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RSS订阅原创 F1R2 和 F2R1 的定义
在双端测序中，每个 DNA 片段的两端都会被测序，生成两个读取（Reads），分别称为 Read 1 (R1) 和 Read 2 (R2)。对于链特异性文库，这两个读取不仅包含序列信息，还携带了关于原始转录本链方向的信息。含义：表示第一个读取（Forward Read 1, R1）是从正链（+ strand）测序而来，而第二个读取（Reverse Read 2, R2）是从负链（- strand）测序而来。应用场景：当构建链特异性文库时，F1R2 是指 R1 来自正链，R2 来自负链。
2025-01-15 10:17:55
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原创 VSCode 报错：rust-analyzer requires glibc ＞= 2.28 in latest build
【代码】VSCode 报错：rust-analyzer requires glibc ＞= 2.28 in latest build。
2024-12-13 09:48:56
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原创 VS Code 配置 Rust-Analyzer 报错
最后偷梁换柱的方式成功了，用自己下载rust-analyzer 替换了VSCode 的 rust-analyzer ，成功了。是把rust-analyzer 安装上了，但设置路径这一步一直不起效果。
2024-09-10 17:44:47
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原创 数据分析-相关性
Pearson相关系统适合正态分布、连续随机变量、线性相关程度高的情况。对于非线性相关的数据，Spearman相关系数要比Pearson相关系数更显著肯德尔秩相关系数对样本量小，有极端值的情况也更适用下图直观的体现了三种相关系数的有效性。可以看出，在相关性极为明显（极相关或极不相关）的情况下，三者效果是无差异的。而对于相关性不太明确的情况（图3），Kendall相关系数更为保守一些。相关链接:相关性分析的五种方法参考。
2024-06-19 17:06:33
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原创 鸟哥私房菜 摘录
在Windows里面，程序有问题时，如果可能的话先将所有其它程序保存并结束，然后尝试按救命三键 （Ctrl+Alt+Delete），将有问题的程序（不要选错了程序哦）“结束工作”，看看能不能恢复系统。别以为您还年轻，等你再弄多几年计算机了， 您将会非常庆幸您有此一习惯。学写 script 的确没设置 server 那么好玩，不过以我自己的感觉是：关键是会得“偷”， 偷了会得改，改了会得变，变则通矣。如果看在网络上看到任何好文章，可以为自己留一份copy，同时定好题目，归类存盘。（鸟哥需要注意知识产权！
2024-06-04 10:08:46
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原创 docker 启动关闭，设置仓库地址
inux系统下 /VAR/LOG/ 各个日志文件分析： https://blog.youkuaiyun.com/Love_Naive/article/details/107472689。/etc/docker/daemon.json配置文件详解：https://www.cnblogs.com/chuyiwang/p/17577020.html。docker仓库登录及配置： https://blog.youkuaiyun.com/Ruby_One/article/details/136883834。确认是否关闭可以使用。
2024-05-31 09:22:05
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原创 对 fastq 和 bam 进行 downsample
每次读取被保留的概率为P，因此，使用完全相同的输入以相同的顺序和RANDOM_SEED的相同值执行的运行将产生相同的结果。其次，比较了两个重复之间的一致性，发现设置相同的随机种子和频率时，得到的两个文件完全一致，MD5检验值相同。最后，比较了时间上的差异，采用相同的计算资源，Picard要比samtools至少节约80%的时间。可以指定一个整数提取一定数目的reads，也可以指定一个小数提取一定比例的reads。–ACCURACY/-A, 算法的精度，误差尽可能保证在该精度范围，默认1e-4。
2023-09-08 14:28:17
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原创 Rust 学习记录-注意事项
Rust 的数值上可以使用方法. 例如你可以用以下方法来将 13.14 取整：13.14_f32.round()，在这里我们使用了类型后缀，因为编译器需要知道 13.14 的具体类型整型溢出比如在 u8 的情况下，256 变成 0，257 变成 1，依此类推。当在 debug 模式编译时，Rust 会检查整型溢出，若存在这些问题，则使程序在编译时 panic(崩溃,Rust 使用这个术语来表明程序因错误而退出)。
2023-09-07 14:01:41
