使用clusterProfiler进行GO富集分析

最新推荐文章于 2025-07-09 20:47:28 发布

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#GO #clusterProfiler #富集分析

本文详细介绍了如何使用R包clusterProfiler进行GO富集分析，包括Over-Representation Analysis和Gene Set Enrichment Analysis两种算法，并展示了barplot、dotplot、GO有向无环图、goplot、emapplot和cnetplot等多种可视化方法。

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clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功能非常的优秀，本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。

进行GO分析时，需要考虑的一个基础因素就是基因的GO注释信息从何处获取。Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些物种的GO注释信息

packages	organism
org.Ag.eg.db	Anopheles
org.At.tair.db	Arabidopsis
org.Bt.eg.db	Bovine
org.Ce.eg.db	Worm
org.Cf.eg.db	Canine
org.Dm.eg.db	Fly
org.Dr.eg.db	Zebrafish
org.EcK12.eg.db	E coli strain K12
org.EcSakai.eg.db	E coli strain Sakai
org.Gg.eg.db	Chicken
org.Hs.eg.db	Hum