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原创基孔肯雅病毒(Chikungunya virus)全基因组测序分析方法

基孔肯雅病毒(Chikungunya virus)由受感染的蚊子传播给人类，会引发基孔肯雅热。大规模暴发和零星病例主要在美洲、亚洲和非洲报告，偶尔在欧洲暴发规模较小的疫情。基孔肯雅热会导致发烧和严重关节痛，通常会使人虚弱，有可能会持续时间较长；其他症状包括关节肿胀、肌肉疼痛、头痛、恶心、疲劳和皮疹。基孔肯雅热的症状与登革热和寨卡病毒相似，这使得基孔肯雅热很容易误诊，也使各国更难准确确定感染人数。本文将基于基孔肯雅病毒的全基因组测序，以NCBI中的二代测序数据为例，介绍此病毒的分析、鉴别方法。

2025-08-01 11:13:17 1746

原创 Samtools对比对结果的处理

常用序列比对软件的区别和选择(获取sam文件)-优快云博客上一篇我们介绍了如何通过比对获取sam文件，接下来我们会介绍如何对sam文件进行后续处理。

2025-07-22 10:49:59 1425

原创常用序列比对软件的区别和选择(获取sam文件)

目前常用的用于高通量测序下机数据比对到参考基因组，最终的到sam文件的比对软件有以下几种，分别为BWA，Bowtie2，STAR，HISAT2，Minimap2。这些软件分别对应不同的使用场景，比如在比对二代/三代测序数据，DNA/RNA序列都有各自的优势。

2025-07-14 14:41:38 1406

原创进化树解读

进化树（也称为系统发育树）是表示物种之间或基因之间进化关系的树状图。在生物信息学中，进化树通常基于分子数据（如DNA序列、蛋白质序列）构建，用于推断序列之间的亲缘、进化关系。

2025-07-11 10:37:29 2949 1

原创 NCBI数据下载方法

大家在日常科研工作经常会需要通过查阅文献来获取我们需要的数据资源，下面我会通过一篇文章给大家介绍如何下载文章中的数据文件。

2025-07-01 09:47:30 2017

原创 SeqKit的安装与使用

SeqKit是个功能非常全面的序列处理软件，它提供了 40+ 个功能模块，用于处理FASTA\FASTQ文件。软件可在Linux/Windows/Mac平台使用，目前软件版本仍在持续更新中。

2025-06-24 14:21:40 2624

原创 Linux系统简介及Conda安装

Linux是一个自由开源的操作系统，具有非常全面的命令行支持。大多数的生信分析软件在linux系统上开发，无法在Windows系统上运行。所以尽管我们日常使用的Windows更符合我们的操作习惯，也有一些生信软件可以使用，但为了更加自由、全面的进行我们的分析任务，我们还是需要尽可能选择Linux的分析环境。Conda 是一个开源的包管理系统和环境管理系统，专门为科学计算和数据科学领域设计。它不仅能管理 Python 包，还能管理任何语言的软件包及其依赖关系。

2025-06-16 14:46:20 988

原创 FastQC的使用以及MultiQC整合

它提供了一组模块化的分析，您可以使用这些分析来快速了解您的数据是否存在问题。这些日志将被解析，并生成一个 HTML 报告，汇总找到的所有日志的统计数据。*_fastqc.zip 结果压缩包，可以在其中找到txt格式存放的qc数据，和png/svg质控图片。MultiQC 是一种工具，用于创建带有交互式图表的单一报告，用于对多个样品进行整合查看。multiqc_data 结果数据文件夹，可以在其中找到txt格式存放的整合统计数据。-t 使用的线程数，根据系统可用线程适当设置，增加数字可提高运行速度。

2025-06-12 09:47:14 827

原创 FASTQ与FASTA格式简介

fastq文件为.fastq、.fq为文件后缀的测序仪下机数据文件，其中包含测得的序列结果和序列质量分数。日常所见的fastq文件可能出于节约空间考虑，为.fastq.gz、.fq.gz的压缩格式存放。每个字符的ASCII值减去33，对应第二行碱基的序列质量。FASTA是一种非常简单的序列存储格式，一般以.fasta、.fa为后缀。此公式可以说明质量值越大，测序错误率（e）越低，准确度越高。

2025-06-09 09:39:00 700 1

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