢多效性（metabolic promiscuity），从而影响生物合成效率。在本研究中，我们通过合成酵母共生体系（synthetic yeast consortium）对木脂素的生物合成途径进行功能分工，并利用阿魏酸（ferulic acid）作为代谢桥接物。该协作体系成功克服了代谢多效性，并合成了木脂素的常见前体松柏醇此外，通过系统工程策略的结合，我们实现了关键木脂素骨架紫杉松素（pinoresinol）和落叶松树脂醇。
2025-03-21 15:14:55
713
原创 酵母生产二氢槲皮素-文献精读117
背景二氢槲皮素（DHQ）是一种强效的生物类黄酮，具有多种有益健康的特性，并在多种疾病的治疗中展现出潜力。二氢槲皮素的生物合成为满足其日益增长的需求提供了一种有前景的解决方案。然而，由于大量积累了橙皮苷（ERI）、柚皮素（NAR）、二氢山柰酚（DHK）及其他代谢产物，DHQ的生物合成产率较低，因此，这成为了DHQ生物合成的主要障碍。研究结果在本研究中，我们提出了几种策略以提高目标产物的生成并减少代谢物的积累。我们在酿酒酵母（S. cerevisiae）*中共表达了来自不同物种的*
2025-03-17 21:07:37
1097
原创 来源于雷公藤的CYP450的C-H氧化酶-文献精读116
C20位氧化的ent-喹烷型二萜因其独特的结构和多样的生物活性长期以来备受关注。在ent-喹烷骨架上惰性甲基（20位）进行直接羟基化的策略，将极大简化其合成过程；然而，由于其结构复杂，当前的化学合成方法仍面临挑战。此外，酶促合成策略亦受限于专一性C20氧化酶的稀缺。
2025-03-15 22:10:28
1239
原创 N-甲基转移酶晶体-文献精读115
在天然产物生物合成中，涉及吲哚甲基化的N-甲基转移酶鲜有被发现。本研究聚焦于CyaF酶，该酶在生物合成过程中催化β-咔啉骨架上吲哚的关键N-甲基化步骤。从重组菌株中分离出了七种β-咔啉类似物（3–9），其中包括三种新化合物（5–7）。体外实验显示，CyaF 具有较强的底物适应性。通过解析CyaF/S-腺苷-L-高半胱氨酸（SAH）复合物的晶体结构，结合AlphaFold 预测模型及定点突变实验，揭示了CyaF 的催化机制和结构特征，阐明了其对多种底物的适应能力，并突出了其在生物催化领域的应用潜力。
2025-03-10 00:44:03
1574
原创 PartitionFinder2 安装与使用-bioinfomatics tools 051
PartitionFinder2 是目前针对大中型数据集（核苷酸、氨基酸、形态数据）最理想的分区检测和进化模型选择工具。其推演的最优进化模型结果与 jModelTest2（核苷酸）和 ProTest3（氨基酸）的结果较为接近。注意：安装的是tables而不是pytables。PartitionFinder2 的核心配置文件需严格按照格式编写。
2025-03-02 20:03:19
834
原创 Xshell及Xftp v8.0安装与使用-生信工具050
XShell 是一款强大的 Windows 终端模拟器，主要用于远程管理 Linux、Unix 服务器。它支持 SSH、Telnet、Rlogin 及 SFTP 协议，提供强大的命令行功能，让用户能够高效、安全地管理远程服务器。相比 Windows 自带的 CMD 或 PowerShell，XShell 提供了更友好的界面、多标签管理、脚本支持等特性，适合运维工程师、开发者等需要频繁连接远程服务器的用户。
2025-03-02 19:42:48
1234
原创 如何下载功能基因的隐马尔可夫文件-Pfam及InterProscan-生信工具48
选项生成结构域比对表。每个结构域占一行，可能一个序列中会有多个结构域。结构域比对表有 22 个空格分隔的字段，后面跟着一个自由文本描述目标序列的字段。为了理解如何筛选，首先查看文件说明。以下是结构域格式输出的说明。一般来说，输出结果都输候选基因，处于blast比对40%的相似度，建议全部使用。在interprosacn下载候选基因的隐马模型，比如检索糖基转移酶。如何使用hmmer注释候选基因，当然blast也可~在蛋白质搜索程序中，
2025-03-02 16:13:16
959
原创 合成生物学视角下的基因功能探索与酵母工程菌株文库构建-文献精读114
