使用clusterProfiler进行KEGG富集分析

最新推荐文章于 2025-04-17 20:00:00 发布

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#KEGG #clusterProfiler #富集分析

本文详细介绍了如何使用R包clusterProfiler进行KEGG富集分析，包括Over-Representation Analysis和Gene Set Enrichment Analysis。通过具体代码示例展示了barplot、dotplot、emapplot、cnetplot等不同类型的可视化方法，并解释了如何在KEGG通路图上标记富集基因。同时，还提供了获取和转化基因路径注释的相关API和文件格式要求。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

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KEGG pathway是最常用的功能注释数据库之一，可以利用KEGG 的API获取一个物种所有基因对应的pathway注释，human对应的API 链接如下

http://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway

通过该链接可以获得以下内容

path:hsa00010 hsa:10327
path:hsa00010 hsa:124
path:hsa00010 hsa:125

第一列为pathway编号，第二列为基因编号。这里只提供了pathway编号，我们还需要pathway对应的描述信息，同样也可以通过以下API链接得到

http://rest.kegg.jp/list/

通过该链接可以获得如下内容

path:map00010 Glycolysis / Gluconeogenesis
path:map00020 Citrate cycle (TCA cycle)
path:map00030 Pentose phosphate pathway
path:map00040 Pentose and glucuronate interconversions
path:map00051 Fructose and mannose metabolism

第一列为pathway编号，第二列为具体的描述信息。需要注意的是，pathway是一个跨物种的概念，原始的pathway编号为map或者ko加数字，对于特定物种，改成物种对应的三字母缩写, 比如human对应hsa, 所有拥有pathway信息的物种和对应的三字母缩写见如下链接