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原创 学习Python(一）
1 安装python软件1.1 Python环境搭建如果是32位机器，安装python-3.6.3.exe如果是64位机器，安装python-3.6.3-amd64.exe具体步骤略安装结束后，启动cmd命令行在DOS提示符后输入python，如果进入python命令行，则说明python已经安装完成编写简单的hello程序 pr...
2020-02-28 18:26:25
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原创 mers nt bp
mers的概念经常用于序列组装上，是指把一条长的序列（DNA、RNA、reads或别的什么），逐碱基切割成短片段，这个短片段长度是多少就称为几mer。例如，对100bp的reads，按40mer（即40bp）逐碱基切割，一共可以得到100-40+1=51个40mer的片段。nt，即核苷酸（Nucleotide），是从核苷酸的角度描述核酸的一个单位长度；bp，即碱基对（base pair），是从含氮碱基的角度描述一个单位长度。我们知道，核苷酸由一个含氮碱基，一个五碳糖和一个磷酸基团组成；都是指一个碱基字符。
2023-12-14 21:34:01
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原创 第一至十一届茅盾文学奖
王旭烽，《茶人三部曲》（一、二），浙江文艺出版社。王火，《战争和人》（一、二、三），人民文学出版社。麦家，《暗算》，世界知识出版社、人民文学出版社。张洁，《沉重的翅膀》（修订本），人民文学出版社。陈忠实，《白鹿原》（修订本），人民文学出版社。刘斯奋，《白门柳》（一、二），中国青年出版社。姚雪垠，《李自成》（第二卷），中国青年出版社。李国文，《冬天里的春天》，人民文学出版社。徐贵祥，《历史的天空》，人民文学出版社。刘白羽，《第二个太阳》，人民文学出版社。徐则臣，《北上》，北京十月文艺出版社。
2023-12-12 12:35:41
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原创 湖南省第1-19届大学生计算机程序设计（hncpc）
2022年8月4日 第18届湖南省大学生计算机程序设计竞赛将于2022年10月28日-30日在湘潭大学举办。------湘潭大学。2021年12月9日 12月4日-12月5日第十七届湖南省大学生计算机程序设计竞赛在湖南城市学院成功举行-----湖南城市学院。2020年10月17~18日,2020年第十六届"强智杯"湖南省大学生计算机程序设计竞赛在长沙理工大学举行---长沙理工大学。----------湖南信息学。--------湘潭大学。-----湖南商学院。
2023-12-07 10:15:58
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原创 计算神经学
计算神经生物学一般这个专业的研究生、博士，他们的本科更多的是物理、数字信号处理、应用数学、计算机科学过来的。生物信息的存储和处理的研究越来越多了，近几年基因序列相关研究、基因组计划等所带来的巨大信息量的处理给计算机相关发展提供了很好的平台。但是具体来说，计算机这边如果直接去接触基因数据还是会有点难度的，因为对于基因的了解大部分人还是停留在高中生物上。建议是以Computational Neuroscience为关键词搜索下相关大学、研究院，然后看下他们在做啥，这比在知乎上问，有效的多。
2023-12-05 15:20:08
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原创 生物信息学湖南省重点实验室学术委员会第一次会议成功召开2020年8月28日至29日
出席28日下午学术委员会会议的专家有南华大学张灼华校长、清华大学张学工教授、兰州大学胡斌教授、湘潭大学教务处长喻祖国教授、北京大学医学信息学系主任崔庆华教授、中南大学生命与科学学院院长黄菊芳教授、科研部王敏副部长、计算机学院书记陈志刚教授、计算机学院院长王建新教授、计算机学院副院长李敏教授、吉林大学珠海学院计算机学院院长梁艳春教授、四川大学计算机学院副院长章乐教授、湖南科创信息股份有限公司李建华副总经理、WeGene CEO陈钢。该会议包括28日下午的学术委员会会议和29日上午的学术报告会两个阶段。
2023-12-05 14:53:05
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原创 网上学习 Study Online
在发达国家,一种新的学习方式已经开始实施,许多年轻人选择在网上学习。对一些人来说,学校是如此远离家园,走到学校需要很 长的时间。如果他们在线学习,不需要花时间在路上,他们只需要点击按钮,然后知识就会呈现在 眼前。对于一些想学习知识但是没有足够钱的人, 它提供了一种很好的学习方式。Studying online has certain advantages, it helps some people to improve themselves. 在线学习有一定的优势,它可以帮助一些人来提高自己。
2023-12-05 09:46:21
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原创 中国寺庙楹联