Gene function exploration and engineering strain library construction from a synthetic biology perspective合成生物学视角下的基因功能探索与酵母工程菌株文库构建 合成生物学作为一门通过设计、构建和改造生物系统来实现其特定功能的学科，被广泛应用于生物制造、环境保护和药物合成等领域。基因功能的系统性探索和工程菌株文库的构建是推动合成生物学发展的重要手段。本研究重点介绍了不同酵母文库在合成生物学中的构建方法及其
2025-03-02 14:27:06
1348
原创 libGL.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory-linux022
这个错误信息表示XXXX 在启动时遇到问题，缺少libGL.so.1文件。libGL.so.1是与图形库相关的共享库，通常用于渲染图形界面。这个问题可能是因为缺少 OpenGL 库或图形驱动支持。
2025-02-26 20:53:25
784
原创 error while loading shared libraries: libgfortran.so.4: cannot open shared object file: -linux021
这个错误表示在启动时无法找到共享库，这是一个运行时库，通常是因为该库未安装或者系统找不到它。
2025-02-26 10:45:25
221
原创 vcftools v0.1.16 生信工具47
VCFtools 是一套用于处理 VCF 文件（如 1000 基因组计划生成的文件）的工具，主要用 Perl 和 C++ 编写。
2025-02-24 21:20:08
972
原创 兰州百合基因组（36.68 Gb）-文献精读113
为了组装这一超大基因组，我们生成了 3.32 Tb 的 Illumina 短读长数据和 2.25 Tb 的 Nanopore 长读长数据，并采用适用于巨型基因组的优化 NextDenovo 流程，构建了初步的非冗余 contig 级组装，得到 36.68 Gb 的基因组序列（13,068 个 contigs，N50 = 7.72 Mb）。此外，尽管洋葱和大蒜等天门冬目植物经历了两次额外的 WGD，但其基因组大小仍不足百合基因组的一半，说明百合在 TE 插入和 WGD 事件后，基因组得到了更好的保留。
2025-02-22 21:29:04
1241
原创 kill -9 结束某个用户所有进程的方式-linux020
kill -9是一种强制终止进程的方法，适用于其他信号无法终止的进程。四种方法中，pkill和killall适用于简单的一步操作，快速有效。而ps和pgrep方法则更为灵活，可以进行更多定制化的控制。在实际使用时，请谨慎使用kill -9，因为它会强制中断进程，可能导致数据丢失或其他副作用。
2025-02-20 22:34:56
542
原创 [E::bgzf_uncompress] Inflate operation failed: 1[E::bgzf_read] Read block operat-linux19
使用校验和工具验证文件传输完整性。在SFTP中确保二进制模式，避免ASCII转换。使用rsync进行断点续传，确保网络稳定。检查文件权限，并使用正确的传输工具和解压工具。如果文件传输没有问题，您可以尝试重新传输或使用其他工具来确认目标文件的完整性和可解析性。更换xftp好一点~
2025-02-19 23:12:47
790
原创 vcf2phylip v2.8-生信工具46
该脚本适用于Python 3，输入为VCF文件，使用SNP基因型生成矩阵以供系统发育分析，支持PHYLIP（松散版）、FASTA、NEXUS或二进制NEXUS格式。对于杂合SNP，脚本会生成共识并将IUPAC核苷酸模糊代码写入最终矩阵。支持任何倍性水平，并会自动检测。该代码经过优化，能够处理大规模的VCF矩阵（数百个样本和数百万个基因型），例如，在我们的测试中，它能够在约27分钟内处理一个20GB的VCF文件（大约300万个SNP × 650个个体）。
2025-02-18 20:56:35
744
原创 可可泛基因组-文献精读112
基因组结构变异（SVs）在适应和物种形成中可能起到重要作用。然而，SVs的整体适应性效应尚不清楚，部分原因是准确的种群级别SVs鉴定需要多个高质量的基因组组装。本文中，我们利用31个染色体尺度的、解决了单倍型的可可树（Theobroma cacao）基因组组装——一种异交的长寿命树种，是巧克力的来源——研究SVs在自然种群中的适应性后果。在这31个样本中，我们发现了超过160,000个SVs，它们覆盖的基因组区域是单核苷酸多态性和短插入缺失（SNPs和短indels）的8倍（分别为125Mb和15Mb）。
