中山大学南方一号集群系统安装和使用Samtools

作者：龙炎

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时间：2016/08/11

 

安装说明

第一步，下载samtools-1.3.1.tar.bz2

$wgethttps://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.3.1/

第二步，解压

$tar –jxvf samtools-1.3.1.tar.bz2

第三步，进入解压后的文件夹

$cd samtools-1.3.1

$make

第四步，添加环境变量

$vi ~/.bashrc

加上（/parastor/users/lnszyd/longyan/visualization/samtools-1.3.1为解压文件的路径）

exportPATH="$PATH:/parastor/users/lnszyd/longyan/visualization/samtools-1.3.1"

使文件立即生效

$source ~/.bashrc

 

使用说明

第一步，view查看bam格式文件和SAM/BAM相互转换

$samtools view -bS L6_k29.sam> L6_k29.bam

-b表示输出文件是bam, 即L6_k29.bam

-S表示输入文件是sam, 即L6_k29.sam

 

第二步，sort对bam文件进行排序，默认按染色体名称和位置大小顺序

$samtools sort -oL6_k29.sorted.bam L6_k29.sorted.bam

-o表示输出的文件，即L6_k29.sorted.bam

输入文件为L6_k29.bam

 

第三步，对已经sort的.bam文件进行建库，生成.bai文件

$samtoolsindex L6_k29.sorted.bam