生信学习笔记：用conda安装bwa、samtools和tophat2以及问题解决

最新推荐文章于 2025-10-26 11:03:28 发布

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#python #生物信息学

用conda安装bwa、samtools和tophat2

bwa
$ conda install bwa
samtools
$ conda install samtools
tophat2
- 安装
  wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz
- 解压
  tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz
- 加入环境变量path
  export PATH=/home/ZQK/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/:$PATH
- 测试

在这里插入图片描述

这里发现会报错，是因为当前解释器的环境不是python2，那么如何解决这个问题呢，因为我自己用的是Ubuntu 20.04版本，内置是的python3，所以这里我选择用conda（我这里用的是miniconda3）配置一个python2的环境来安装tophat2

解决tophat2安装出现报错问题的步骤：

首先cd到目录下启动conda
cd miniconda3/bin . ./activate
我本身默认的co

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16 条评论

xjy7Ring 2024.03.01
为什么我的conda不能直接安装bwa啊说是没有找到bwa是什么原因啊
- Bio大恐龙回复xjy7Ring 2024.03.04
  可以试试北师大的
- xjy7Ring回复Bio大恐龙 2024.03.03
  可以分析下你的镜像源吗？我安装了清华源可是还是报错不能下载
- Bio大恐龙回复xjy7Ring 2024.03.03
  > conda install -c bioconda bwa The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- bwa-0.7.17 | hed695b0_7 523 KB bioconda ------------------------------------------------------------ Total: 523 KB 我觉得你可以去调试你的 current channel；添加一些国内源，北师大、清华等试试
- xjy7Ring回复Bio大恐龙 2024.03.02
  你好，我输入命令conda install -c bioconda bwa 出来的是这样的报错，后面还有好多类似的是啥原因啊Collecting package metadata (current_repodata.json): \ ERROR conda.auxlib.logz:stringify(171): Expecting value: line 1 column 1 (char 0) Traceback (most recent call last): File "/root/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/requests/models.py", line 971, in json return complexjson.loads(self.text, **kwargs)
- Bio大恐龙回复xjy7Ring 2024.03.01
  你好，你这个就是源的问题；"Current channels:"是指R从那个源下载。可以在下载命令后面加"-c bioconda"试试
- xjy7Ring回复Bio大恐龙 2024.03.01
  Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve. PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: - bwa Current channels: - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64 - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64 - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch To search for alternate channels that may provide the conda package you're looking for, navigate to https://anaconda.org and use the search bar at the top of the page.
- Bio大恐龙回复xjy7Ring 2024.03.01
  你可以把你的报错代码发过来看看~，可能是源的问题

L.XD 2023.08.29
你好，请问这是Linux嘛，我用windows的conda能操作吗

Bio大恐龙 2022.06.22
conda直接安装samtools是低于1.9版本的。更新或者直接安装高版本会显示当前通道不能使用，请问怎么解决啊
- xjy7Ring回复Bio大恐龙 2024.03.01
  Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve. PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: - bwa Current channels: - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64 - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64 - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch To search for alternate channels that may provide the conda package you're looking for, navigate to https://anaconda.org and use the search bar at the top of the page.
- xjy7Ring回复Bio大恐龙 2024.03.01
  为什么我的conda不能直接安装bwa啊，说是没有找到bwa是什么原因啊，是不是要更改渠道啊
- xjy7Ring回复Bio大恐龙 2024.03.01
  为什么我的conda不能直接安装bwa啊，说是没有找到bwa是什么原因啊，是不是要更改渠道呀
- 嘟嘟学学又是一年回复嘟嘟学学又是一年 2022.11.25
  博主我想问一下HiCorr是个软件需要下载的吗
- Bio大恐龙回复嘟嘟学学又是一年 2022.11.24
  加上你需要安装的版本号
- 嘟嘟学学又是一年回复Bio大恐龙 2022.11.24
  解决了吗怎么弄啊