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RSS订阅原创 Leetcode 977有序数组平方---独自写代码通过
给你一个按 非递减顺序 排序的整数数组 nums，返回 每个数字的平方 组成的新数组，要求也按非递减顺序排序。解释：平方后，数组变为 [16,1,0,9,100]输入：nums = [-4,-1,0,3,10]输入：nums = [-7,-3,2,3,11]排序后，数组变为 [0,1,9,16,100]输出：[0,1,9,16,100]输出：[4,9,9,49,121]
2024-12-01 20:35:22
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原创 二分查找Python算法实现---纪念第二次独自代码实现
给定一个 n 个元素有序的（升序）整型数组 nums 和一个目标值 target ，写一个函数搜索 nums 中的 target，如果目标值存在返回下标，否则返回 -1。输入: nums = [-1,0,3,5,9,12], target = 9。输入: nums = [-1,0,3,5,9,12], target = 2。解释: 9 出现在 nums 中并且下标为 4。解释: 2 不存在 nums 中因此返回 -1。纪念第二次自己收敲代码，实现了本题。
2024-12-01 13:32:56
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原创 动态规划-Leetcode1143最长公共子序列
一个字符串的 子序列 是指这样一个新的字符串：它是由原字符串在不改变字符的相对顺序的情况下删除某些字符（也可以不删除任何字符）后组成的新字符串。输入：text1 = “abcde”, text2 = “ace”输入：text1 = “abc”, text2 = “abc”输入：text1 = “abc”, text2 = “def”两个字符串的 公共子序列 是这两个字符串所共同拥有的子序列。解释：最长公共子序列是 “ace” ，它的长度为 3。解释：最长公共子序列是 “abc” ，它的长度为 3。
2024-12-01 09:39:59
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原创 【北京理工大学-Python 数据分析-2.2Matplotlib绘制饼图、直方图、极坐标、散点图】
如何采用python的matplotlib库做出美美的数据图，基本作图方法，请看这里
2023-01-10 06:52:12
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原创 【北京理工大学-Python 数据分析-2.1Matplotlib库入门】
Matplotlib库的基本使用方法，包括线条线型和文本的添加，亚区的设计等。
2023-01-08 16:59:22
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原创 【北京理工大学-嵩天-Python爬虫Beautifful Soup库的使用(二)】
本节的内容，采用Beautiful Soup来解析HTML页面。Beautiful Soup可对网页页面进行树形解析，使用原理是比如import requestsr=requests.get("https://python123.io/ws/demo.html")r.textdemo=r.textfrom bs4 import BeautifulSoupsoup=BeautifulSoup(demo,"html.parser")print(soup.prettify())Beaut
2022-05-13 14:03:40
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原创 北京理工大学-嵩天python语言程序设计-9-Python计算生态概览
第九章 Python计算生态概览9.1从数据处理到人工智能9.2实例15霍兰德人格分析雷达图9.3从web分析到网络空间9.4从人机交互到艺术设计9.5实例16：玫瑰花绘制方法论-概览Python计算生态，看见更大的世界实践能力-初步编写带有计算生态的复杂程序9.1从数据处理到人工智能9.1.1 Python库之数据处理9.1.2 Python库之数据可视化9.1.3 Python库之文本处理9.1.4 Python库之机器学习数据表示->数据清洗->数据统计-
2022-05-04 11:27:54
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原创 北京理工大学-嵩天python语言程序设计-8-程序设计方法学
本节的主要内容包括：8.1体育竞技分析8.2Python程序设计思维8.3Python第三方库安装8.4 os库的基本使用8.5第三方库自动安装脚本本节的主要目标-方法论理解并掌握一批Python程序设计思维-实践能力学会编写更有设计感的程序8.1体育竞技分析-需求：如何分析体育竞技比赛？-输入：球员水平-输出：可预测的比赛成绩模拟N场比赛-计算思维：抽象+自动化-模拟：抽象比赛过程+自动化执行N场比赛-当N越大时，比赛结果分析会更科学比赛规则-双人击球比赛：A和B，
2022-05-02 18:24:33
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原创 【北京理工大学-嵩天python语言程序设计-7-文本和数据格式化】
第七章学习内容文件和数据格式化：将一组数据按照一定的规格和样式进行规范表示、存储、运算等。包括1.文件的使用2.自动轨迹绘制3.一维数据格式化和处理4.二维数据格式化和处理5.模块6 wordcloud库的使用6.政府报告分析通过本节的学习，达到的目标：方法论1.从python 的角度理解文件和数据表示实践能力2.学会编写带有文件输入输出的程序，并且实现对数据的表示和操作。文件的使用-文件的类型-文件的打开和关闭-文件内容的读取-数据的文件写入–掌握对文件的读、写等操
2022-05-01 21:17:47
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原创 Python 语言程序设计（6-1）组合数据类型--集合操作符
集合 : 多个元素的无序组合- 集合类型与数学中的集合概念一致- 集合元素之间无序，每个元素唯一，不存在相同元素-集合元素不可更改，不可是可变数据。即集合中的元素不能被修改 。集合的类型定义:- 集合使用打括号表示{}，元素间用逗号分割；- 建立集合类型用{}或者set()函数-建立空集合必须使用set()函数重点--集合中的每个元素唯一，不存在相同的元素。--元素之间无序。集合操作符集合间的操作，主要包含 并，差，交，补。对于集合的关系运算...
