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RSS订阅原创 exonerate——基于cds或蛋白的同源基因（结构）预测
主要用于进行基因组序列比对的命令。Exonerate 是一个灵活的基因组序列比对工具，特别适用于将 cDNA 序列比对到基因组序列上，以识别基因结构（外显子和内含子）。安装：linux环境下或虚拟机可以直接conda安装。
2025-03-30 19:46:59
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原创 单倍型、候选基因关联分析
这里的单倍型信息形式可能非常多，要根据具体的数据类型来进行输入信息的处理vcf hapmap等皆可 主要还是要包含材料 位点 染色体 等需要结合分析的信息，这里随便选用一个基因与他的单倍型来进行测试。需要注意的是，因为这是候选基因分析而不是全基因组关联分析，这个阈值主要用于在已知的候选区域内进行信号的相对比较。- 在您的数据中，有几个位点的显著性明显高于这个阈值，特别是接近 -log10(p) = 0.9 的那些位点。- 高于这个阈值的位点（约10%的SNP）可能代表与性状有更强关联的候选区域。
2025-01-12 22:20:00
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原创 win下虚拟机安装选项补充
时，这通常意味着 WSL 尝试安装到非默认磁盘分区上。此错误主要发生在尝试将 WSL 安装至除 C 盘外的位置时。此外，确保操作系统及其组件保持最新同样重要。对于已经存在的 Linux 发行版本，可以通过卸载再重新安装的方式解决问题。三、WslRegisterDistribution 错误 0x80071772 的解决方案。
2025-01-12 19:17:19
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原创 双端fastaq2Vcf（DNA-Seq）
在SNP Calling之前，还是挺重要，避免 PCR Duplicates 对 SNP 检测的影响。上面的SNP filtering然后传入VCF即可。tbtools里可以批量做的就不自己写代码。BCFtools 过滤SNP。20H完成 跑的太慢了。
2024-12-06 01:17:02
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原创 Android \android-sdk\platform-tools\adb.exe start-server‘ failed
找到使用这个端口号的进程ID，去任务管理器中找到这个进程ID对应的进程，将其结束。打开命令窗口 开始-> 运行->cmd, 输入。也无法找到链接上的实体设备。发现通知栏里不停发出报错。最后是端口号被占用。
2024-11-24 02:48:33
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原创 为VCF文件添加注释AF,AC,AN,MAF,NS,PIC,Genetic Diversity
在原始文件基础上先使用bcftools添加注释。这里使用python。
2024-11-19 14:44:34
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原创 Zea maize GO
（davidbioinformatics只支持新版基因组）1.涉及到新旧基因组的转化 B73v4_to_B73v5。选自己需要的 （如这里是三个GO途径）别的里面有Kegg。脚本2（v4.0 2 V5.0）小处理脚本（制作map文件）
2024-11-19 13:37:45
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原创 使用 SSH/SFTP 方法来实现 Windows 和 Kali Linux 之间的文件共享（fileZilla）
使用 SSH/SFTP 方法来实现 Windows 和 Kali Linux 之间的文件共享。
2024-10-10 15:40:32
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原创 用于gwas的blup与遗传力计算
遗传力是一个重要的遗传学参数，用于描述一个性状的表型变异中由遗传因素引起的比例。它反映了一个群体中，某个性状的遗传变异在总变异中所占的比例。通过这种方式，我们可以估计在多环境试验中，遗传因素对表型变异的贡献程度。这个估计考虑了不同环境和重复的影响，使得遗传力的估计更加准确和有代表性。低遗传力则表明环境因素的影响更大，可能需要更精确的表型评估或更大的群体规模来进行有效选择。在这个模型中，我们使用 LOC 随机效应的方差组分来代表环境变异。- 平均每个环境的基因型与环境交互作用变异 (Vge/L)
2024-09-25 10:16:44
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原创 单倍型Haploview分析
ped中的表型数据默认为-9，需要改为0。这个是必须的，否则就报错。筛选关注SNP的位点并处理map文件（只取2、4)两列。1.路径下vcf文件转换——>使用plink。自己筛选出vcf中所关注的连锁区块位点。4.jar包路径下启用jar包。5. 传入处理好的文件，结果1。0.关注SNP的筛选。
2024-09-24 15:26:14
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原创 群体结构PCA分析+LD分析
要使用的生成文件plink_pca.eigenval E:\pyProjects\zc\ZC_pca\pca2024_9_6\plink_pca.eigenvec。1.PCA——使用plink（linux）如果需要加入参考基因组的绘制。使用plink进行pca分析。4.PCA（标准化）
2024-09-21 13:17:16
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原创 Pi+Fst群体进化与选择分析
1.文件准备 B1.txt B2.txt（群体的分类文件，后续的分析结果是B2相对于B1的选择结果位点）4. "reference.fai"——（作图需要）6.Fst+Pi联合作图与分析。
2024-09-21 12:40:01
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原创 XP-CLR进行自然选择压力分析
原有环境下conda install xpclr -c bioconda失败。可以尝试使用LD半衰距离或半衰距离的一半。需要再linux系统下运行。关键问题在于参数的调整。
2024-09-21 12:05:06
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原创 linux anaconda + bcftools使用
