基于R的linkET包qcorrplot可视化Mantel test相关性网络热图分析correlation heatmap

写在前面

需求是对瘤胃宏基因组结果鉴定到的差异菌株与表观指标、瘤胃代谢组、血清代谢组、牛奶代谢组中有差异的部分进行关联分析，效果图如下：

数据准备

逗号分隔的csv格式文件，两个表格，一个是每个样本对应的表观指标数据，另一个是每个样本对应的菌群丰度，我这里用的是genus水平

• 需要关联的表观数据rumen.csv

• 不同样本的菌群丰度genus.csv

R包linkET可视化

• 装包

install.pakages("linkET")
library(linkET)

如果报错R版本有问题装不上（我的4.3.1版本R出现了这个报错）请尝试：

install.packages("devtools")
devtools::install_github("Hy4m/linkET", force = TRUE)
packageVersion("linkET")

• 读取数据

library(ggplot2)
rumen <- read.csv("rumen.csv",sep=",",row.name=1,stringsAsFactors = FALSE,check.names = FALSE)
genus <- read.csv("genus.csv",sep=",",row.name=1,stringsAsFactors = FALSE,check.names = FALSE)
#如果报错row.names重复错误请检查数据格式是否为csv

• rumen.csv组内相关系数

matrix_data(list(rumen = rumen)) %>% 
  as_md_tbl