生信技能22 - 分析过程实现定时处理，规定代码段执行时间

已于 2023-04-06 13:43:49 修改
阅读量144 收藏
点赞数
CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： 服务器 python 运维
于 2023-04-06 13:42:11 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/LittleComputerRobot/article/details/129987319
本文介绍了如何处理分析过程中遇到的长时间运行未结束的代码段，通过挂载测序仪目录到服务器，并设置定时处理Python代码，确保代码超过规定执行时间后能被强制结束，从而不影响后续流程。

​在分析处理流程中，会遇到一些代码段或命令执行出问题，一致处于未结束的状态，其原因可能使代码执行错误。在这种情况下，我们可以通过以下代码来实现超过规定执行时间的代码，强行结束，继续执行后续的代码。

挂载测序仪目录至服务器

以下代码中192.168.0.200为测序仪电脑IP地址，/analysis/data/MGI/R2100300190006B_mount为服务器挂载目录，mgi和123为测序仪电脑的登录账号和密码

sudo mount -t cifs //192.168.0.200/OutputFq /analysis/data/MGI/R2100300190006B_mount -o username=mg
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
R语言---生信分析---count转换成TPM、FPKM
dujidan的博客
12-14 8261
R语言---生信分析---count转换成TPM、FPKM
R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润
dujidan的博客
12-14 4625
R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润
生信软件35 - AI代码编辑器Cursor
LittleComputerRobot的博客
09-19 2175
AI代码编辑器Cursor
微生信 -- 20万+科研用户信赖的生信分析云平台
微生信
08-04 1766
微生信云平台以270多款在线绘图、分析模块为基础，致力于0代码在线分析数据，0代码在线绘制科研图片。让不会写代码的科研工作者，贴贴数据，点点鼠标就能够进行数据分析和科研绘图，沉浸在数据分析和绘图所带来的便捷和喜悦中，助力发文章，发高分文章，为生命科学的发展添砖加瓦。
生信软件30 - 快速单倍型分析工具merlin
LittleComputerRobot的博客
08-17 1574
Merlin可用于连锁分析或关联分析、IBD和亲缘关系估计、单倍型分析、错误检测和模拟。
生信分析--入门实践一条龙的CWL中文教程
weixin_49533584的博客
12-23 2934
生信分析--入门实践一条龙的CWL中文教程。关于下载安装所有中文教程，开始学习吧
零代码单细胞在线分析工具，零基础也能做生信分析
2401_85301112的博客
07-25 2052
HiOmics推出零代码单细胞转录组分析云平台，将Seurat、SingleR等主流算法整合为可视化操作流程。用户只需上传10X标准格式数据，通过点选参数即可完成从质控、分群到细胞注释、通讯分析等全流程，自动生成分析结果和文章级图表。该平台支持细胞构成比、基因表达谱、KEGG富集等十余项分析模块，无需编程基础，3分钟即可完成全流程操作，让研究者专注于生物学问题而非技术门槛。平台网址：https://www.henbio.com/tools。
生信自学路线｜转录组bulkRNA-seq的处理与常见下机测序数据分析
Senoh的博客
06-17 2252
本篇面向新入门的，转专业的，临床的，0基础的同学。学生信对于软件安装没问题了，环境搭建好了，开始了解一些数据挖掘的常见概念，以下是生信多组学数据挖掘四大金刚为首的，我们先讲哈，下一步才做！！还有很多未出现的名词，可以自行谷歌一下，或者看看，有经费的建议报班1对1还有售后那种。
图形化开放式生信分析系统开发- 1基本需求分析及技术实现
SliverWorkspace
12-02 3107
我的生信生产系统开发过程- 1简单需求分析及技术实现起因背景几张图片下面进入正题，以具体个人工作经历为例，分析归纳出需求：我司技术上，陆陆续续完成了十几个项目，十几条pipeline，生信大佬们写的那些500行的shell脚本，基本上要求使用运行人员处在一定技术水平（熟悉Linux系统，熟悉shell，perl，python，R编程中的一种），这就限制了使用范围。后来公司基于脚本的基础上也实现了部...
生信软件41 - GATK经典使用方法合集
LittleComputerRobot的博客
11-01 1531
GATK经典使用方法合集
