生信技能19 - 生信分析在线工具集合

最新推荐文章于 2024-09-30 07:50:50 发布
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分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： 数据分析 python pandas
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/LittleComputerRobot/article/details/129674020
本文汇总了多种在线生信分析工具，包括韦恩图绘制、基因功能注释、GO注释图、蛋白质相互作用网络图、基因集富集分析、系统发育树构建、信号肽预测、蛋白质二级及三级结构分析，无需编程基础，方便快捷。

生信分析中，有些在线分析的网站可以快速帮助我们完成分析任务，对于没有编程基础的同学还说是个非常好的工具。

韦恩图

韦恩图是一张生信分析常用的图形，通过下面的在线工具，无需自己动手写代码，可以快速创建韦恩图。

在线绘制四韦恩图工具

在线绘制六韦恩图工具
在线绘制韦恩图页面

基因功能注释

DAVID在线工具

DAVID是一个免费的基因功能注释工具，可以帮助研究人员了解基因的功能和通路。上传基因列表，可进行功能注释和通路分析。

DAVID页面

GO注释图

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在线作图|如何画韦恩图（包含upset图）
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韦恩图（包含upset图） 韦恩图（Venn diagram）用于展示在不同的事物群组（集合）之间的联系。R 语言中的维恩图绘制有很多包，Vennerable（最多9维），VennDigram（最多5维），venn（最多7维），而UpSetR绘制的维恩图则更多，只是表现形式和其他图不太一样。以upset图动态统计并展示集合间共有/特有元素信息。统计样品之间的共有、特有元素。应用范围：适用于微生物、转录组、代谢组、单细胞等组学。如分析组间共有、特有物种；分析各比较组显著差异的共有、特有pathway/基因等。
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若想要探究的数据为连续型变量，如年龄、基因表达量、风险评分等等，需自行划分分组，如根据中位数将目标基因表达量拆分为高表达、低表达两组，将风险评分拆为高风险、低风险两组，将年龄拆分为幼年、青年、中年、老年等。汇集了核酸、蛋白、蛋白结构、代谢通路和信号通路信息，可高效的搜寻到自己想要的信息（中英双文），并且在无代码的情况下完成生信分析。转换物种类型：拟南芥、疟蚊、牛、秀丽线虫、狗、果蝇、斑马鱼、大肠杆菌K12菌株、大肠杆菌SaKai菌株、鸡、人、小鼠、恒河猴、黄黏球菌、黑猩猩、大鼠、酵母、猪、非洲爪蟾。
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整理数据的时候发现用维恩图效果不错，找到了几个网站： http://www.cmbi.ru.nl/cdd/biovenn/index.php 优点是圆的大小随数据量而变化，比较符合一般思维，缺点是应对大数据文本时会有问题，第一次上传的数据就显示不了（十万级别）http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.
linux 韦恩图两个,在线＆在R中绘制韦恩图的几种方法 和 一些漂亮的venn图
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这个程序是在线运行的，无需安装任何插件.输出一张图真的是分分钟的事儿！其实即使不是画韦恩图，也可以利用这个网站，找出两种不同处理(状态)的共有基因，或者特有基因等等.使用limma包1234567891011121314#安装limma包#source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")#biocLite("limma")#载入limma包libra...
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