ABySS使用文档

作者：龙炎

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时间：2016/07/25

 

一．ABySS的功能

分别为：  组装paired-end库(paired-endlibrary)，

组装多个库(multiplelibraries)，

             组装长距离的mate-pair库(Long-distance mate-pair libraries)，

Rescaffolding with long sequences。

1.组装paired-end库(paired-end library)

$abyss-pename=ecoli k=64 in='reads1.fa reads2.fa'

参数的说明：

in: 输入文件来读，格式可能为FASTA,FASTQ, qseq, export, SRA, SAM or BAM或者打包为gz, bz2, xz, tar文件

name: 组装的contigs将会储存在文件${name}-contigs.fa中

k:简单来说就是两条序列重叠区段的碱基数，kmer越小，越容易将不同的reads连接起来，但是拼出来的contig就会相对比较碎，kmer越大，容易将测序等引入的错误被认为不匹配，从而人为的摒弃掉了相对较多的数据，这样得到的contig就较少

C:表示运行前换目录

   n:表示一个contig含有的reads的最小个数，推荐设为10

 

2. 组装多个库(multiple libraries):

$abyss-pe k=64name=ecoli lib='pe200 pe500' pe200='pe200_1.fa pe200_2.fa' pe500='pe500_1.fape500_2.fa' se='se1.fa se2.fa'

 组装库中的文件说明：

 pe200库有文件pe200_1.fa和 pe200_2.fa

pe500库有文件pe500_1.fa和 pe500_2.fa

没有mates的reads放在se文件中，single-end的reads有文件se1.fa和se2.fa

 

3. 组装长距离的mate-pair库(Long-distance mate-pair libraries)

长距离的mate-pair 库可用来支架的组装，mate-pair的库的名字用mp表示

$abyss-pe k=64name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fape2_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa'

 

4.Rescaffolding with long sequences

$abyss-pe k=64name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' long=long1 \

pe1='pe1_1.fape1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \

mp1='mp1_1.famp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \

long1=long1.fa

 

二．K的取值影响运行的结果，可以对K优化：

 实例：

使用的数据reads1.fastq和reads2.fastq可由下面命令获取：   

$wget