韦恩图(包含upset图)
韦恩图(Venn diagram)用于展示在不同的事物群组(集合)之间的联系。R 语言中的维恩图绘制有很多包,Vennerable(最多9维),VennDigram(最多5维),venn(最多7维),而UpSetR绘制的维恩图则更多,只是表现形式和其他图不太一样。以upset图动态统计并展示集合间共有/特有元素信息。统计样品之间的共有、特有元素。应用范围:适用于微生物、转录组、代谢组、单细胞等组学。如分析组间共有、特有物种;分析各比较组显著差异的共有、特有pathway/基因等。
TUTU网站工具使用
小编给大家介绍一个在线作图工具,绘制韦恩图的方法如下:
登录网址:www.cloudtutu.com(推荐使用360或者谷歌浏览器)
01 登录测试账号;
网页会自动出现账号与密码;
输入验证码,登录即可,点击基本绘图。
02 找到“venn”;
03 接下来,上传文件:
a)准备一个数据矩阵(如微生物物种丰度表、环境因子表、基因表达量矩阵、代谢物含量等);
b)表格需要带表头和列名,第一列为元素名,第一行为样品名,例如OTU,基因ID、代谢物名称等。c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv格式的表格文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记