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
富集分析是生物信息学中的一个关键步骤，用于探索在特定条件下基因集合的功能特性。在R语言中，富集分析提供了强大的工具来解析基因表达数据并揭示潜在的生物学意义。本教程将深入讲解如何利用R进行富集分析，这对于...
生信质控分析-FastQC
01-13
**FastQC：生信质控分析的基石** FastQC是一款广泛应用于生物信息学领域的基础软件，专门用于对高通量测序数据进行质量控制（QC）分析。在高通量测序技术如Illumina、PacBio或ONT等产生的海量数据中，FastQC能够...
【Chrono库】NaiveTime - Serde 序列化实现（naive/time/serde.rs）
weixin_43219667的博客
11-22 520
这段代码为NaiveTime结构体实现了 Serde 序列化和反序列化功能。
香港服务器流量有限制和带宽有限制区别在哪？
SonderCloud_的博客
11-24 385
在选择香港服务器时，“流量限制” 与 “带宽限制” 是最易混淆的两个概念，尤其面对 “带宽不限 + 流量限制”“流量不限 + 带宽限制” 两种组合时，很多用户会选错计费模式，导致要么流量超额付费，要么带宽不足影响体验。本文从定义、计费模式、适用场景三个维度，拆解两者的核心区别，帮你避开选型陷阱。服务器与网络之间的数据传输速率，即单位时间内可传输的数据量，决定访问速度快慢。一定时间内(通常是每月)服务器传输的数据总量，管包括上传和下载的数据总和。
WisdomSSH如何高效检查服务器状态并生成运维报告
qinyia的博客
11-24 367
内存方面，总容量1.9GiB，仅使用187MiB，剩余可用空间达1.6GiB，且未启用交换分区，说明内存管理良好。近期，我借助WisdomSSH工具，实现了从命令执行到状态分析的无缝协作，显著提升了排查效率。执行后，WisdomSSH返回了结构化输出，包括系统运行时间、实时负载平均值、前10个进程的资源占用情况、内存与交换空间使用详情，以及各挂载点的磁盘容量与使用率。对于追求效率与准确性的运维人员而言，合理利用智能工具，能有效释放精力，专注于更高阶的架构优化与风险预防工作。
秒级创建鲲鹏工程进行原生开发
优快云高校俱乐部官方博客
11-21 423
秒级创建鲲鹏工程进行原生开发
流媒体存储服务器阵列缺盘64TB多媒体文件的修复方法
CHS实验室
11-21 987
摘要：本文介绍了一台64TB RAID5存储服务器因三块硬盘故障导致阵列崩溃后的多媒体文件修复过程。由于RAID5最多允许一块硬盘离线，而实际缺失两块硬盘，导致数据恢复困难。通过分析发现存储的是RTP推流的MP4格式文件，存在视频编码混乱、设备版本差异及音画同步三大难题。最终通过深入研究RTP协议和MP4文件结构，创新性地解决了音频修复和音画同步问题，采用"蚂蚁搬家"方式逐步修复了大量文件，取得了客户满意的效果。案例展示了复杂存储环境下数据恢复的技术挑战和解决方案。
机架式服务器有什么作用？
wanhengidc的博客
11-24 323
机架式服务器是构建虚拟化环境的理想选择，可将一台物理服务器虚拟化为多个相互隔离的虚拟机，每个虚拟机可独立运行不同的操作系统和应用程序。在云计算数据中心，大量机架式服务器组成集群，为云服务提供强大的计算、存储和网络资源，云服务提供商通过管理软件对这些服务器进行统一调度和分配，为用户提供弹性计算、云存储、云数据库等云计算服务。机架式服务器作为数据中心的关键设备，在现代信息技术领域扮演着举足轻重的角色，凭借其独特的设计与强大性能，广泛应用于各类企业和数据处理场景，为业务运营、数据管理及网络服务等提供全方位支持。
网卡信息查询、配置、常见故障排查
最新发布
qq_48057735的博客
11-24 975
解决思路：网卡工作在数据链路层，该层会做一些校验，封装成帧。ethtool –show-priv-flags ethX查看网口的link-down-on-close状态，如果是off的话，需要打开。例：echo "cpu核" > /proc/irq/中断号/smp_affinity_list。4.绑核:就是写/proc/irq/中断号/smp_affinity_list。A ping B 通，B ping A不通：A的防火墙未关。------win系统，带宽不为双倍-------查A B速率是否一致。
RNA-seq分析全流程及代码实现详解
综上所述，该资源不仅提供了一整套可复现的RNA-seq分析代码流程，更融合了理论知识与实践经验，覆盖上游数据处理至下游功能解读的全生命周期，充分契合“生物信息学”、“RNA-seq分析”、“生信流程”三大标签所指向...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

生信与基因组学

每一份鼓励是我坚持下去动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值