生信分析最好的系统架构：个人观点

本人公众号：生物慕课，英语读报

csdn 一分钱没赚到，感觉博客不错的，也可以关注以上公众号，内容基本没重叠。要是能到公众号上点点广告，我就能赚几毛钱了。。。

优快云 说我写QQ号违规，我不清楚它们怎么就竞争了。现在在优快云我连完整代码都懒得写了。

有人很小肚鸡肠：其个人网站写的交换链接，我留言了网址，它最近的更新却不加我的，看到更新时间戳，我立刻删掉了它的链接。。

1. 宿主机系统

• 结论：CentOS7.9，宿主机的最佳主系统。推荐安装 Server with GUI。
• 优点：
  1. 兼容各种外接硬件，包括磁盘、GPU等扩展。目前为止，CentOS硬件驱动等支持目前是最好的，这也是众多IT企业选择它的原因。
  2. 稳定，安全，且用户广泛，出问题容易搜到参考答案。
  3. 久经考验的软件组合。
• 缺点：
  1. CentOS7.9 支持快到期了，2024.6月。
  2. 久经考验==很落后，gcc及众多共享库还是十年前的版本！基本无法满足工作需要。

2. 工作系统

• 结论：Ubuntu22.04 就是次新的ubuntu长维护版本
• 优点：
  1. gcc和共享库都很新！安装很多包和依赖就走默认即可，相当于节约了大量debug和安装包的时间。
• 缺点：
  1. 可能不利于用户提升linux折腾技能。因为没了各种zlib、gcc等库的折腾，用着太丝滑了。
  2. 太新的软件和库有无法预知的安全漏洞的风险。

3. 怎么结合起来

• 宿主机用CentOS系统
• 安装docker，构建Ubuntu容器
• 容器内外做好端口映射-p和文件映射-v
• 缺点：灵活性的代价，是硬盘占用的增多。不过相对于节约的时间，简直太十分划算啦！

4.语言学习

我课堂浑沦吞枣学了c和basic，然后接触perl并很快放弃…
之后自学了“世界上最好的语言”php，算是入门网络后端；接着学了世界上最通用的语言js（大神一周设计的语言，其糟糕点不用我吐槽了），然后是移植性最高的语言java（eclipse下），学到spring框架学不下去了…

后来研究生分析测序数据，学了linux系统和shell（这货设计也很逆天），需要做统计才接触了R（在shell黑窗口下学的），需要提取序列文本特征学了python（jupyter环境）。后来vscode横空出世，不再参与IDE之争。最后听说了Rstudio及其server版，试用月余，爱不释手。

抽空温习了一下c/c++，发现我十年前是学过C了。
几次启动pytorch，还没有入门DL

5.相关技术探索

• [1].生信云平台技术要点 | 原生命令后台执行
• [2]. 云平台关键技术 | 使用异步框架 celery 后台执行linux命令的实例

IGV可视化：

• [3]. deeptools | bam to BigWig, 并使用IGV可视化峰图差异
• [4]. 使用 Gviz 包由bam文件画比对峰图(AlignmentsTrack)
• [5]. IGV.js 的完全本地化运行探索

6. 输出

费曼学习法认为，把别人教会是最好的学习方法。
我个人认为，输出可以倒逼输入，主动探索未知。

不能持续接收新事物，差不多就意味着开始落后或者已经落后了。

大多数人做不到像ggplot2的作者那么高质量高产，低产也是产吧。不过，确实有些敝帚自珍的人，就没打算产，他们大概率计划永远停留在低层次CV阶段（ctrl+C, ctrl+V）。人各有志，尊重各自的选择。