中国寺庙楹联 中国的寺庙道观多悬楹联，其中那些幽默风趣蕴含哲理的谐联更是脍炙人口。1.大凡香客步入寺观多毕恭毕敬，顶礼膜拜。但个别寺观的楹联却尽笑人痴。①福州涌泉寺弥勒像侧有联：“手上只一金元，你也求，他也求，未知给谁是好；心中无半点事，朝来拜，夕来拜，究竟为何理由？”②湖南湘乡县一座庙宇的楹联是：“我若真灵，也不致脚手渐渐残、皮肉点点落；汝当顿悟，须知道勤俭-般般有、懒惰件件无。”③四川峨眉山灵官庙司命殿联：“你求名利，他卜吉凶，可怜我全无心肝，怎出得什么主意？殿
2023-12-03 18:07:22
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原创 MSDRP: a deep learning model based on multisource data for predicting drug response
作者提出了一个深度学习框架MSDRP（a deep learning model based on multisource data for predicting drug response），集成多源数据用于药物反应预测。MSDRP使用交互模块捕获药物与细胞系之间的相互作用，并通过相似网络融合算法整合药物与生物实体之间的多种关联和相互作用，在所有实验的所有性能指标中都优于一些最先进的模型。
2023-11-20 10:33:45
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原创 从农村到城市
童年及少年时代求学于邓州市构林镇，青年时代求学于邓州一高，本科求学于湖南学院、硕士求学于湖南大学王闯wangchuang2017： 我在构林镇读完了学前班，小学、初中和高中。从老家县城邓州一高到了地级市娄底读了大学-湖南学院，在长沙读了研究生小学和初中均在构林入学，高中在构林三高入学，大学在湖南娄底入学。2016年6月毕业于中国湖南学院，主修计算机软件工程专业。2020年6月毕业于中国 湖南师范大学 ，主修计算机软件工程。
2023-10-26 19:58:51
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原创 2023年智慧农业与经济发展国际研讨会议（ISSAED 2023）
原文：https://www.scholat.com/vpost.html?pid=215896。本文为该学者原创文章，转载请附上文章链接！信息技术在农业经济管理中的应用及前景。农业机械与装备的智能检测与控制系统。传感器在作物季节变化管理中的应用。农业物联网系统集成与实践技术。农业传感器与无线传感器网络。农业信息的智能处理与决策。食品和乳业农业生物技术。数字农业与农业信息工程。农业大数据分析与应用。农业动植物模型与仿真。农业机器人及其他技术。经济管理中的数据处理。人工智能与互联网经济。
2023-08-31 16:42:21
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原创 xx 大学
南宁职业大学——与南宁市广播电视大学、南宁市教育学院、南宁市建设技工学校、南宁师范学校合并组建南宁职业技术学院。三明职业大学——与三明师范高等专科学校、三明师范学校合并组建三明高等专科学校，后升格为本科三明学院。济南职业大学——与济南师范专科学校合并组建济南联合大学，后与山东材料工业学院合并组建济南大学。共青职业大学——并入江西大学，更名为江西大学共青学院（现南昌大学共青学院，系独立学院）江南大学——升格为本科江南学院，后与无锡轻工大学、无锡教育学院合并组建江南大学。
2023-08-26 17:31:10
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原创 介绍 TensorFlow 的基本概念和使用场景。
2. Graph：TensorFlow的计算过程是通过创建计算图来完成的，计算图由一系列的节点和边组成，每个节点代表一个计算操作，每条边代表数据的流动。1. Tensor：TensorFlow使用Tensor作为数据的基本单位，它类似于Numpy中的数组，但可以在GPU和TPU上加速运算。4. 边缘计算：TensorFlow也可以在边缘设备上使用，例如手机和物联网设备等，以便在离线环境下进行计算。3. Session：Session是TensorFlow的运行环境，它可以在计算图中执行计算。
2023-08-24 17:00:25
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原创 deepin兼容性良好的笔记本型号
搜索...00_wiki01_软件wiki02_硬件wiki00_硬件知识01_设备适配列表03_技术规范04_常见问题FAQ05_HOW-TO06_关于Deepin待分类兼容性良好的笔记本型号页面内容华为 Huawei&荣耀联想 Lenovo & ThinkPad联想系列 LenovoThinkPad 小黑系列戴尔 Dell宏碁 Acer华硕 ASUS麦本本 Maibenben雷神 ThundeRobot文本至远 Wbin酷比魔方 CUBE神舟 HASEE。
2023-08-24 15:13:07
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原创 不用在读长和准确性之间做选择题，PacBio发表新方法
【字体：大中小】时间：2019年08月19日来源：生物通编辑推荐： 研究人员的梦想是拥有既长又准确的测序读数。如今，PacBio研究团队对现有的单分子实时测序（SMRT）技术进行了调整，让人们离这个目标又近了一步。从一开始，研究人员似乎就面临着艰难的选择。一边是Illumina产生的短序列，高度准确但读长很短，另一边则是Pacific Biosciences和Oxford Nanopore产生的长序列，但准确性却无法让人满意。研究人员的梦想是拥有既长又准确的测序读数。...