2022-04-30 12:51:12
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原创 Python 语言程序设计(5-3) 代码复用与函数递归
- 代码复用和模块化设计- 函数递归的理解- 函数递归的条用过程代码复用和函数递归能够极大的减少代码的编写把代码当成资源进行抽象-代码资源化: 程序代码是一种用来表达计算的资源- 代码抽象化: 使用函数等方法对代码赋予更高级别的定义- 代码复用: 同一份代码在需要使用时可以被重复使用-- 代码复用的 实现，主要通过函数和对象这两种方式实现代码复用。函数: 将代码命名在代码层面进行了初步抽象对象: 属性和方法，<a>.<b> 和<..
2021-09-12 11:41:55
360
原创 Python 语言程序设计（5-2）七段数码管程序编写设计
七段数码管绘制常见的电子屏长产生的0-9的数字，可以通过控制画笔来实现电子数码管这个过程需要turtle 进行作图另外需要考虑的是这些数字他们需要这七条线段何时出现import turtle as tlimport timet=time.gmtime()td=time.strftime("%Y-%m=%d+",t)##获取当前系统时间，年月日def drawLine(draw): tl.pendown() if draw else tl.penup() tl.
2021-09-11 14:26:01
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原创 Python 语言程序设计（5-1）函数的定义与使用
本单元的内容函数的定义 函数定义的一般代码def <函数名> (<参数(0个或者多个)>): <函数体> return <返回值>函数函数的形参和位参函数的返回值函数的局部变量和全局变量一个变量如果在函数内部被创建后，则其表示局部变量。局部变量在函数中被使用后，其可被释放出来。lamdba 函数lambda 函...
2021-09-10 13:09:37
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原创 Python 语言程序设计(4-3) Random 随机库
random 库概述random 库是 使用随机数的Python 标准库- 伪随机数: 采用梅森旋转算法生成的伪随机序列中的元素- random 库主要用于生成随机数-random 库的使用 : import randomrandom 库包含2类函数，常用共8个-基本随机数函数: seed(),random()-扩展随机数函数: randint(),getrandbits()，uniform()，randrange(),choice(),shuffle()随机数的产生，与..
2021-09-09 22:02:07
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原创 Python 语言程序设计(4-2)分支循环--无限循环
采用while 进行循环主体，有别于for i in n: 的形式循环控制和保留字 break 和continuebreak 和continuebreak 跳出并结束当前整个循环，执行循环后的语句continue 表示接受当次循环，继续执行后续次数循环break 和coninue 可以与for 和while 循环搭配使用循环的扩展，for 和while 可以与else 合用...
