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RSS订阅原创 GEO的芯片数据进行limma差异分析
de_result <- topTable(fit2, coef = 1, n = nrow(fit2), adjust="fdr") # 将差异结果转换成数据框。#它提供了一种方便的方式，可以生成所需的对比矩阵，这里就可以用到上一步构建的分组矩阵design。# 构建拟合模型，用来描述train_data中的数据是如何与design中的变量相关联的。# 拟合模型的对比。#（即：比较拟合模型中不同分组条件下基因表达是否存在差异）##（5）将差异分析的结果转换成数据框。##（2）构建分组矩阵design。
2025-04-03 14:01:11
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原创 对miRNA测序经过TrimGalore过滤和 mapper.pl转变为fa文件后的统计代码
最终得到三个统计结果 ，19-30bp中样本的totalbase和count的分布情况以及，count的汇总统计。
2025-02-28 09:48:32
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原创 关于人类的GO、KEGG富集分析个性化数据集获取
# KEGG有关原始信息的获取。## GO有关的原始信息的获取。下载keg文件后进行处理。本人下载地址：http。然后基因组的转换和处理。
2025-02-11 22:52:40
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原创 R语言处理qPCR数据的函数
最近qpcr数据有点儿多，就写了一个函数专门计算qpcr的DeltaDeltaCT（-log2FC）和2^(-DeltaDeltaCT)。## 原始qpcr下机文件raw_data包含 "Sample Name","Target Name","CT"## 规定处理组样本名 ref_sample = "XXXX"## 规定内参基因ref_gene = "XXXX"## 使用本脚本需要三个的文件。
2024-05-18 19:28:01
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原创 在并行计算中处理错误，特别是在foreach循环中，是一个常见的需求
要让程序在出现这类错误时继续执行，并且在结果中返回。函数来捕获和处理这些异常。
2024-05-06 20:10:54
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原创 clusterProfiler结果转换
富集分析的结果如GeneRatio都是字符性向量的比值对画图不友好,如何转换为数字型向量?GO_FE_data是如上的表格。
2024-01-09 09:53:57
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原创 转录组gene name 通过gtf文件转换
有时候我们遇见的gene id 与protein id 不相符,此时需要从gtf文件提取。通过对gtf文件的X9 进行处理 ,使得gene id 与对应的蛋白id 能够对应成表。但通过featurecount 进行表达定量后的的gene id 如下。使用蛋白质的序列进行eggnog 注释后结果如下query是XP。
2024-01-05 15:36:30
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原创 循环跑WGCNA得到最使结果
分开计算相关性并进行筛选cor最高或最低不是grey模块,最终和差异分析结果取交集,看哪个参数运行的结果最DEGs交集基因最多。在net构建之前按通常代码走。之后循环构建不同参数的net。
2023-12-07 05:51:24
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空空如也
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