2023-08-23 08:23:48
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原创 基因表达与性状的关系
基因表达与性状的关系泉心泉意学生物【教材答案】基因表达与性状的关系mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1MTM2NzgxMw==&mid=2247489548&idx=1&sn=a11ff788e706352ea25da0744fc9d77b&chksm=fb933de6cce4b4f0000a081cc8564e6cdaee71b3911c9d59617e0986c8398003115f878aa878&token=18
2023-08-23 08:22:57
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原创 如何看待DNA双螺旋结构被发现的过程？
DNA作为遗传信息的载体储存着生物的遗传密码，今天我们对DNA的双螺旋结构已经了如指掌。但在探索揭示这一结构的过程中有一些令人深思的故事。早在20世纪50年代美国生化学家查盖夫（E.Chargaff）不迷信前人的结果，敢于质疑，并利用层析和紫外吸收光谱法对不同生物DNA的碱基组成进行了精确的定量测定，推翻了前人的四核苷酸假说，从而得出重要的结论，总结出以下规律：DNA的组成成分中，腺嘌呤和胸腺嘧啶的摩尔数相等，即A=T；鸟嘌呤和胞嘧啶的摩尔数相等，即G=C；不同生物种属的DNA碱基组成不同；同一...
2023-08-23 08:22:37
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原创 基因的载体是染色体？
我认为基因的载体是染色体，基因是基因组中携带遗传信息（DNA）的最基本的单位，但是承载着这些基因的位置应该在染色体上。要不怎么描述基因的位置都是以在染色体上的位置来描述呢基因是有遗传效应的DNA片段。DNA＋Pr=染色体首先要提到的就是中心法则通过这张图可以一目了然的知道他们之间的关系，遗传信息基因主要是DNA片段，蛋白质聚集形成核小体，核小体会定位在染色体上。也就是说从基因-DNA-RNA-蛋白质-染色体,是一个从分子水平到细胞水平的过程...
2023-08-23 08:22:32
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原创 核酸----遗传信息的载体
核酸----遗传信息的载体红皇后学术核 酸核酸 (Nucleic acids) 是一类生物大分子化合物，是构成生命的最基本物质之一。核酸存在于所有生命中，包括动植物细胞、细菌、古菌、真核生物线粒体和叶绿体、病毒以及类病毒。核酸是生物的最基本组成物质和生物学研究的基础物质，针对核酸的实验研究是现代生物学和医学的重要部分，同时其也是基因组学、生物工程技术以及制药工业的基础。核酸的基本结构核苷酸是组成核酸的基本单位，即组成核酸分子的单体，核酸由许多核苷酸分子聚合而成。核酸的组
2023-08-23 08:22:26
3239
原创 Deep-DRM a computational method for identifying disease-related metabolites based on graph deep lear
Deep-DRM a computational method for identifying disease-related metabolites based on graph deep learning approaches论文解析（Deep-DRM:一种基于图形深度学习方法的识别疾病相关代谢物的计算方法）由哈尔滨医科大学 发表在《Briefings in Bioinformatics》文章目录摘要 一、Introduction 二、Methods 1.Construction of
2023-08-23 08:22:20
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原创 基因测序是否准确，这篇文章从原理讲清楚了
基因测序是否准确，这篇文章从原理讲清楚了珠诺云生命之珠，一生之诺取消关注作者简介：何苗，生物学博士。珠诺云医疗科技（重庆）有限公司联合创始人，中国医学科学院（北京协和医学院）输血研究所研究员、硕士生导师，协和青年教师联盟理事。基因是一段携带有遗传信息的DNA序列，通过转录和翻译，指导蛋白质的合成来表达个体所携带的遗传信息从而控制生物的性状表达。中心法则（The central dogma）：是指遗传信息从DNA转录（Transcription）成RNA，再从RNA翻译（Tra
2023-08-23 08:22:07
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原创 RNA-seq看表达量高低是看哪个值？
RNA-seq看表达量高低是看哪个值？ 1.Read count(1)数值概念：比对到gene A的reads数。(2)用途：用于换算CPM、RPKM等后续其他指标；作为基因表达差异分析的输入数值。 大部分差异分析软件（如DESeq和edgeR），用原始的可比对的reads count作为输入，并用负二项分布模型估算样本间基因差异表达的概率。 软件自动会对reads count做一些校正。如果你使用一些校正后的指标，例如RPKM作为输入，是不合理的。2.CPM：Counts per
2023-08-23 08:22:00
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原创 通过化学和基因组空间的整合预测药物-靶标相互作用网络
通过化学和基因组空间的整合预测药物-靶标相互作用网络山西义广，道博荒木，亚历克斯·古特里奇（Alex Gutteridge）亘本田，金久实作者须知生物信息学，第24卷，第13期，2008年7月1日，第i232–i240页，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn162发布时间：2008年7月1日PDF格式 拆分视图 引用 权限图标权限 ...