2021-09-09 18:49:50
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原创 Python 语言程序设计(4-1)分支循环语句
二分支结构多分支循环条件组合x and y x和y 都成立x or bnot x关于python 的异常处理BMI 实例多分支实战height,weight=eval(input("请输入身高(米)和体重(千克)，用逗号隔开:"))bmi=weight / pow(height,2)print("BMI 数值为:{:.2f}".format(bmi))who,nat="",""if bmi <18.5: who,nat= "偏瘦","偏瘦"elif
2021-09-09 17:34:38
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原创 Python 语言程序设计(3-2）time 库的使用
time 库的概念time 库是python 中处理时间的标准库计算机时间的表达-提供获取系统时间并格式化输出功能提供系统级精确计时功能，用于程序性能分析time 库的使用time 库包含三类函数时间获取函数: time() ,ctime(), gmtime()对时间进行格式化: strftime() strptime()程序计时 sleep(),perf_counter()时间获取time() 获取当前时间戳，即计算机内部时间值，浮点数ctime() 获取当前时间
2021-09-08 10:13:50
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原创 Python 语言程序设计(3-1）字符串处理函数和相关功能
关于如何进行函数编写最简单的一个问题365天，每天进步0.01，一年后取得的成就和365天，只有在工作日进步，休息日不进步，且倒退0.1的人相比，工作日努力的参数应该是多少?#DaydayupQ4def dayUP(df): dayup=1 for i in range(365): if i%7 in [6,0]: dayup=dayup*(1-0.01) else: dayup=dayup*(1+df)
2021-09-07 22:49:43
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转载 Python海龟turtle画图常见画图代码大全
转载于https://blog.youkuaiyun.com/July__July/article/details/99543992玫瑰花import turtle# 设置初始位置turtle.penup() # 提起画笔turtle.left(90) # 逆时针旋转九十度turtle.fd(200) # 向前移动一段距离 fd=forwardturtle.pendown() # 放下画笔移动画笔开始绘制turtle.right(90) # 顺时针旋转九十度# 花蕊turtle.fi
2021-09-05 22:26:36
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原创 Python 语言程序设计(2）基本图形绘制
深入理解Python语言Python 蟒蛇绘制turtle 库的使用turtle 程序语法元素分析计算机系统和世界的演进常见的语言类型Python机器语言和汇编语言高级语言 接近自然有语言,编译器,与 CPU 的型号无关超级语言 粘性整合已有的程序,具有庞大的计算生态使用turtle 绘制图形##PythonDraw.pyimport turtle turtle.setup(650,350,200,200)##设置窗体,宽度为650像素,高度为350像素,2.
2021-09-05 21:15:00
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原创 Python 语言程序设计(1）
慕课中国学习资料https://www.icourse163.org/learn/BIT-268001源代码 编译器通过编译器软件将源代码一次性转换成目标代码目标代码编译和解释程序的基本IPO操作InputProcessOutput编程要解决的问题6个步骤Python 开发环境的配置以及不同的系统下Python的配置温度转换的代码分享#TempCovert.pyTempStr=input("请输入带有符号的温度值:")if TempStr[-1] in ["F",
2021-09-05 15:31:29
190
翻译 群体进化技术原理和研究思路
学习链接https://www.bilibili.com/video/BV11X4y1G7ZM/?spm_id_from=333.788.recommend_more_video.10不同生存条件下的同一物种因为自然选择、人工驯化、遗传漂变 形成不同的亚群或者亚种，群体进化研究就是用来追溯和揭示进化的过程。群体进化研究 全基因组重测序技术 ------自然群体各亚群的基因组信息，得到大量的SNP、Indel 和SV 和CNV 等变异的信息。然后根据SNP 讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物
2021-06-26 08:55:49
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翻译 关联分析研究思路及应用：GWAS&TWAS
基因关联分析https://www.bilibili.com/video/BV1ty4y1q7xb?from=search&seid=9648065827978602084全基因组和全转录组关联分析数量性状、质量性状eQTL 基因组变异和转录组之间的关系(健康和疾病状态)GWAS 基因组变异和表型之间的关系TWAS 基因表达和表型之间的关系GWAS 关联分析研究方法第一点病例对照研究/队列研究(表型的定义)研究涉及 和样本分类样本选择的标准相当于TCGA 病人的临
2021-06-24 21:48:11
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原创 北京大学生物信息学转录数据分析(11)
转录数据分析 聚焦差异分析和聚类非编码RNA 的注释和功能分析常见的差异分析的方法的优缺点pvalue 的调整BF 调整，将会导致假阴性的产生距离度量 两个基因之间的表达模式和关联度欧氏距离 两个基因间在表达水平上的关联皮尔森相关距离 两个基因之间的表达相模式相似性(奇异值对皮尔森相关性影响较大)illumina 公司的hiseq 和miseq操作流程分析聚类分析常见的聚类分析基于的距离方法下图参数p 是阶的参数hclust...
2021-05-02 13:58:29
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原创 北京大学生物信息学(转录组)
特征选择启发式选择前向选择后向选择双向选择转录组测序 精度严重依赖于测序深度，因此需要对测序深度进行read 归一化。常用的方法是RPKM ，除了RPKM 外还有TMM，deseq,以及TPM。除了测序深度外，还有练的特异性也会影响基因的表达，需要考虑基因的链的特异性。常见的基因组mapping 的工具Tophat参数-r 内部的插入片段-G 是否需要参考基因组文库的类型:不同的测序平台，建库的方式不同，因此，会决定测序结果是否分链模拟数据集Tophat 流
2021-05-01 16:01:47
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翻译 北京大学生物信息学(9)第二代基因组测序技术
北京大学生物信息学(9)第二代基因组测序技术如何预测一个遗传变异的功能及其对表型的变化https://www.bilibili.com/video/BV13t411G7oh?p=26常见的二代测序技术包括基因组的装配有参比对和无参比对在比对的过程中存在的问题比对的过程中，机器的耗时 和正确性那么常见的比对的第三方方法主要包括Bowtie 和BWA、MAQ以及SOAP 都可以用于序列的比对。通过构建索引的方法，能够大大的减小比对的时间，这种 方法主要是利用seeding 的过程来降低
2021-04-24 21:47:15
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翻译 北京大学生物信息学(8)
如何通过NGS 测序来确定个体的基因表型，主要通过构建模型来确定，这里主要是通过贝叶斯概率来进行评估。这部分主要是对常见的几种比对软件的算法分析第一遍没太看懂，还得再来几次。变异数的检出通过贝叶斯函数来确定基因组的基因型MAQ 和samtools 以及GATK 等方法都是通过贝叶斯构建模型进行基因组表型的评估...