2025-02-14 23:47:23
1177
原创 fork: retry: No child processes-linux18
根据错误信息和，这通常是因为系统资源不足（例如可用的进程数、内存或 CPU 限制）导致的。
2025-02-14 23:10:56
433
原创 win下载安装Autodock Vina和mgltools-生信工具45
一路next即可，配合autodock使用！Autodock Vina下载。一路next即可安装。
2025-02-13 15:57:53
266
原创 Win安装anaconda-生信工具44
HOMEPATH%改为D:\anacondaworking。打开 Anaconda Promt，即可验证是否安装成功。官网安装需要注册申请账号，在这里。即可成功切换，不用担心爆内存了。一路next，选择同意。win本地搜索环境变量。成功安装，并实现调用！finish完成安装。
2025-02-13 11:17:56
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原创 艾蒿染色体水平基因组-文献精读111
艾（Artemisia argyi Lévl. et Vant.），一种具有浓烈香气的多年生艾蒿类植物，在中国及许多亚洲国家的传统医学中广泛应用。在这项研究中，我们呈现了艾的染色体尺度基因组组装，组装大小为3.89 Gb，包含17条假染色体。系统发育和比较基因组分析表明，艾在与青蒿（Artemisia annua）分化后经历了一次近期的谱系特异性全基因组重复（WGD）事件，导致形成了两个亚基因组。我们解码了艾的二倍体祖先基因组，并观察到无偏的亚基因组进化。近期的WGD导致艾基因组中大量基因重复。
2025-02-09 22:16:10
828
原创 Vinorine合成酶的晶体结构-文献精读110
Vinorine合成酶是一种酰基转移酶，在植物Rauvolfia中抗心律失常单萜吲哚生物碱ajmaline的生物合成中占据中心地位。Vinorine合成酶属于苯甲醇酰基转移酶、花青素-O-羟基肉桂酸酰基转移酶、苯甲酰基/肉桂酸酰基-氨基苯甲酸转移酶、去乙酰维多林酰基转移酶（BAHD）酶超级家族，其成员参与多种重要药物的生物合成，例如吗啡、紫杉醇以及抗癌药物长春新碱和长春碱的前体维多林。Vinorine合成酶的X射线结构解析分辨率为2.6 Å。
2025-02-08 14:30:55
1036
原创 线程对输出数据压缩的影响-随笔08
这类工具在压缩过程中容易出现错误，尤其是在多进程并发执行时，可能会因为线程或进程竞争导致压缩错误，从而引发后续解压缩时的错误。在 Linux 环境下，当系统资源被多个进程争用时，也可能出现类似的错误。这种情况下，尤其是在加塞大量进程时，系统会受到进程调度、内存和 I/O 限制的影响，导致各种报错，甚至有时 Linux 自身也会抛出相关的资源限制错误。当多个线程同时访问共享资源（如内存、文件等）时，如果没有适当的同步机制，就会导致线程间的冲突，从而产生错误，比如你提到的“mismatch”错误。
2025-02-07 19:54:19
161
原创 Skewer v0.2.2安装与使用-生信工具43
Skewer（来自于）实现了一种基于位掩码的 k-差异匹配算法，专门用于接头修剪，特别设计用于处理下一代测序（NGS）双端序列。fastp安装及使用-fastp v0.23.4（bioinfomatics tools-002）-优快云博客特性检测并去除接头序列支持模式匹配中的插入和删除适用于单端、双端（PE）和长配对（LMP）读取对带条形码的测序结果进行去重支持多线程基于 Phred 质量分数进行修剪支持条形码和接头中的 IUPAC 字符支持压缩输入和输出。
2025-02-02 23:57:05
505
原创 灵芝黄金基因组注释-文献精读109
普遍认为，真核生物的核基因位于染色体上独立分布，并以单顺反子方式表达。然而，越来越多的证据表明基因结构和转录活动的复杂性超出了这一简单模型。灵芝（Ganoderma lingzhi）是一种具有代表性的药用真菌，但目前缺乏高质量的基因组注释，限制了其遗传学研究的开展。
2025-01-31 22:50:28
1221
原创 苯乙醇苷类化合物的从头生物合成-文献精读108
松果菊苷（ECH）是最具代表性的苯乙醇苷类化合物（PhGs）之一，具有显著的神经保护作用，是众多商业药物中的有效成分。在本研究中，我们阐明了药用植物管花肉苁蓉中松果菊苷的完整生物合成途径。总共克隆并功能性鉴定了14个相关基因。我们发现了两条从L-酪氨酸合成酪醇的上游途径：一种途径包括分开的脱羧、去氨和还原步骤；另一条途径则采用类似微生物的转氨、脱羧和还原步骤。
