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原创 2026年9月Cell正刊发表的宏基因组测序物种分类软件Metax安装与索引建立

作者把anaconda上的软件版本更新到了最新版2.0.1，但Github上的版本和使用说明还没有同步更新。目前最新版仅支持如下这种fasta文件头(genome|contig|taxonomy[|genome_size])，这里面的taxonomy大概率是覆盖界门纲目科属种这些分类层级的字符串，并且是冒号分隔的，报错信息里是可以看出来的。但新的fasta文件头改变了，metax的输出物种分类结果也可能随之改变，我们等等看，作者应该会继续更新使用说明。

2026-10-05 17:05:00 196

原创 ONT长读长序列模拟器NanoSim使用要点

NanoSim是专为Oxford Nanopore Technologies（简称ONT）长读长测序技术开发的序列模拟器(read simulator)，给定参考基因组/转录组序列时，能分别模拟单基因组、转录组和宏基因组样本的序列。其具备的工作流程是（1）序列分析功能(read_analysis.py实现)。

2026-08-16 22:47:44 140

原创分类学数据库更新对蛋白快速比对工具DIAMOND的影响

摘要：使用DIAMOND 2.1版构建NR蛋白数据库时，因NCBI分类数据库更新引入"domain"等新字段导致报错。通过升级DIAMOND至2.2.2版本成功解决问题，完成数据库构建，测试显示blastp和blastx功能正常。建议用户直接使用DIAMOND 2.2.*版本来避免此类兼容性问题。

2026-07-08 16:50:44 211

原创下载最新版NCBI NR和NT库小技巧

文献里经常提到将测序得到的reads或拼接得到的contigs与NCBI的NR库或NT库比对。以目录为例，这两个库(nr.gz和nt.gz)包含的fasta参考序列极多，压缩包就得上百个G，一次性下载下来很吃力。但是各位发现没有，最近的更新日期是2024年2月，NCBI早已停止更新了。假如你想使用其他比对软件，如DIAMOND软件，将拼接得到的contig或者翻译过来的orf与NR库比对，是不是就只能用2024年的nr.gz了？答案是NO！有法子可以下载到最新的NR库和NT库，只不过过程比较曲折。

2026-05-06 22:29:00 325

原创宏基因组测序病原识别工具汇总

高通量测序技术的发展推动了基于宏基因组测序的病原分类识别技术的进步。当前二三代测序技术已广泛用于病原微生物研究，包括但不限于单基因组测定、微生物组研究、未知病原检测等。根据以往研究，适用于第二代或第三代测序技术的鸟枪法宏基因组学（shotgun metagenomics）的物种识别工具主要分为2大类：物种分类器（taxonomic classifiers）和谱系分析工具（taxonomic profilers）。

2026-04-24 11:19:45 380

原创实用生信作图可视化在线工具大盘点-持续更新

国人做的网站其实挺好，功能丰富多样，对初学者友好。后面会继续挖掘类似网站，也请大家积极交流和分享自己用过的在线kesh。

2023-05-12 23:20:48 11132

原创 Oxford Nanopore Technologies实战应用之电信号比对工具Tombo

对于纳米孔测序常规用途，如基因组比对、SNV鉴别、宏基因组物种分析而言，用户一般使用碱基识别软件输出的fastq文件即可展开相应分析。但对于某些特殊用途，如甲基化鉴别、碱基识别算法开发，则需要深入分析纳米孔测序产生的fast5文件中原始电信号与碱基(A/T/G/C)之间的对应关系。那么，有没有软件可以实现这种功能呢？答案是ONT官方发布的软件Tombo。其实使用tombo resquiggle进行电信号比对还有许多细节需要注意，有兴趣的读者可以参考其说明书(

2023-04-17 23:24:50 1547 2

原创长读长序列快速比对工具Minimap2实战之cs tag

但需要注意的是，由于Minimap2针对的是长读长的三代测序数据，其产生的比对结果可能会比较复杂，体现在CIGAR上就是操作符可能超过了65535个，这显然超过了bam文件能够接受的上限，比如使用Picard或Samtools将sam文件转为bam文件时，就会报错。cs标签是CIGAR的细化，打头的字符代表相应的CIGAR操作，紧随其后的就是相应的序列，cs标签需要"--cs"参数来打开，默认为"--cs=short"。当使用"--cs=long"参数时，cs标签会将完全匹配的碱基也显示出来，如。

2023-04-10 22:58:56 2305 1

原创 Oxford Nanopore Technologies碱基识别软件Guppy的关键参数“-c”

Oxford Nanopore Technologies(ONT)在持续更新试剂耗材的同时，也在同步更新其碱基识别软件Guppy，目前已更新至6.4.6版本。Guppy既可单独下载部署于PC端或服务器端，也可以通过ONT测序控制软件MinKNOW进行调用。值得注意的是，PC端或服务器端部署有与Guppy匹配的GPU时，可在进行碱基识别(basecalling)时调用这些GPU进行加速计算，可大大减少碱基识别流转时长。

2023-04-07 14:47:16 4146 17

原创 Oxford Nanopore Technologies工具之Medaka

随着三代纳米孔测序技术的不断发展，Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司在持续更新其测序试剂耗材(比如发布R10版本的Flow cell和Kit14系列测序试剂)的同时，也在同步更新其配套分析软件。纳米孔测序技术虽然有着便捷、实时、读长长等特点，但其本身存在一定的测序错误。使用ONT发布的Medaka，可以生成一致性序列并鉴别突变。

2023-04-04 15:57:53 3649 2

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