2023-08-23 08:21:49
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原创 生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式
生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据fastq之外，还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下一步分析。插播一个小剧场老板：“先查看一下bam文件内容。”小白：嗒嗒嗒敲键盘。$ less eh...
2023-08-23 08:21:35
808
原创 Numpy笔记(File Input and Output with Arrays)
Numpy笔记(File Input and Output with Arrays)生信start_site已关注32020.06.14 10:44:04字数 242阅读 131NumPy能够以文本或二进制格式保存数据和读取数据。这里只讨论NumPy的内置二进制格式，因为大多数用户都会使用panda和其他工具加载文本或表格数据。np.save和np.load可以有效的存储和加载磁盘上的数组数据。数组默认保存在未压缩的原始二进制文件中，其文件扩展名.npy:In [1]: import.
2023-08-22 09:38:51
59
原创 pandas笔记（Essential Functionality）
pandas笔记（Essential Functionality）生信start_site已关注0.0862020.06.16 10:41:24字数 827阅读 68Reindexing处理pandas对象的一个重要的方法是reindex，就是把索引重新命名。比如：In [1]: import pandas as pdIn [2]: obj = pd.Series([4.5, 7.2, -5.3, 3.6], index=['d', 'b', 'a', 'c'])In [.
2023-08-22 09:38:30
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原创 如何拆分pacbio的数据
如何拆分pacbio的数据原创生信阿拉丁生信阿拉丁5月15日收录于话题#三代专辑7个点击上方关注我们吧随着pacbio测序的通量不断增加，样品的pooling也越来越常用。如何对混合测序的数据进行拆分呢，这是分析的第一步，也是很重要的一步。lima是PacBio官方提供的拆分工具，在SMRT的v5.1.0版本中开始提供。替代之前版本的pbbarcode 和 bam2bam，可以为用户提供更好的使用体验。支持的模式支持每个样品有自...
2023-08-22 09:38:08
1114
原创 三代组装软件简介
三代组装软件简介原创生信阿拉丁生信阿拉丁5月22日收录于话题#基因组组装6个三代组 装软 件 简 介前言之前给大家简单介绍了pacbio和nanopore测序平台的原理及特点（见Pacbio和Nanopore测序技术之拳王争霸），二者各有千秋，都可以用于基因组denovo测序。在得到三代数据之后，要进行基因组denovo组装。基因组组装主要的算法有：01OLC：Overlap-Layout-Consensus算法...
2023-08-22 09:38:02
1040
原创 Java考试内容
setPriority不一定起作用的，在不同的操作系统不同的jvm上，效果也可能不同。现在很多jvm的线程的实现都使用的操作系统线程，设置优先级也是使用的操作系统优先级，java层面有10个优先级别，假设操作系统只有3个优先级别，那么jvm可能将1-4级映射到操作系统的1级，5-7级映射到操作系统的2级，剩下的映射到3级，这样的话，在java层面，将优先级设置为5,6,7，其实本质就是一样的了。另外，操作系统也不能保证设置了优先级的线程就一定会先运行或得到更多的CPU时间。还有，有些linux是
2023-08-22 09:37:42
76
原创 Java命名规范
命名规范[7.5.2版]1．Package包的命名Package由小写的单词组成com.apple.library.包名2．Class类的命名Class的名字由每个单词大写字母开头，其他字母都是小写的单词组成如：public class UserDao3.class变量的命名第一个单词第一个字母小写，其他单词的首字母大写如：userDao4.数组的命名如：byte[]buff5.数据库命名字...