2025-01-31 21:56:01
1211
原创 cannot find -ldeflate: No such file or directorycollect2: error: ld returned 1 exit status-linux017
那么问题很可能与链接器没有找到库文件的位置有关。即使库已安装，链接器可能没有正确配置搜索路径。在 Ubuntu 或 Debian 系统上，你可以使用以下命令安装。找不到库的问题，可能是因为库的路径没有正确设置。你可以尝试手动指定库路径。如果问题依然存在，可以尝试在安装后重新启动系统或会话。： 如果你安装了这些库，但它们不在标准路径中，你可以通过设置。库文件存在，但是链接器使用的名称不匹配。即使库安装了，链接器也需要知道在哪里查找它。例如，如果你找到了库在。： 如果你已经安装了相应的库，但仍然遇到。
2025-01-31 17:06:27
746
原创 cannot find -lisal: No such file or directory error: ld returned 1 exit status-linux016
是英特尔的一组数学库，通常用于加速一些数学计算任务。你需要安装这个库，具体安装方法取决于你所使用的操作系统。: 如果你已经安装了这些库，但链接器仍然无法找到它们，可能是库的路径没有正确指定。库，这两个库是你在链接过程中指定的库。错误信息明确指出找不到这些库，导致链接失败。如果你使用的是其他 Linux 发行版或操作系统，查阅其文档，了解如何安装。: 有时，错误可能是由于没有安装完整的开发包导致的。是一个压缩库，通常用于处理 gzip 压缩格式。也可以在其他操作系统中安装适当的压缩库。
2025-01-31 16:53:26
420
原创 rsync安装与使用-linux015
使用rsync可以非常高效地将文件或目录从一个服务器传输到另一个服务器。rsync完全不提供任何保证。这是自由软件，您可以在某些条件下重新分发它。详情请参见 GNU 通用公共许可证。rsync是一个文件传输程序，能够通过快速的差异化算法高效地进行远程更新。
2025-01-30 23:09:33
1153
原创 APT (Advanced Package Tool) 安装与使用-linux014
APT 使得软件包管理更加高效，通过自动化的方式处理依赖关系，确保软件包能够正确安装和升级。APT 不仅是一个单独的工具，它包括多个不同的命令和工具，这些命令和工具共同工作以简化包管理。APT 是一个非常强大的工具，支持对已安装的软件包进行自动升级。通过熟悉和使用 APT，你可以更加高效地管理 Linux 系统上的软件包，提升系统管理的便利性。这不仅会升级已安装的软件包，还会处理新的依赖关系，移除不再需要的包，甚至升级整个发行版。文件），下载适当的软件包，并自动解决软件包之间的依赖问题。
2025-01-30 09:52:42
1555
原创 小麦重测序-文献精读107
中国和美国现代育种过程中小麦不同种质的全基因组测序揭示遗传变化大豆重测序-文献精读53_gmsw17-优快云博客大豆重测序二（同一领域互竞）-文献精读58_high-quality genome of a modern soybean cultivar a-优快云博客重测序通用代码-生物信息学pipeline3_xshell重测序代码-优快云博客育种显著改变了小麦（Triticum aestivum）的植物形态结构，促使高产品种的出现，适应了现代农业系统。然而，小麦育种如何塑造这一作物的基因组结构仍然
2025-01-29 00:04:30
430
原创 穿心莲内酯（andrographolide）生物合成CYP72-文献精读106
研究了这些CYP450基因在MeJA诱导后的表达趋势（图S7），发现TR81244的表达在24小时诱导后显著上调，然后下调，这与MVA途径基因和GGPPS的表达模式相似（图1c）。由于其药用特性，穿心莲内酯的生物合成受到了广泛的研究，基因组数据和萜烯合酶的功能也已被报道（Sun等，2019）。正如预期，GPP合酶（GPPS）、FPP合酶（FPPS）和GGDP合酶（GGPPS）的表达显著增加，并保持在相对较高的水平，ApCPS2的表达显著提高，比对照样本高出约30倍（图1c）。
2025-01-28 23:39:29
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