庐州月光的博客

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!通过指定一个染色体文件，就可以在circos中创建一个基本的圈图了。除了这种基本用法之外，还有很多的技巧。本章介绍染色体相关的进阶技巧，涉及到以下几个参数chromosomes_display_defaultchromosomeschromosomes_reversechromosomes_orderchromosomes_breakschromosomes_colorschromosomes_radiuschromosomes_display_de

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!对于links而言，默认情况下所有的links 都是同一种颜色，通过color属性指定。当我们想要构建出彩色的links 时，通常情况下有3种做法:1. 拆分file每一个link都有一个file指定的数据，我们可以人为的将原来的file根据条件拆分成多份，每一份对应一个link, 然后为每个link设置不同的颜色，就可以实现彩色的link了。示例如下：每个link定义一个文件，对应的color值不同，生成的图片如下2. 定义rules拆分原始数据的工作

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!在官网提供的配置文件示例中，经常会见到pattern这个参数。这个参数的作用和fill_color类似，都用于指定填充的样式，只不过fill_color使用颜色进行填充，pattern则用点和线进行填充。在hisograms, heatmap，links这3种block 中，可以使用pattern参数，指定填充的演示。用法如下：pattern = checkerpattern参数的取值范围包括以下9种：solidhlinehline-sparsev

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!rules是circos中的一种黑魔法，可以在不改变数据的情况下，对展现形式进行调整。rules代表规则，本质上就是编程语言中的条件判断语句, 首先给定一个条件，当符合条件时，执行具体的行为。基本示例如下：<rule>condition = var(intrachr)show = no</rule>condition定义的就是条件，示例中的show = no就是条件满足时需要执行的事情。在定义condi

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!颜色属性是circos中使用频率最高的属性，由colors这个block进行设置，默认的配置文件为etc/circos.conf。在circos中，每种颜色都有一个唯一的name,通过这个name来调用该颜色值。配置文件中定义的就是各种颜色的值在定义颜色值时，有一下3种方式rgbhsvlch上述三种方式对应三套不同的颜色体系，rgb对应RGB色彩模式，通过R(red), G(green), B(blue) 3原色的叠加来得到各种颜色，每个原色的取值范围为

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!在circos中，fonts, colors, patterns这3个系统内置的block, 通过同一个配置文件引入，写法如下<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>这个文件的内容如下：通过include, 将color, fonts, patterns对应的3个配置文件分别引入。本章看下fonts相关的内容，etc/fonts.conf的部分内容如下：文件内容为key = value

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!image这个block是circos内置的block之一，其配置文件为软件安装目录下的etc/image.conf。内容为默认的image的配置由两个文件决定image.generic.confbackground.white.confimage.generic.conf文件内容如下包含的属性包括以下1.dirdir指定生成的图片的目录，.代表当前目录2.filefile指定生成的图片的名字，默认为circos.png3.pngpng指定

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!在展示染色体信息时，如果想要重点展示其中某一段区域的信息，可以借助zooms来实现。zooms起到一个伸缩的功能，将原本的区域方法或者缩小。配置文件写法如下：zooms由多个zoom构成，每个zoom必须具备以下几个参数chrstartendscale其中chr, start , end这三个参数指定需要缩放的染色体区域，scale指定需要缩放的倍数。看一个具体的例子：在上面的示意图中，对染色体多处区域进行了缩放。其中对1号染色体上的部分区域进