2021-04-20 22:45:15
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翻译 北京大学生物信息学学习(7)NGS 分析
第二代基因组测序深度测序产生的FASTQ 数据Q值会通过转化表编码成ASCI码保存在FASTQ数据中通过质量信息，常将质量分数小于20，即错误概率大于0.01 的碱基认为是不可靠的，如果这样的剪辑数目超过20%将丢弃该reads。Pair end Reads(双末端测序)RNA-seq 快速鉴定转录组，进而确定存在的可变剪切体。CHIP-seq 既可用于来检测转录因子的结合位点也可以探索特定的染色质修饰区域 。深度测序中的分析方法reads mapping (读长比对)与序列比对的差异:
2021-04-20 22:08:37
2219
翻译 北京大学生物信息学学习(6)隐含马尔可夫模型
北京大学生物信息学学习(6)隐含马尔可夫模型马尔可夫链(时间和状态都离散的状态组合)https://www.bilibili.com/video/BV13t411G7oh?p=14隐含马尔可夫模的例子状态路径和符号路径给定一个基因序列，来预测基因的编码和非编码区(编码和非编码为不可见的状态)在这个过程中，需要转移概率矩阵(即状态转移的一个概率矩阵)需要生成概率，在此处也就是(在编码条件下和非编码条件下，AT,G,C出现的概率，这个需要根据大量的统计数据集进行统..
2021-04-18 17:13:55
1344
翻译 北京大学生物信息学课程(5)
北京大学生物信息学课程(5)马尔可夫模型的学习马尔可夫模型 未来的状态至于当前的状态和状态的转移概率有关，而与之前和过往的状态无关。空位罚分引入了Gap open 和Gap extending序列的比对是一个状态的转换有限状态机模型马尔可夫链，俄国数学家安德雷·马尔可夫（Андрей Андреевич Марков）以纪念其首次提出马尔可夫链和对其收敛性质所做的研究 [5]关于马尔可夫模型的常用场景 及简单代码数学模型——初步理解马尔可夫链（Markov chain）https:
2021-04-18 15:50:24
502
翻译 北京大学生物信息学 (4)序列数据库
北京大学生物信息学 (4)序列数据库https://www.bilibili.com/video/BV13t411G7oh?p=9&spm_id_from=pageDriver搜库算法BLAST 算法的原理和之前的双序列比对和局部比对的原理相似三种不同的比对算法的差异关于局部比对、全局比对和序列比对的使用和意义。https://zhuanlan.zhihu.com/p/150579075北京大学生物信息学 (5)序列数据库的搜索Blast 算法的基本原理先在2个或
2021-04-18 13:30:13
969
原创 北京大学生物信息学(3)
北京大学生物信息学(同源性，相似性，相似矩阵)如何使用计算机来识别相似性，使用相似矩阵多序列比对蛋白质打分比对矩阵常用的蛋白比对的算法BLOSUM蛋白质的演化过程PAM2表示从A2步到A的概率，如从A 2步到A 表示从A 1步到A、B、C，然后再1步到A的概率关于PAM矩阵的计算，矩阵的乘法氨基酸的相似性矩阵比对序列的差异大小，差异大常用BLUOSUM45，常用的是62，比较差异小，用BLUSOM80。计算机识别的方式 Dot matrixDot matrix (最基本
2021-04-17 23:10:59
597
转载 关于风险回归的Cox 模型构建，森林图(1)
主要参考的连接是Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化https://zhuanlan.zhihu.com/p/85675323R语言：多因素Cox回归森林图 (基于forestplot包)https://www.jianshu.com/p/52232599fc3bTCGA-8.TCGA的cox模型构建和风险森林图https://www.jianshu.com/p/fcab6cf2c922需要使用到的R包是library(survival)li...
2021-04-10 21:24:15
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