conda安装samtools 报错

最新推荐文章于 2024-03-11 15:36:22 发布

原创

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#samtools #conda

本文讲述了samtools遇到libtinfow.so.5缺失错误，通过检查依赖并发现由于conda不同channel间的openssl版本冲突。提供了解决方案，包括软链接和调整conda配置，确保正确链接openssl 1.0.x版本以运行samtools 1.9。

参考文档：
link1写的很棒
link2

error：

samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

通过ldd查看samtools依赖了哪些工具。

$ ldd `which samtools`
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffdd0950000)
        libz.so.1 => /home/hjb_usr04/anaconda3/bin/../lib/libz.so.1 (0x00007f0885979000)
        libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f0885477000)
        libbz2.so.1.0 => /home/hjb_usr04/anaconda3/bin/../lib/libbz2.so.1.0 (0x00007f088595f000)
        liblzma.so.5 => /home/hjb_usr04/anaconda3/bin/../lib/liblzma.so.5 (0x00007f0885936000)
        libcurl.so.4 => /home/hjb_usr04/anaconda3/bin/../lib/libcurl.so.4 (0x00007f08858ac000)
        libcrypto.so.1.0.0 => not found
        libpthread.so.