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!在之前的文章，我们介绍了如何使用histograms来构建普通的柱状图，今天看下如何构建堆积柱状图。先来看一个堆积柱状图的例子对应的数据如下：和普通的柱状图相比，堆积柱状图只不过是第4列有多个value, 多个value 之间用逗号分隔。配置文件的写法如下：大部分属性和常规的柱状图是完全一样的，需要注意的是其赋值的写法。比如fill_color,...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!circos中丰富多样的参数，允许我们更加的展示数据。高度定制化的同时，也意味着学习成本的提高。从原始数据的整理，到可视化参数的调整，都必须做到了如指掌，才能得心应手的使用circos。 为了方便使用，circos官网提供了一系列有用的脚本，封装成了circos tools工具包。下载页面如下http://circos.ca/software/downl...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!connector 用于展示基因组上两个位置之间的关系，通过一套折线将两个位置连接起来，示例如下靠近染色体的折线区域就是connector了。可以看到，connector也是通过一个圆环区域进行展示，连线的起始位置位于圆环的内径上，终止位置位于圆环的外径上。配置文件的写法如下file文件的内容如下：在file中，，每一行定义了一条连线，第一列是染...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!不论是heatmap, 还是scatter, histogram, 反应的都是基因组上某段区域对应的value值的分布，这里的value都是数值。对于value是字符串的情况，专门定义了text这种图表类型，用于展示。看一个text的实例text在图上就是一圈的字符串标记，字符串可以添加连线，表明对应的染色体位置。配置文件的写法如下：首先看下fil...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!heatmap将一系列的数值映射到一个颜色梯度中，是最常用的图表之一。在circos中，通过plot这个block进行设置。用法如下：heatmap的数据和scatter plot, histogram是一样的，最少有4列内容。前3列定义染色体上的区域，第4列指定每个区域的value值，其他列可以是配置文件中的属性，示例如下heatmap中的color...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!circos 是一款perl 语言开发的画图软件，提供了染色体相关数据的一种可视化方式。其制作的图表精美，被科研工作者广泛使用。官网如下：http://circos.ca/首先看下安装过程，官网上提供了3种压缩包软件源代码压缩包使用手册的压缩包相关工具的压缩包在下图中，circos-0.69.6.tgz就是源代码的安装包，circos-tut...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!circos 主要用于展示染色体上的相关数据，根据在染色上的位置进行不同方式的可视化。所以有一个前提，我们需要基于染色体的位置来看。在circos中，染色体的位置保存在一个文件当中，通过karyotype参数进行设置，比如染色体的位置保存在文件karyotype.human.txt中，部分内容如下：采用\t分隔，共7列内容。前两列内容是规定的，都是c...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!在circos中，通过ticks block来添加刻度线。刻度线和我们的比例尺是一样的，需要有一个最小单位。通过chromosomes_units定义最小单位，用法如下chromosomes_units = 1000000之后的刻度线都基于该最小单位进行定义。对于刻度线，有两个全局参数控制其显示方式show_ticksshow_ticks =...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!通过ideogram和ticks这两个block, 我们能够把全部的染色体信息绘制成精妙的circos 图片，但是这些只是circos的基本功能，染色体只是提供了一个基础的坐标系统，重点是染色体上相关区域的数据如何展示。Highlights这个block 提供了一种功能，高亮某个区域，高亮的意思就是用不同的颜色进行填充。比如将CpG岛区域进行高亮，可以直观的...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!highlights用于展示基因组上特定的区域的分布，通常情况下，还需要展示不同区域之间的关联，比如融合基因，CNV等信息，这样的信息就通过links 这个block 进行展示。links 用于描述两个区间之间的关系，其用法和highlights类似， 示例如下所有的link都包含在 links中，在links下定义的属性是全局的属性，每个link会继承...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!不论是highlights还是links,展示的都是染色体上某段区域的信息，在实际的数据中，除了区间信息外，还会有该区间对应的数据信息，比如测序深度等信息。对于这种信息，通常我们会通过散点图，折线图等图表来展现，在circos中，也有对应的功能，通过plots这个block ， 可以在数据映射到二维坐标系中，然后通过不同的图表类型来呈现。plots需要的数据...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!plots这个block 中，支持许多的图表类型，scatter plot是最常用的一种。用法如下关于file文件的内容，在之前的文章中已经详细介绍过。r0和r1定义圆环的位置，max和min定义y轴的最小值和最大值，剩余的几个参数控制散点的外观。glyph表示点的形状，circle代表圆形，triangle代表三角形，rectangle代表矩形；gly...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!line plot在circos中的用法比较简单，示例如下：对于折线图而言，调整外观的属性有以下4个1. thicknessthickness 控制线条的粗细2. colorcolor 控制线条的颜色3. fill_colorfill_color控制填充色，在折线的下方进行颜色填充4. max_gap在直线图中，会看到如下所示的分割线，ma...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!histograms可以看到是line plot的一个变种，首先来看一个示例图中最内圈的就是historgams了，可以看到由许多个柱子组成，每个柱子都是file中定义的一个区域，柱子的高度有这个区域的value决定。所有的柱子共有两个方向，一部分朝内，另外一部分朝外。这个图片对应的数据如下可以看到value的值有正有负，当同时包括了正负数时，所有正...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!tile用来展示基因组上区域的分布，和之前介绍过的highlight不同的是，这些区域在图中并不是位于同一层的。为了避免不同区间之间的重叠，tile会将有重叠的区域分布在不同的层，结合图片来理解一下这个概念。示例图片如下染色体之外的部分，就是tile了。可以看到，每个tile位于一个圆环区域内，其中的基本单位是一个个的矩形方块，我们称为tile; 不同的矩...

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!Circos 的核心就是配置文件的编写，在配置文件中，包含两个方面的内容：数据参数作为一款可视化工具，毫无疑问肯定是需要建立在数据的基础上的。有了数据之后，如何展示，会有许多的参数需要设置和调整，这些参数就是我们需要理解和掌握的东西。首先看一下配置文件的一个基本示例：这个配置文件是我从官方提供的tutorials包中找的一个示例。对于circo...