2023-08-22 09:37:33
733
原创 第4章 面向对象编程(上 中 下)
第4章 面向对象编程-上声明 1. 面向过程与面向对象 2. Java基本元素：类和对象 3. 对象的创建和使用 4. 类的成员之一：属性 5. 类的成员之二：方法 6. 再谈方法 6.1 方法的重载 6.2 可变形参的方法 6.3 方法参数的值传递机制 6.4 递归方法 7. OOP特征一：封装与隐藏 8. 类的成员之三：构造器 9. 关键字：this 10.关键字：package、import 课后习题声明本博客的目的是自己对于Java语言基..
2023-08-22 09:37:15
70
原创 Android中Linearlayout布局
MainActivity.xml<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><LinearLayout xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android" xmlns:app="http://schemas.android.com/apk/res-auto" xmlns:tools="http://schemas.android.com/tools" andro
2023-08-22 09:36:04
43
原创 三代测序~~~一个分子一个分子地进行测序
三代测序~~~一个分子一个分子地进行测序，当真N转载2020-07-07 14:26:47标签：三代测序pacificbiosciences技术6、三代测序6.1三代测序就是指单分子测序。对于三代测序，存在多种定义。我们采用其中最简单易懂的那种。此种定义之下的三代测序技术，原本三足鼎立，不幸最早出现的Helicos早早谢幕，后来虽有科学家出大力进行挽救，也没有抢救成功，以致如今剩下Nanopore和PacBio双雄并峙。三代测序的简要历史发展进程如下：2008年，Hel...
2023-08-21 10:08:44
223
原创 一二三代测序 新
转录组测序原理颤抖吧__小虫子已关注22019.05.12 11:08:33字数 4,075阅读 8,372Author：ligcDate：19/5/121. 一代测序(Sanger sequencing)双脱氧链终止法采用DNA复制原理。 Sanger测序反应体系中包括目标DNA片段、脱氧三磷酸核苷酸（dNTP）、双脱氧三磷酸核苷酸（ddNTP）、测序引物及DNA聚合酶等。 测序反应的核心就是其使用的ddNTP：由于缺少3'-OH基团，不具有与另一个dNTP连接形成磷酸二酯键的能力
2023-08-21 10:08:32
1021
原创 转录组有参分析之STAR比对及可变剪切
转录组有参分析之STAR比对及可变剪切颤抖吧__小虫子已关注0.6682020.03.11 21:02:35字数 175阅读 985转录组有参分析之STAR比对及可变剪切STAR比对的特点：速度快 准确度高 3'reads soft clip genomeLoad LoadAndKeep 多个比对共享内存中的基因组索引 减小内存的使用量 直接获得基因的 reads count 和 导入基因组浏览器的 biwWig 文件STAR转录组比对和定量STAR比对基因注.
2023-08-21 10:08:21
1650
原创 (邓爱萍)数组
排序冒泡排序import java.util.Scanner ;public class Test{public static void main(String args[]){Scanner sc = new Scanner(System.in) ; //接受键盘数据实例化对象，int[] a = new int[10];for(int i = 0; i<a.length ; i++) a[i] = sc.nextInt() ;...
2023-08-21 10:08:12
52
原创 (邓爱萍)文件 流
例10-1 从键盘接受 字符的输入import java.io.IOException;public class CharIO { public static void main(String[] args) throws IOException {int i=0;i=System.in.read(); // 只能 从键盘 接受一个 字符System.out.println((char)i); }}例10-2 字符串的 ...
2023-08-21 10:08:00
51
OSI七层模型和TCP/IP五层模型
2023-08-19
斐波那契数列第n项是Fn
2023-08-04
Java虚拟机 JVM
2023-08-04
软件定义物联网的QoS建模及其动态路由研究
2023-08-04
单体型基因组组装算法的研究?
2023-08-01
PacBio长read纠错算法的研究
2023-08-01
程序编译的过程有哪些步骤？
2023-07-25
为什么 CPU 访问寄存器的速度比访问内存的速度快
2023-07-25
大数据大数据4V特征？
2023-07-17
大数据big Data何为大？
2023-07-17
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