不指定虚拟机里conda的安装路径到其他盘了 而是直接安装在win11 WSL默认目录下 并安装conda而不是miniconda。2.生成含有包括GT（基因型）、AD（等位基因深度）和DP（读取深度）信息的vcf文件。3.计算每个位点的MAF、遗传多样性和PIC值，然后计算每条染色体和基因组的平均值。主要就是装好了创建不了带python的虚拟环境。各种方法都试了 现在也没找到原因。结果miniconda一直出问题。才知道原来vcf的表头是有用的。修改了一下 添加了这几行。bcftools使用。
2024-08-29 22:56:12
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原创 ubuntu linux虚拟机搭建+PopLDdecay
1.可以直接在Microsoft store中下载ubuntu。当前路径下生成结果文件 LDdecay.stat.gz。设置账号密码 /密码输入的时候是不显示的。miniconda 搭建虚拟环境。5.使用PopLDdecay计算。，如果没有使用过打开是这样的。4.PopLDdecay安装。2.控制面板里打开这三个。terminal运行。
2024-08-23 15:01:14
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原创 Win11 - conda本地部署table-diffusion-webui（1.9.4）
3.进入本地路径 F:\stable-diffusion-webui-1.9.4。1.下载table-diffusion-webui——>解压缩。去除以下两个依赖中torch后安装。4.更改webui.bat。5.网络错误就切梯子。
2024-08-22 01:49:31
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原创 rna-seq分析—py+linux
太久不用了啥都忘了 一步步走..1.重新下载ubuntu就花了好久....2.下好了以后关联python3命令到python3.9.6(习惯）3.下载4.建库5.文件位置/mnt/e/转录组全部原始数据/DZOE2024011942-b1#双端文件比对mapping到参考基因组排序。
2024-03-21 09:22:23
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原创 WIN下配置Annaconda的下载路径
并且生产配置文件C:\Users\用户\.condarc 文件 用于管理。在虚拟环境下使用pip install也会下载包到虚拟环境下。虚拟环境也在annaconda/env内进行存储。在环境内使用pip命令发现下载的路径去了C盘。创建虚拟环境的存储路径也不正确。使用create激活环境之后。使用conda info查看。
2023-04-02 01:29:38
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原创 win安装miniconda
找到用户目录下的.condarc文件（C:\Users\“username”）conda默认的包与虚拟环境设置。之后运行配置文件（带镜像）2.安装后加入到环境变量。conda创建虚拟环境。
2023-03-30 16:54:33
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原创 python 基于opencv实现玉米籽粒计数
有效避免籽粒摆放紧密而导致识别不准确的问题背景采用黑色卡纸（不反光即可）称重后可以进行百粒重计算import timeimport cv2,osimport numpy as npdef myfunc(img): # img = cv2.imread(t_) font = cv2.FONT_HERSHEY_COMPLEX kernel = np.ones((5,5), np.uint8) h,w,c = img.shape im.
2022-05-29 18:45:18
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原创 今天的py文件打包报错
解决问题的时候首先是pip不能用了去设置里依次点击了Modify和repair得到修复使用 pyinstaller -F gg.py 时显示upx不可用 重装了 pyinstaller没用去官网Release UPX 3.96 · upx/upx · GitHub下载了upx并保存在pyinstaller的路径下发现绝对路径打包报错了66 INFO: PyInstaller: 5.166 INFO: Python: 3.9.677 INFO: Platform: Wi
2022-05-26 20:03:43
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原创 opencv 学习 图像形态学处理
import cv2#默认bgrimport matplotlib.pyplot as pltimport numpy as np"""ret,dst = cv2.threshold(src,thresh,maxcal,type)四个参数：src:原始的图像， threshold:实际值-如127，maxcal:255(最大值)，type：处理的功能和方法cv2.THRESH_BINARY——二值法 大于某个阈值取一个值 小于阈值取某一个值cv2.THRESH_BINARY_INV)——.
2022-05-21 12:27:51
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原创 opencv学习 图像基本操作
导入模块和cv_show() 通用功能import cv2#默认bgrimport matplotlib.pyplot as pltimport numpy#plt.show()#test图片way = 'C:\\Users\\ZKY\\Desktop\\images\\'img = cv2.imread(way+'1.jpg')#def cv_show(image): cv2.imshow('',image) cv2.waitKey(0)打开一张图片:
2022-05-19 18:40:01
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原创 生信 使用SRA Toolkit下载SSR数据
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/srasoftware --download 下载了NCBI SRA Toolkit解压后得到2进制的exe工具包快捷键win+R，sysdm.cpl，打开配置path，环境变量，系统变量-path，新建，把存放sratoolkit的路径复制黏贴加上在powershell中cd D:\sratoolkit.3.0.0-win64\bin到路径到工具包路径数据下载1.从ncbi的s
2022-05-08 19:58:29
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