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原创 rust 中实用转换
4、int：int的数据范围为－2147483648～＋2147483647［－2＾31～2＾31－1］。3、u32：u32的数据范围为0＋2147483647[02^32-1]。2、u16：u16的数据范围为0～＋65535［0～2＾16－1］。1、u8：u8的数据范围为0～＋127［0～2＾8－1］。2、u16：u16的内存占用空间大小为占用两个字节。3、u32：u32的内存占用空间大小为占用四个字节。4、int：int的内存占用空间大小为占用八个字节。1、u8：u8的内存占用空间大小为只占一个字节。
2023-09-07 14:00:57
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原创 C++ 学习记录：make cmake的关系
可以是手动 g++ 挨个执行，但由于每次手动太麻烦，所以有了Makefile。（类似于makeflow、nextflow、WDL等流语言）由于手动写Makefile 太过于繁琐，所以，使用cmake 来生成 Makefile（内容很多）。再用make 来编译。需要 CMakeLists.txt 文件支持。CMakeLists.txt 示例。make 使用于编译链接程序。依赖 Makefile 文件。执行 cmake
2023-07-20 14:19:21
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原创 Linux 中 shell条件判断if中的 -a到-z 的含义
如果 FILE 存在则为真。如果 FILE 存在且是一个块特殊文件则为真。如果 FILE 存在且是一个字特殊文件则为真。如果 FILE 存在且是一个目录则为真。如果 FILE 存在则为真。如果 FILE 存在且是一个普通文件则为真。如果 FILE 存在且已经设置了SGID则为真。如果 FILE 存在且是一个符号连接则为真。如果 FILE 存在且已经设置了粘制位则为真。如果 FILE 存在且是一个名字管道(F如果O)则为真。如果 FILE 存在且是可读的则为真。如果 FILE 存在且大小不为0则为真。
2023-04-13 10:22:58
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原创 python 填充Word文档模板 循环填充表格、图片 docxtpl、 jinja2
样本评分：{{ items.score }} 样本面积：{{ items.sample_area }}mm2 目标面积：{{ items.target_area }}mm2。名称 样本面积 目标面积 样本评分。
2023-04-11 20:13:21
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原创 insert size、fragment、 inner 的解释，Filter BAM/SAM files by insert size
SAM 文件的第九列，即观察到的模板 LENgth （TLEN），可用作fragment 长度的近似值。这是近似值.
2023-04-04 17:02:33
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原创 Perl 哈希的排序-- key 按照 int 作为数字排序
两种排序都是将哈希的key进行排序，前一种是按照key的大小来对key进行排序，后一种是按照value的大小对key进行排序。（两种都是对 KEY 进行排序）问题在于，如果key 是 int，排序时仍是按照字符串排序的。
2023-04-04 16:47:27
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原创 vscode配置perl 调试环境
可能会报错 LanguageServer 不在环境中。左侧无变量显示，安装包 PadWalker。会在个人用户目录下创建 perl5 目录。如果有上述报错，按照下面步骤在操作。
2023-03-10 17:21:27
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原创 VSCode rust-analyzer failed to load workspace: can‘t find Cargo.toml 或could not find Cargo.toml
VSCode 在的 rust-analyzer插件时报错。
2023-02-23 10:24:01
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原创 postgreSQL 操作 教程
— 得到所有用户自定义表的名字（这里"tablename"字段是表的名字，"schemaname"是schema的名字。在PostgreSQL中，一个表可以从0个或多个表继承，一次查询可以查询到某个表中的所有行，或者这个表和这个表所有子表的所有行，默认为后者。postgres=# \encoding // 显示客户端的字元集。// 显示客户端的字元集。// 显示服务器的字元集。// 精细显示SQL命令中的select命令的使用方法。
2023-02-03 11:46:51
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空空如也
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