中山大学南方一号集群系统安装和使用NextGenMap

作者：龙炎

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时间：2016/08/11

 

安装环境：GCC –v 4.4.6

安装说明

第一步，下载NextGenMap-0.5.0.tar.gz

$wget https://github.com/Cibiv/NextGenMap/archive/0.5.0.tar.gz

第二步，解压

$tar –zxvf NextGenMap-0.5.0.tar.gz

第三步，进入解压后的文件夹,建build目录

$cd NextGenMap-0.5.0

$mkdir –p build/

第四步，进入build目录

$cmake –D CMAKE_C_COMPILER=/path_to_gcc4.4.6_gcc/ -DCMAKE_CXX_COMPILER=/path_to_gcc4.4.6_g++/-DCMAKE_EXE_LINKER_FLAGS=’-Wl,-rpath,/path_to_gcc4.4.6_gcc_lib’ ..

 

-D CMAKE_C_COMPILER用于指定cmake时C的编译器版本

-D CMAKE_CXX_COMPILER用于指定cmake时C++的编译器版本

解决了cmake时默认使用的gcc4.1.2编译器版本过低的问题。

-DCMAKE_EXE_LINKER_FLAGS解决了运行NGM时，默认找gcc4.1.2的库而’ GLIBCXX_3.4.9’和’ GLIBCXX_3.4.11’不存在的问题

 

第五步，添加环境变量

$vi ~/.bashrc

加上可执行文件的路径

exportPATH="$PATH:/parastor/users/lnszyd/longyan/NGM/N_test/NextGenMap-0.5.0/bin/ngm-0.5.0"

使文件立即生效

$source ~/.bashrc